DreINT0089804 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000063646 | lnpa
Description
limb and neural patterns a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-4960]
Coordinates
chr9:2029655-2031433:+
Coord C1 exon
chr9:2029655-2029842
Coord A exon
chr9:2029843-2031374
Coord C2 exon
chr9:2031375-2031433
Length
1532 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCTGTAAGT
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
TTTCCTTTTCTCTTCTGAAGGAT
3' ss Score
10.7
Exon sequences
Seq C1 exon
GATATCCAGGTCCTTGAGGAATACAGAGAGAAGAACCATAAGCAGCTGAAGCTATGGGTTTACAGACTGCTGTTGTACTCCGCTCTGCTGTACCTGATGGCCTGTGCAGTCGTATACGCGTGGTACATCCCGGAGCGGATGATAGGAAAATTAATAGTGGCATCACCCTTCTTACTGTTCCCTCTGCT
Seq A exon
GTAAGTATGTAAATTCAGACTATCAAAAAGTTTAAGTACCATTAAGACAAGATTTTTATAATGAAAACACTTTAGATGTTTTAAAAGGGTATTACCAGGACAGACTTTAAGTAATTTAACAAATGTTGAATTAAAAAATCATATGTAACTTTTAGTATACAGTTTTTGTGAATTTAACTTATTTATTTATATTTTTAAATCATCTATATCTTCTTTTATTGAAATATGAAGTTGATTCTATCATGTAATGGTTTTTATTTATATTGATCTTGCAGTGAAACAGCCATAAGTTGCTGATGTGGCAAAAAATAAATAAATAAATTGAAGAATGGTAGTAAATTCAATATATTTTGTTCTACCAAATGGGTAAGACCCTGCTCGAGGATGTTTTGCGAGATTTCTCCCTTTGTTAACCATTCAGTGGACTGTCCTTCTTTAAATTTTCGTAGATTTTTCTATGAAGTGAACTCACTTATTAAATTATTTGGTAAAGTTTTGTCTAAGGAGTTTTGTAGCATTTAAATGCCAAAAGTCTGATGTCATATAACTTTTGTTTGTTTGAATTTATATGATATAGTTTTATTATATTATATTTTATTATATTATATTATATTATATTATTCTGAATTGTTTTTGCAATGAAGATAGTCAATAGACTGATATAAAAACTTATTTTTTAATGGTTTATTTTATTATATTATTTAGAATTATTTTTGCCATGATTGGCTATTTAAAGCAATAAATTATTAAATACTTATTTATTTCTGTCATGATGCCAGCACAAAATATTTTACTAGATATTCTTCAAGACACTTCTATACAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCTTCACTTGGTTAATTAGGTTAACTAGGCCGGTTAGGGTAATTAGTTAAGTTGTAATATGATGGTTTGTTCTGTAGACTTATGAAAGATATATAACTTAAAGGGGCTAATAATATTGGCAATATTGTTTAAATTATATTTATAATTATAATATTAATATTGATAATATTATCAGACATAGTAAATAAAAAATATAATATAAATATGTATATAAAAATTTTAAGTACATAATACATGTATACAATTTGATAATTTTTTAAGTGAAGTTTTTATTTCTTGTCTTATTTGTATTAGTGTTGTTGTTATTATGATTGAGTAACTGTTTGAATGTTTTTTTAGTAATTTAGATTTTCATGCCTTATTTTTTATTGTAAGTGTATAGTTTGTCTGTATTTCTCCAGGTATCTCATTTGTATTAACTACTTTAATTTTCTTGTCACCTAATAATTTGTTTTATTTTTGAGTAAATATTGTAGTTTGTAATAATAGTTTGGATTTGTGTGTCTTGTTTTCATTTTAATTGTAATTTTATTTGTTTTGTATTTTTTTTAATTTAATGTTCTTTCTAATTTTTTAATAAAAGTCTTAAGTGGAACTTAATGAATGGTAAATGTTTCCTGTCAACAAGCTGAAAGTAATGTTAAGATTAATAAAGATTCATATTAATAACTTTCCTTTTCTCTTCTGAAG
Seq C2 exon
GATTTGGCTGCTGAGGAAACTGCTGATAGTTTTATACAACAAGCGAACAGAGAGAAACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000063646:ENSDART00000093187:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF083957=7tm_7=FE(44.3=100),PF074317=DUF1512=PU(20.0=22.2)
A:
NA
C2:
PF083957=7tm_7=FE(14.3=100),PF074317=DUF1512=FE(28.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
TGAGGAATACAGAGAGAAGAACCA
R:
TGTTTCTCTCTGTTCGCTTGTTGT
Band lengths:
233-1765
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]