MmuINT0101449 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000055817 | Mta3
Description
metastasis associated 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2151172]
Coordinates
chr17:84154899-84162353:+
Coord C1 exon
chr17:84154899-84155016
Coord A exon
chr17:84155017-84162250
Coord C2 exon
chr17:84162251-84162353
Length
7234 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TTTCCTTTGTCTTTGGGCAGGAG
3' ss Score
8.66
Exon sequences
Seq C1 exon
GATACCTTCTTCTACTCACTGGTATACGACCCTTCAGTGAAAACATTATTGGCTGACAAAGGTGAAATCAGAGTGGGCCCAAAGTACCAAGCTGACATTCCAGACATGCTACCAGAAG
Seq A exon
GTGAGTGTGCTCTGGGTTCAAGTCCTGGGAAACTGGTGTTCTACAACTGGAGGGTTTTTGGAACCTTCATGGAAGACAAACTATAAACGGACAGTTTAAAAGTCTGAGCCTTCCAATTTTAGAAGCATAGACAGCGTGAGAGAATAATCTACTCACCGTGACTCCTTCATGACTGCACGTTAGTCTGTGGGTTGTGTGTACACGCATATGTGTGTGAGTGGGTGTGTATATCTCTGTGTGTGGTGTGTTCATGTGTGTGTGTAGTGTGTGCATGCATGTGTGAGTGTGGGGGTGTGGTTCACACAGGTTTGTGTGTGAGTGTGGGGTGGGGTAGACCAGTGGTCAGCGTCCTGTAGGGTGTCTGTCACCTTGTGAGACAGGGTCTTCAGCTGGACTGGAGCTTGTTTCTTTTACTAGACTGTCTGGCCAGCGGGTGCCAGGGATCACCCCGTCCTCCTGCTCAGGGCTGCATTACAGTCATGCACTTCTGTGTCCAGCTTCTTCCTTCTGTGGGCATGAGAAGGAGACCCTTGTGTCTGGGCAGCAAGCTGTCACCCACTGTGGCAAGCTGTCACCACTGAGCATCTCGCAGGCTCTGCTGCTGCTTTTAAGTTTTAGATTGTTAGCACTGTGCCAGGCGTGACGGCACGGGCCTTTTTAGGTACCGAGGCAGGCAGATCTCTGTTAGCTTGAGGGTAGCTTGGTCTACCTAGTGAGTTCCAGGCCAGCCTAGCCAAGTCTACATAGACCCTGCCTCGAAAAACAACAGCCGCAATCACAACAAAATTTAAACTCCTTGTTAGCGTTGTTGCACTTTGAATTAATGTGTGATCCATATTCCTTCATATTCTCCCTCTCCTCCTCTGCATCCAATCCCCCCCCCCAGCTCCCCCCCCCCAGCTCCCCACCCCGAGGATCAGGGCCTGATGTAGACTTGGCAAGCACTCTGTCAGCTGAGCTATGTTCCCAGCCTTCTGTCTGGAGATCATAAGTACCTTCAGGCCACAAGCTCAGGGGCAATGGAGTCTAGTGAGCACAGGCCACAAGCTCAGGGGCAGTGGAGTCCAGTGAGCACAGGCCACAAGCTCAGGGGCAGTGGAGTCTAGTGAGCACAGGCCACAAGCTCAGGGGCAGTGGAGTCCAGTGAGCAATCCCATCTTGGTCAGGATTTGGCCGATCTGTATAGTTCATATAACTGAGACATTCACAGTTTAAAAATTTTAAAGACCTTTGATTAGACTTATCGTATACGTCTATGTGGATCATGTGAGTATATGTATGTCACAGTATGTGGGTACCTGGGATATCCAGAGAAAGCATAGGGTCCCCTGGGACTGCAGTTAGAGATGACTTTGTTGGCTTTCTGATAGAGACCCTGGGAACTAACTTGGGTTCTCTGAAAGAGCAGGGAGTGTTCTTAGCCATTGAGCCATCTCTACCCCACAGTTTCATAATTAAGCAGATCTTCCTAGAGAGGGGTGCTTGTCTTTGTCTTTATTTTTTTGGCTTATTTTTAAAATTATTACTGGTTAGCTTTATTTCTGTGTGTTTATCATTTACAAAACTATACCACATTTGTAGATCTTAGAGAAAAATGCCATTTAGAAGTTTTTTATTCCTTGAGCCAGCCTGGTCCACAGAGCGAGGTCCGGGTCAGACAGAGCATACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAACAAAAACAATAACAACAACAACAGGCCTGGCCTTTGCTGGGTGGTGGTGGTGCATGCTTTTAATCCTGTCACTCAGGCAGGCGGATCTCTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAAACCCTGTGCAAAAAAACAAAACCAAACAGAACAAAACCAAACATTTATTACATTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTATCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTCTGTCTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTCTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTCTGTGTATGTCTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTGGGTCAGAGAACAGTCTCCATCACGTGGGCCCTAGGGATTCTGCTTGTGAGGTTTGGCAGCCGCACCTTTCCCTGCTTAAAGAACCTTCTTCCTAGTTAGCCTCTGTTAGGGGAAAGGAGCTTTAGCAGTCACAGTAGATGTATAAAGTCATGAGCACGGGCCTGGTGTGTTGTGTGCTTATCAATCCAGCACTTGGGAGGAGGCTGAGGCAGGAGAGTGCTTGAGTTTTGTCCTGGATTATGTGGCAAGACTATGTCTTGAAAAATAAAAACCAACAGACAAACAACCAAACCAAAACACACCAGAGGCATTGCCACCACTCTGGCAGCTGCATACAGCTGGGTACCTGCTTGCAGTGCAAATGAGCAGCAGAGGGTGTTATATTTGAGAACAAGCATTTAGGACTTGGTGCAATTCAAGCTTACTAAGTGCGCGGACGATCGCCAGCCCGTGCGTTTTGACCGGTGGCCAGATTGCAGTTAGCATTGGCAAGGGAGGCAGATGTGGACTAATATCCCGAGTAGGAGGCGGCAGAGGCTTGCCAGAGCCTGATATAGGCTTGCTTTTCTGTGACCATGTCAGGATAGATTCTAGAAGATCTGGTGTCGTGTTTCAGGGTTCACTTATGGCTTCTTATCCCTTGACAAAGCAAATACTGGAGAGCTGGAATGATGAACACAGCTTGTAATGAAGTTGAAGATTAGATACTAAATATTTCATTAGATTGAGACCACCTCGTGGGAGTTTTCCATAGAACAACAGGTTATGTGGGAAATTTAAAATTACTATTTAAATGAATTATAAAACGAGAATTTTAAGACAAAATCTATCCTCTATATGAAAACGTTAGTTGTGAAATGGTTAAACTAAGATTTAGATTTCCAGATTTGGGTAAAACATGGCTAATAGGTCTTAAATTATAATCTGGGATGGGAAATAGTTCAACGTGTCTGACTTAACCTTTTGTTTTTCTTTAAAGAAAGAGTTTGTGCATACCTTTAATCCCAGCACCAGGGATGCAGAGGCAGGTGGACCTCTGAGTTGGAGAGCCAGGGCCTCACAGAGAAATCCTGTCTCGAAAAAAAAAAAACAAACAAACAAACAAAAAGAGGAAAAAAAAAGAGCGAGCATGTGGCCGTGCATTGGCCGTTGTGATAAGTGGGTGATGCACCCGTCAGCACTGGAGTGTGGATTTCAGAAGGGGGTCTGTTTTGAGGGCTAAAGAATTGATCTGTGCAGATGTCATTATGTGTTTTAAAAACAAGATTGGTTCACCTGTAGTCATGAAATAGGAAAAACGTTGGCAGATCGAGTAGGAACAGTGTCTGTCTCTTCAGTAGACCTGCAGTGCTCAGAGACACATTTAAGAGCCCAGGAGGAGAACTGAGGAATTCCAGAGGTGTCCCTCCATCCCGCGCAGGCTTCCAAAAGGCTGGGTTTATGGCTTTAGAATCTGCTGCACCTCTCTGCTATGGGACAGCCATGTGGGACGCTTACCTTACAGATAAGCAGTGGTGTTTGCAAAAGGCAAAACACTCCTGCACCTTGAACTTGGCTTTTAATTGCACTGAAACTCTGCCAGAATGGGCATCTTGGTGGAGGCCGGGGCTCAAGGTTTAGGGAGATCCACCGACCTTTGGCTCCGTGCATATGTCAGAGGAGCCTTCGTTTTGACCCTTACAGCTTATTCATTTGACTGCTCTCAGAGCAATTTCCCCAGGCTTTGAAAGCTCTGTCCGTTTTTTCCCATAAGCAATGTTATTTTCTCACTCTCCCTTTCTCTGATGATTGAATGTGGGGCCTCCTCACACATGCTAGACAAGAGCTCAGCCAATGAGCTACATCCCCAGCTCAACCGTGTTGTTTGCCATGGCTAATTTTGTAGGACGCAGATCTCTCAACACTGCTAGAAACTGATGGGCTTAAATAGGAATCTCATGCTGGGAACAGGAAAAGCTGGAGCCAGTGCCAGCTTTGAGCCCCAGTCTCCAGGAGAGAGACTTCACAGTTTGTTTTGGTTTGTTTTTTTAAGCAGGATCTCACTGTGTAGCCTTGGCTGGCCTGGAACTTACAGAGATCTGCCTGCCCCTGCCTGCCCGGTGCTGGAGTTGGTGGTGTGTGCCACCAAGCTCAGCCTCAAATAGTTTTAACTCTCAGGAGAGATGGGGCAGAGTCAGTGGTGGGCGGGGCCACATCTTGACCACATCTTCGTCAAAGTGTGGAGCTACACTTAGCTGTGGTCCTCTGCTTAAAGCAGCATCTCATGTCAGGGTCATGAAGATGGGCTTGGAGGGGCTAGCATGGTCACACTGAATAATACTCTCCCTTTAACTATAACTGTAAACAGATATACATTGCAGACATGTGGAACAGTAATTCTCAACCACAGGACAAGTTTGTCCCCTAGGGAACATTAGGCAACGTATAAACATTATTGTCATATTGGTGAAGGAAGTAGATAGGTGATATTTTACAGGCACACCTTAGGTACAGTCCACTGATGCTGCCAAACGTGGGGGAATGCACAGAATGTCGTCAGCCCTAAGTGTCAAGTGTTGTCTTAGGGTTCTATTGCTGTGAAGAGACACACACCTTGACACCTTACAAAAGAAAGCCATTTAACTGGGGCTGGCTTACAGTTGCAGAGGTTCAGTCCATTATCATCATGGTGGGGAGCATGGCAGGGTGCTGGAGGAGCCCAGAGTTTTAGCTCTTCTTCCACAGGCAGCCCCAGGATTGTGTGAGCCACACTGAGCAGAGCTTAAGCACAGGAGACCTCAAAGCCCACCCCCACAGTGCCAATGAGTCCTCCAACAAGGCCACACCTCCTAATAGTGCCACTCCCT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Seq C2 exon
GAGACTCAGATGAGAGGGAACAATCAAAATTGGAAGTTAAGGTTTGGGACCCCAATAGCCCACTTACGGATCGACAGATTGACCAGTTTTTAGTTGTAGCCCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000055817-Mta3:NM_001171052:6
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.434 A=NA C2=0.156
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0142613=BAH=PD(13.2=47.5),PF0144819=ELM2=PU(31.5=42.5)
A:
NA
C2:
PF0144819=ELM2=FE(61.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: