GgaINT0081591 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009925 | MTA3
Description
metastasis associated 1 family, member 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23784]
Coordinates
chr3:23325182-23337718:+
Coord C1 exon
chr3:23325182-23325299
Coord A exon
chr3:23325300-23337615
Coord C2 exon
chr3:23337616-23337718
Length
12316 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAT
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
TCCCATCTACCTTTTGACAGGAG
3' ss Score
7.82
Exon sequences
Seq C1 exon
GATACTTTTTTTTATTCATTGGTGTATGATCCATCACTGAAAACACTTTTGGCAGACAAAGGAGAAATCAGAGTGGGGCCTAGATATCAAGCAGATGTGCCTGACATGCTTGCAGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGAATTAGATGACAGAGAACAGGCAAAGCTGGAAGTAAAAATATGGGATCCAGATAGCCCCCTTACAGACCGTCAGATTGACCAGTTTTTAGTTGTAGCACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009925:ENSGALT00000016137:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.006 A=NA C2=0.009
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0142613=BAH=PD(12.3=47.5),PF0144819=ELM2=PU(30.9=42.5)
A:
NA
C2:
PF0144819=ELM2=FE(61.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]