MmuINT1023504 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000055817 | Mta3
Description
metastasis associated 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2151172]
Coordinates
chr17:83755559-83763013:+
Coord C1 exon
chr17:83755559-83755676
Coord A exon
chr17:83755677-83762913
Coord C2 exon
chr17:83762914-83763013
Length
7237 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
CCTTTGTCTTTGGGCAGGAGACT
3' ss Score
-11.95
Exon sequences
Seq C1 exon
GATACCTTCTTCTACTCACTGGTATACGACCCTTCAGTGAAAACATTATTGGCTGACAAAGGTGAAATCAGAGTGGGCCCAAAGTACCAAGCTGACATTCCAGACATGCTACCAGAAG
Seq A exon
GTGAGTGTGCTCTGGGTTCAAGTCCTGGGAAACTGGTGTTCTACAACTGGAGGGTTTTTGGAACCTTCATGGAAGACAAACTATAAACGGACAGTTTAAAAGTCTGAGCCTTCCAATTTTAGAAGCATAGACAGCGTGAGAGAATAATCTACTCACCGTGACTCCTTCATGACTGCACGTTAGTCTGTGGGTTGTGTGTACACGCATATGTGTGTGAGTGGGTGTGTATATCTCTGTGTGTGGTGTGTTCATGTGTGTGTGTAGTGTGTGCATGCATGTGTGAGTGTGGGGGTGTGGTTCACACAGGTTTGTGTGTGAGTGTGGGGTGGGGTAGACCAGTGGTCAGCGTCCTGTAGGGTGTCTGTCACCTTGTGAGACAGGGTCTTCAGCTGGACTGGAGCTTGTTTCTTTTACTAGACTGTCTGGCCAGCGGGTGCCAGGGATCACCCCGTCCTCCTGCTCAGGGCTGCATTACAGTCATGCACTTCTGTGTCCAGCTTCTTCCTTCTGTGGGCATGAGAAGGAGACCCTTGTGTCTGGGCAGCAAGCTGTCACCCACTGTGGCAAGCTGTCACCACTGAGCATCTCGCAGGCTCTGCTGCTGCTTTTAAGTTTTAGATTGTTAGCACTGTGCCAGGCGTGACGGCACGGGCCTTTTTAGGTACCGAGGCAGGCAGATCTCTGTTAGCTTGAGGGTAGCTTGGTCTACCTAGTGAGTTCCAGGCCAGCCTAGCCAAGTCTACATAGACCCTGCCTCGAAAAACAACAGCCGCAATCACAACAAAATTTAAACTCCTTGTTAGCGTTGTTGCACTTTGAATTAATGTGTGATCCATATTCCTTCATATTCTCCCTCTCCTCCTCTGCATCCAATCCCCCCCCCCAGCTCCCCCCCCCCAGCTCCCCACCCCGAGGATCAGGGCCTGATGTAGACTTGGCAAGCACTCTGTCAGCTGAGCTATGTTCCCAGCCTTCTGTCTGGAGATCATAAGTACCTTCAGGCCACAAGCTCAGGGGCAATGGAGTCTAGTGAGCACAGGCCACAAGCTCAGGGGCAGTGGAGTCCAGTGAGCACAGGCCACAAGCTCAGGGGCAGTGGAGTCTAGTGAGCACAGGCCACAAGCTCAGGGGCAGTGGAGTCCAGTGAGCAATCCCATCTTGGTCAGGATTTGGCCGATCTGTATAGTTCATATAACTGAGACATTCACAGTTTAAAAATTTTAAAGACCTTTGATTAGACTTATCGTATACGTCTATGTGGATCATGTGAGTATATGTATGTCACAGTATGTGGGTACCTGGGATATCCAGAGAAAGCATAGGGTCCCCTGGGACTGCAGTTAGAGATGACTTTGTTGGCTTTCTGATAGAGACCCTGGGAACTAACTTGGGTTCTCTGAAAGAGCAGGGAGTGTTCTTAGCCATTGAGCCATCTCTACCCCACAGTTTCATAATTAAGCAGATCTTCCTAGAGAGGGGTGCTTGTCTTTGTCTTTATTTTTTTGGCTTATTTTTAAAATTATTACTGGTTAGCTTTATTTCTGTGTGTTTATCATTTACAAAACTATACCACATTTGTAGATCTTAGAGAAAAATGCCATTTAGAAGTTTTTTATTCCTTGAGCCAGCCTGGTCCACAGAGCGAGGTCCGGGTCAGACAGAGCATACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAACAAAAACAATAACAACAACAACAGGCCTGGCCTTTGCTGGGTGGTGGTGGTGCATGCTTTTAATCCTGTCACTCAGGCAGGCGGATCTCTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAAACCCTGTGCAAAAAAACAAAACCAAACAGAACAAAACCAAACATTTATTACATTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTATCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTCTGTCTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTCTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTCTGTGTATGTCTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTGGGTCAGAGAACAGTCTCCATCACGTGGGCCCTAGGGATTCTGCTTGTGAGGTTTGGCAGCCGCACCTTTCCCTGCTTAAAGAACCTTCTTCCTAGTTAGCCTCTGTTAGGGGAAAGGAGCTTTAGCAGTCACAGTAGATGTATAAAGTCATGAGCACGGGCCTGGTGTGTTGTGTGCTTATCAATCCAGCACTTGGGAGGAGGCTGAGGCAGGAGAGTGCTTGAGTTTTGTCCTGGATTATGTGGCAAGACTATGTCTTGAAAAATAAAAACCAACAGACAAACAACCAAACCAAAACACACCAGAGGCATTGCCACCACTCTGGCAGCTGCATACAGCTGGGTACCTGCTTGCAGTGCAAATGAGCAGCAGAGGGTGTTATATTTGAGAACAAGCATTTAGGACTTGGTGCAATTCAAGCTTACTAAGTGCGCGGACGATCGCCAGCCCGTGCGTTTTGACCGGTGGCCAGATTGCAGTTAGCATTGGCAAGGGAGGCAGATGTGGACTAATATCCCGAGTAGGAGGCGGCAGAGGCTTGCCAGAGCCTGATATAGGCTTGCTTTTCTGTGACCATGTCAGGATAGATTCTAGAAGATCTGGTGTCGTGTTTCAGGGTTCACTTATGGCTTCTTATCCCTTGACAAAGCAAATACTGGAGAGCTGGAATGATGAACACAGCTTGTAATGAAGTTGAAGATTAGATACTAAATATTTCATTAGATTGAGACCACCTCGTGGGAGTTTTCCATAGAACAACAGGTTATGTGGGAAATTTAAAATTACTATTTAAATGAATTATAAAACGAGAATTTTAAGACAAAATCTATCCTCTATATGAAAACGTTAGTTGTGAAATGGTTAAACTAAGATTTAGATTTCCAGATTTGGGTAAAACATGGCTAATAGGTCTTAAATTATAATCTGGGATGGGAAATAGTTCAACGTGTCTGACTTAACCTTTTGTTTTTCTTTAAAGAAAGAGTTTGTGCATACCTTTAATCCCAGCACCAGGGATGCAGAGGCAGGTGGACCTCTGAGTTGGAGAGCCAGGGCCTCACAGAGAAATCCTGTCTCGAAAAAAAAAAAACAAACAAACAAACAAAAAGAGGAAAAAAAAAGAGCGAGCATGTGGCCGTGCATTGGCCGTTGTGATAAGTGGGTGATGCACCCGTCAGCACTGGAGTGTGGATTTCAGAAGGGGGTCTGTTTTGAGGGCTAAAGAATTGATCTGTGCAGATGTCATTATGTGTTTTAAAAACAAGATTGGTTCACCTGTAGTCATGAAATAGGAAAAACGTTGGCAGATCGAGTAGGAACAGTGTCTGTCTCTTCAGTAGACCTGCAGTGCTCAGAGACACATTTAAGAGCCCAGGAGGAGAACTGAGGAATTCCAGAGGTGTCCCTCCATCCCGCGCAGGCTTCCAAAAGGCTGGGTTTATGGCTTTAGAATCTGCTGCACCTCTCTGCTATGGGACAGCCATGTGGGACGCTTACCTTACAGATAAGCAGTGGTGTTTGCAAAAGGCAAAACACTCCTGCACCTTGAACTTGGCTTTTAATTGCACTGAAACTCTGCCAGAATGGGCATCTTGGTGGAGGCCGGGGCTCAAGGTTTAGGGAGATCCACCGACCTTTGGCTCCGTGCATATGTCAGAGGAGCCTTCGTTTTGACCCTTACAGCTTATTCATTTGACTGCTCTCAGAGCAATTTCCCCAGGCTTTGAAAGCTCTGTCCGTTTTTTCCCATAAGCAATGTTATTTTCTCACTCTCCCTTTCTCTGATGATTGAATGTGGGGCCTCCTCACACATGCTAGACAAGAGCTCAGCCAATGAGCTACATCCCCAGCTCAACCGTGTTGTTTGCCATGGCTAATTTTGTAGGACGCAGATCTCTCAACACTGCTAGAAACTGATGGGCTTAAATAGGAATCTCATGCTGGGAACAGGAAAAGCTGGAGCCAGTGCCAGCTTTGAGCCCCAGTCTCCAGGAGAGAGACTTCACAGTTTGTTTTGGTTTGTTTTTTTAAGCAGGATCTCACTGTGTAGCCTTGGCTGGCCTGGAACTTACAGAGATCTGCCTGCCCCTGCCTGCCCGGTGCTGGAGTTGGTGGTGTGTGCCACCAAGCTCAGCCTCAAATAGTTTTAACTCTCAGGAGAGATGGGGCAGAGTCAGTGGTGGGCGGGGCCACATCTTGACCACATCTTCGTCAAAGTGTGGAGCTACACTTAGCTGTGGTCCTCTGCTTAAAGCAGCATCTCATGTCAGGGTCATGAAGATGGGCTTGGAGGGGCTAGCATGGTCACACTGAATAATACTCTCCCTTTAACTATAACTGTAAACAGATATACATTGCAGACATGTGGAACAGTAATTCTCAACCACAGGACAAGTTTGTCCCCTAGGGAACATTAGGCAACGTATAAACATTATTGTCATATTGGTGAAGGAAGTAGATAGGTGATATTTTACAGGCACACCTTAGGTACAGTCCACTGATGCTGCCAAACGTGGGGGAATGCACAGAATGTCGTCAGCCCTAAGTGTCAAGTGTTGTCTTAGGGTTCTATTGCTGTGAAGAGACACACACCTTGACACCTTACAAAAGAAAGCCATTTAACTGGGGCTGGCTTACAGTTGCAGAGGTTCAGTCCATTATCATCATGGTGGGGAGCATGGCAGGGTGCTGGAGGAGCCCAGAGTTTTAGCTCTTCTTCCACAGGCAGCCCCAGGATTGTGTGAGCCACACTGAGCAGAGCTTAAGCACAGGAGACCTCAAAGCCCACCCCCACAGTGCCAATGAGTCCTCCAACAAGGCCACACCTCCTAATAGTGCCACTCCCT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Seq C2 exon
ACTCAGATGAGAGGGAACAATCAAAATTGGAAGTTAAGGTTTGGGACCCCAATAGCCCACTTACGGATCGACAGATTGACCAGTTTTTAGTTGTAGCCCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000055817:ENSMUST00000067826:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.000 A=NA C2=0.008
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0142613=BAH=PD(13.2=47.5),PF0144819=ELM2=PU(31.5=42.5)
A:
NA
C2:
PF0144819=ELM2=FE(61.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types