BtaINT0095735 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000004073 | MTA3
Description
Bos taurus metastasis associated 1 family, member 3 (MTA3), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001101964]
Coordinates
chr11:25093521-25109724:+
Coord C1 exon
chr11:25093521-25093638
Coord A exon
chr11:25093639-25109621
Coord C2 exon
chr11:25109622-25109724
Length
15983 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
TTTTCTTTCTTCTTGGACAGGAG
3' ss Score
9.43
Exon sequences
Seq C1 exon
GATACTTTTTTCTATTCATTGGTCTATGATCCCTCAGTGAAAACACTATTAGCTGACAAAGGTGAAATCAGAGTGGGACCTAGATATCAAGCAGACATTCCAGAAATGCTCTTAGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGAATCAGATGAGAGAGAACAGTCAAAATTGGAAGTGAAAGTTTGGGACCCAAATAGCCCACTTACAGACCGACAGATTGACCAATTTTTAGTTGTAGCCCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000004073:ENSBTAT00000033090:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.025 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0142613=BAH=PD(13.8=47.5),PF0144819=ELM2=PU(30.9=42.5)
A:
NA
C2:
PF0144819=ELM2=FE(61.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development