RnoINT0094997 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000004685 | Mta3
Description
metastasis associated 1 family, member 3 [Source:RGD Symbol;Acc:1306803]
Coordinates
chr6:6967834-6975566:+
Coord C1 exon
chr6:6967834-6967939
Coord A exon
chr6:6967940-6975463
Coord C2 exon
chr6:6975464-6975566
Length
7524 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGTGT
5' ss Score
6.64
3' ss Seq
TTTCCTTTGTCTTTGGGCAGGCG
3' ss Score
9.04
Exon sequences
Seq C1 exon
TACTCATTGGTGTATGACCCTTCCGTGAAAACATTATTGGCTGACAAAGGTGAAATCAGAGTGGGCCCAAAGTACCAAGCCGACATTCCAGACGTGCTGCCGGAAG
Seq A exon
GTGTGTGTGCTTTGGGTTCAAGTCCTGGGAAGCTGGTGTTCCAGAACGGAAGGTTCCAGGAACCTTCATGGAAGGCAGAATGCAAAGGGACAGTTTAAGAGCTTGAGCCTTCCCGTTTTAGAAGCATAAAAGCATCAGAGAATGATTTACTCGCCAGGGCACTCCTTCATGACTTCATGTTAGTTTGTGTGTTGTGTGTGCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGGTGGTGAGTGTGTGTGTGAGTGTGGTGGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGGCTGTGTGCTATTGGCTGTGGTGTGTGTGTCGAGTCGTGTGTGTGAGTGGTGGTGGTGAGTGTGTGCTTGTGAGTCGCTGGGGGTGATGTGTGTGTGAGTGTGGGTGGTGTGTGGCGGTGTAATGTGTGTGGTGTTGTGGGTGAGCTGTGTGCTGTGAGTGTGTGTGAGTGTGCTGTGAGCTCGTGTGTGTTGATGTGTGGTGGTGTCTGTGAGTGTCGGTGGGTGACGTGTGGCGCTTGAGTGTGTGTGGTGTTGTGTGTGTGAGTGCTGTGTGAGTTGGTGGTGTGTGCAGTGCTGTGTGTGGTGTGTGTGTGAGTGTGTTGGAGTGTGTGACGTGTGTGAGTGTGGTGGTGTGTGTGTTGTGGTGGTGTGTGCATGTGTGTGGTGCTGGCTGCTGAGTGTGGTTGTAGTGTGTGTGTGCTGAGTGTGCGTGGTGAGTGTGTGTGATGTGTGTGACGTGTGGTGGTGAGTGTGTGTGACGTGTGGCGGGTGTGTGTGTGAGTGGTGTGTGTGCATGTATTATGTGTGTGGTTGTGTGTGTCGTGAGTGTGTGTGGTGACGTCGTGGTGGTGAGCGTGTGTGTGTGAAGTGTGGGTGGTGTGCTGCGTGTTATGTGTGTGGTGTGCGTGTGGTGGTCGAGTGTGTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGTGGTGGTGTGCATGTGTGTGTGTGTGTGGTGTGATTGTGGTGAGGTGTGTTCGGAGTGTGTGGTGGTGGTGGTGTGTGATGTGTGTGTGTATGTGTGGGTGTGAGTGTGTAAGTTTGGTGTGTTGATGTTGTGTGGTGTGTGGTGTGTGTGTGGTGTGGTGGGTGGAGGTTTGGTAGTGTGTGTGGTGTGTTGGTGATGTGTGTGTAGGGGTGGGTGTGCATTTGGTGTGGGTGGGAGTTGTGTTGTGAGTGTGGTGGTGAGTGGGGGGATGTGTGTTGTGAGGGTGTGAGTGGCGTGGATTGTGGTGAGTCTGCTGTGATGTGGTGGGTGTGCATGTGTATGTTGGTGGGGGTGTGTGTGTTGGGTGTGTGTGTTGTGTGGTGTGAGCGGTGGGCTCACCAGTTTGTGTGATGAGTATGGTTGTGGTAGACTGTTCAATGTTATGTAGGGTGTCTGTCACCCTGTCTTTTGAGACAAGGGTACTCAGTTGAACTGTAGACCTGTGTATTCGATACCTGTCTAGCCAGCAATGCAAGGATCACCCGTCCTCCTGCATTGACGCCATCACTGCTGTGCCCAGCTTTTTTCTTCTTGGGCACTGTACTGGAAACAGAAAGGAGATCCTTGTGTTTGTGTAACAAGCTTCCAGGCGTGGTGGCACATGCCTTTTTAGGTACAGAGGCAGGCTGACCTCTGCTAGCTTGAGGGCACCCTGGTCTACATAGTGAGTTCTAGGCCAGCCTAGCCAAGGCTACACAGACCCTGTCTCGAAAGAACAAGAGCAACAACAACAACATTTAAAATCTTTGTTTAGTGTTGTTGAACTTTGAACCAATGTGCCATCCATATTTATTCATATTTTCCCTCTCCTCCTCTGGATCCCGCCTCAAGCCCGCCTACCACTGACAATCCATCAGGGTCTGATGTAGACTAGCCAGCCTTCCATGAACTGAGCTCCACGCCCAGCCTTCTGTCTGGGAATTCATCAGTGCCTTTCGCCCATCCAGCTCAGGGGGCAGTGGAGTCTTGTGAGCAGTTCCGTTTTGGTAGAATTTGGCTGATCTGTATAGTCATGTAACTGAGAGATTTACTGTTTTAAATTTCTAAAGACCTTTTATTAGATTTATCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCAGTATACAGGTCCCTGAGACATCCAGAGACGGCACAGGACCCCAGTACTGGAGTTGCAGATGATGATGTGAGCTTTCTGACGTAGATCTTGGGAACTAACTCAGGTTCTCTAAAAGAGCAGGAAATGTTCCTGACCACTGAGACATCTCTACCCAATTAGTGTCATAATTAAGCAGATCTTTCTAGAGAGAGGCACTTCTTTATGGTTTTGGCTTATTTTTAAAATTATTACTGGTTATTTATTTCTGTGTGTTTATCAGTTACAAAAAATACTGCATTTGTTGATCTTAGAAAAAAAATGCCATTTAAAATTTTTTATTACTCGAGCCAGGTTGGTCTATAGAGTAAGGTCCAGATTAGCCAGAGCCACACAGAGAAACCCTGTCTCAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAAAAACAATAAGAAAGCAACAAAAGGCCTCTGCTGGTTGGTGGTGCAAGCTTTGAATCCCAACATTCAGGCAGGTGGGTCTCTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAAACCCTGTGCAAGAAATCAAAAACAAACAAAACAAAACAAAAGTTTATTACGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTTCCTGTGCATGTGTGTTTACATGCTAAAGCTGTGGGGTCCACCATTCGGGTCTTAGGGATTAGGCTTGTTAGGCTTGGAAGTTCGTGCCTTTCCCTGCTGAGCCAGTTTACTGTCGTGATATGTATGTCATTTTAAAAAACCATTAATGAGGAAGTCATTTGGATGTGTATTGCAACCTGAGCCACAGTCTCAGTGTTTCTTCACATTTGCAGTTGGGCAGCCAGCTCGATGCGTGGTTTAATGACCCTTCTTTCTAATGAGTATCTGTTATGGGAAAGGAGCTTCAGCGTTAACAGTAGATGTACAAAGTCATGAGCACAAGCCTGGTGGGGTCGTATGGTTGTAAACTCAGCACTTGTGAGGAGGCTGGGGCAAGAGAGTTCTTGAGTTTCGTCCTGGATTACATGGCAAGACTCTGTCTTGAAAAATAAAACCCAACAGACAAACAACAAAACCAAAACAAACCAGAGGCATTGCCACCACACTCGCAGCTGTACACAGCCAGGTACCTGCTTACGGTGTGAATAAACAGCAGAAAGTGTTGCATTTGAGAACAAGTATTTAGGACTTGGTGCAGTTCGAGCTTACTAAACCTGGAGACAATCTCCAGCCGGCGCGTTTTGACCGGTGGCCAGATTGCAATTTGCATTGGAACAGGAGGCAGGCCTGGAATAATACCCAGGGTAGGAGGCAGCATCGGCCTGCCAGAATCTGGTACAGGCTTGCTTTTTTGTGACCATGTCAGGATAGATTCTAGAAGATCTGGTGTGTTGTTTCAGGGGTCACTGATGGCTCAATATCCCTAACAAAACAAACACTTCAGAGCCGAATGAAGAGTGTGTAGCTTGTAAATGAAGATAAAGATTAGATACCAAATATTTCATTAAACTCAAATAGACCACCTAGTGTGAGTTTTCCATAAAAGAACATGTCTCATAGGAAACTTAAAATTATTATTTAAATGTATTTTAATGCTAGAATTTTAAGAGAGAAGTCTACTCTCTATATGAAAATTTTAGTTGTTAAATGGTTAAACGAAGATTTAGATTTCCATATTTTGGTTAATAGGTCTTAGTTATAATCTTGAGAAATAGTTCGATGTGTCCGACTTAATCTTTTCTTTTTCTTTAAAGAAAGAGTTTGTGGGCAAGTGGTGGGAGTACACAGCTCTGCACCAGGGAGGCAGAGGCAGGAGGATCTCTGAGTCTGAGAGCAGCCAAGGCTACACAGAGAAATCCTGTCTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAACAAAAACAAAAAGAGAAAAAAGAAAGCGCTCGTGGCTGTGCCTTTGGCCTTGTGATAAGTGGATGACAAGCCTGTCAGCACTGGAGTGTGAATTTCAGAAGGGGATCTGTTTTGAGGGCTAAAGAATTGATTTGTGCATATTTCATTATGTGTTTTTAAGACAAAATTGGTTCACCTGTAGTCATGAAATAGGAAAATGTTGGCAGATAGAGTAGGAACAGCATCTGCCTCTGCAGGATTCCTGCTCAGAGACACACGAAGGAGACCTGAGGAGGAGGCCTGAGGAGTTCCAGAGGAGCCCTCCATCTAGTGCAGGCCTCTGGGAGGCTGGTTTTATGACTTCAGATTCTGCTACACTGCTCTTCTCTGGAAAAGCCACGTGGGAAGCTTACCTTCTAGATAAGCAATGGTGTTTGCAAAAGGGAAAACACTCCTGCACCTTGAATTTGGTTTTTAATTCCACTGCAACTCTGTGCCAGAATGGGCATCTCAGTGGAGGCGGGGCTCAAGGTTTAAAGAGATAAAGATCAACCGACCTTTGGCTCTGTGCAAATGTCAGTGAAGCCTTCATCCTGGCCCTTACAGTTTATTCACTTAACTGCTCTCACAACAAGCTCCCCAGGTTTTGAAAGTTCTGTCCATTTTTTTTCCCATAAGCAGTGTTATTTTCTTCTCTCTCCCTTTTCTTTGATGATTGAATGTGGGGCCTCACACATGCTAGACACGAGCTCAACCAATGAGCTACACCCCCAGCTCAACTGAGTTGTTTGTAACGGCTAATTTGGCTAATTTTGTAGAACGCAGATCTCTCAACACTGCTAGAAACTGATGGGCTTAAATAGGAATCTCATGCTGGGAACGGGAAAAAACTGAAGCCTGGTGCCAGCTTGTAGCCCTAGTCTCCGAGCAGGATCTTACTGTGTAGCCTTGGCTGGTCTGGAACTCACA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Seq C2 exon
GCGACTCAGATGAGAGGGAACAATCAAAATTGGAAGTTAAGGTTTGGGACCCCAATAGTCCGCTTACGGATCGACAGATTGACCAGTTTTTAGTTGTAGCCCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000004685:ENSRNOT00000061921:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0142613=BAH=PD(19.5=41.7),PF0144819=ELM2=PU(30.9=47.2)
A:
NA
C2:
PF0144819=ELM2=FE(61.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]