DreINT0098379 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000054903 | mta3
Description
metastasis associated 1 family, member 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-6485]
Coordinates
chr12:25148663-25160427:+
Coord C1 exon
chr12:25148663-25148780
Coord A exon
chr12:25148781-25160324
Coord C2 exon
chr12:25160325-25160427
Length
11544 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTAGT
5' ss Score
8.54
3' ss Seq
AAACTTAAATGTTTCTTTAGGAG
3' ss Score
6.4
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGAAGCTGATGACAGAGACCAGTCCAAACTGGAGATGAAGATGTGGGATCCAGAGTGTCCGCTGACCAACAAACAGATCGACCAGTTTCTTGTGGTTGCCCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000054903:ENSDART00000127454:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.000 A=NA C2=0.006
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0142613=BAH=PD(13.2=47.5),PF0144819=ELM2=PU(30.9=42.5)
A:
NA
C2:
PF0144819=ELM2=FE(61.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]