MmuINT0107226 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026950 | Neb
Description
nebulin [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:97292]
Coordinates
chr2:52136662-52147246:-
Coord C1 exon
chr2:52147140-52147246
Coord A exon
chr2:52137432-52147139
Coord C2 exon
chr2:52136662-52137431
Length
9708 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAAGA
5' ss Score
7.83
3' ss Seq
GTTTTCATTCCCATGAACAGAAA
3' ss Score
6.34
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTACAAACATGTGAAAACCACTCAGCTCCCACAGCAACGGTCATCTTCAGTTGCCACCCAGCAGACAACACTGTCCTCTATCCCATCACACCCGTCTACTGCCGGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026950:ENSMUST00000075301:151
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.750 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF146041=SH3_9=WD(100=87.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types