MmuINT0107226 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026950 | Neb
Description
nebulin [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:97292]
Coordinates
chr2:51992167-52002766:-
Coord C1 exon
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chr2:51992167-51992951
Length
9708 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAAGA
5' ss Score
7.83
3' ss Seq
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3' ss Score
6.34
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026950-Neb:NM_010889:156
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.750 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF146041=SH3_9=WD(100=87.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: