RnoINT0099867 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000006783 | Neb
Description
nebulin [Source:RGD Symbol;Acc:1311134]
Coordinates
chr3:37658694-37663349:-
Coord C1 exon
chr3:37663243-37663349
Coord A exon
chr3:37658865-37663242
Coord C2 exon
chr3:37658694-37658864
Length
4378 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGAGTAAGT
5' ss Score
8.57
3' ss Seq
TTCCTCATCCCCATGAATAGAAA
3' ss Score
3.89
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTACAAACATGTGAAAACCACCGAGCTCCCACAGCAGCGATCATCCTCAGTTGCCACCCAGCAGACAACACTGTCTTCCATCCCGTCACACCCATCTACTGCCGGA
Seq A exon
GTAAGTAAAGAGTAATGGGCACAAATTACTAGACTTGTGTGGTTTGTTTTTAATTCAGATTATAGCATGTATAAACACTCATGTATGTGGCTATTTGGTATTAGCCAATTAAGGGGCTCATTCCAGGCTAATTCTTCTCTCATCAGTTACCTACAGCTCTTCAACTAGGGGTATAGCCTTATGCTGTCATTGTTCAGTCTTGTTCAGGTAGTCATATGCTGAGATTTCATGGGTACAGCTTCCCTGTCCTATATATTAGGCACAATCTTGTCTGTAGTAGCCCTGGTCCTGTTGCTTCTTTGATGGGGGATAAGGGCTATACTCATCTGCAGGTATGAAGGTAAATGTTTAGAATGCAGTTAGAGATTTTACTGGATTAGGGAAGTGTCAGTATTGGGTCCTCCTCTAGCCTCCATTGGGTAGATGGCTAGGCATAACTACTCTCCATTGAGCTGGCCTTAAGTTCAGTTAGATAGCTATTGGTTGTGGCTGAGATAAAAGTGCTGTTACTGCCTTTTAGGGGTATCTTGCTGTGCTGGTCATTGTTGTGATTTCATAAGCATCACAGCTGGGTAGGATTGTAGCTTTTCCTCCCTTGGCAGCTTGAATATCACTTTCAGATGTTATGAGAGCTAGAAGGGACTTTGAGGTCAGATCCGGCTGGATTTCCCTATGCCCTGTATCTGAAGTGGGTATGTCTTCAGCAACAGAAACCCAACCCTACTAGAAAGCAACAAAGGCAACAGGAATAGCCTATATGGTTTTGGGGATCTCTTGGCCCCCTCTACTGACAACTCCAAAGGAGGTTTTTCATTCCCAATACTGGAGGATTTTTTCCTTAGGGGTAGCATTGCTATTCCAGTGAAGTCATCAATAAAGAAATACATTTAATTTTTATAGTATATATATTTATATATGTAATTTTAGGTAAACATAAAATAATTCCCCATGTTTTTTTTCCAAACATTCTCGGTCCTTTTTATCCCTCCTCTCCTTTCCTCAGCTAAAGCCCTCCCCTTGATTTCCCCATTCACAGCACCTGTGCCCCGCTGTTAATTCCACCCCCAATCCATGTTCCTCCTCACTTCCCTGGTTTCTGCAGTTACTCCAGCATATACATTCATTCACTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAACTTGGAGCTAGGATCTAGGATAATATGTAGTCCAACCATTTCCCTGCAGGTCTTCTTTTTGAGCTGAACAGTGTTCTATTGTGTGTAGGTACATACTCCTTATTCTTTCATCAGCTGAATGGCATTAAGTCTTTGCAGGTCCTAGCTACTGTTGAGTAAAGCAGCAGTAACTATGGCTGAGCAAGTGTCTGGAGAGGAGGGTCATCAGATGCTTTGGGCACATGCCAACCAGTGGACTAAGTGGCTCACACGGGAGCTCTACTTCATATCTCTTTAGATTCCCCACGTGGATTTCAAGAGTGGCTGCATCCATTTACAGTACCACGAACAATGAGGGTTCTTCTTTCCCACAAGCTCACCAGCATTTGCCAATTGTCTTCTTGATCTTAGCCATTGTGATTGGTGTACAATGAAATCTCTAAAGTTGTTTTAATTTACATTTTCCTAATTGCTAAGGATGTTCAATACTTTGAGATAGTTCCTAGCCATTTTTATTTCTCCTGAGATGTTTCTGTTCAGAGCCACAGCACCATTTTTAAAATTATATTGTCGGTTTTAACTGGTGTGTTTGGTTTTTGAGTTCTTTATGTATTTTGGATATCAACCTTCTATCATAAGTATAGCTGGCTAAGATTCCTCTACACTTGGACATTTCATTTGCTACACCGAATCTTTTCTGAGCTTCCACTTGTCAATTGTTGGCCTTTATTCCTAGGCAAATTGATCTTACTCAGAAGAGTCTTTTCCTATGTCTACATCTTGGAGAGTACTGCCTACTTTTCTTCTAGCAGTTTCAATATTTCAGATTTTATATTAAGTTCTTTGATCCATTTGGAGTTTATTTTTGTGCAGAGTAAGACAAGCCTAATTTCACTCTTTTACGTGTGGACAGTGTTCCCAGAACCATTTATTGAAGATGCTGTTTTCTTCAATGCCTGTTTTTTGGTACTTTGGTCAAATACCAGATGGCTGAAGTTATATGGACTTGTTGTTTACTATTTTGTTTCACTGAGCTGCATGTTTGTCCTTGTTCCAGAACAATACTGGTTTTATCACTACAGCTCTGTAATAGATCTTGAAATCTAATGGCAATTCCTCCAACTTGTTCTTTTGAGTTGCTTTGGCTACCCAGGGTCCTTTGTGGCTCCATGTGAAACTTCTAGTGATTGTGGTTGGGACTGCATTGAAGCTGTAAGCAGCATTTGGTAGGACAATCATTTTCACAGTACTAACCCTACCACTCCATGACCATGGGAAGTCTTTCCGTTTTGTAGTGTCTTTCTCAGTCTTCTTCAGTGACTTCAGTTTTCATAGTCAAGGCTTTTTCCTTCCTTGCTTAAGTTTATTCCAAGATATTTCTCTTGAGATTATTGTGAATAGGAATGCTTGTATGATCTTTCTCAGCATACTTGCTATTGTTGGCTACTGAGTTTTCTGAGTCAATTGTGTCCTGGTACTTTACTGAAAGTGTTGATTATTTCTAGAAGTTTTCTGGAAGTTTTGGGATCTATGTGTAATAGCTGCAAATAAATATGATTTGACTCCTTTTCCAACTTGAATTCCTTATCTTATAGCTATAGCTAGTGCTTCAAGGCTGTGGTTTTGCCAAACACTGCCTTTGTTGTATTGAGGCATATATTCCCTCCACACACACACCCACTAAGACTTGTATAATGAAGATATTGGATTCTATCAAATATTTCTATATTCATTAAGATATGCATATAATTTTATCTGAAAGTCTATTCATTACACTTACTGACTTACATATCATCCTTGCATCTCTGGGATAAAAACTTGATCATGGTCATCTTTTTGATGTGTGGCTATACTTGATTTGTAGGTATTGTATTAAAGATTTCTGCCTCCATACTCTATTGGCCTGTAATTTATGTTGTTTCATCTTTACCTAGTTTGGGTAATAAGAGTGATACTGTCTGCATAGAAGTTTGGAAGTGCCTTGTTTCTAATATAGCTAGTTTAAAGATTGTCTATAGATCTCTGAAAATTTGGTAGAATCTTTGCTATTAAATATCTGGGCCTGTCCTTTATTAGTTGAAAGGCTTTTTATGATGGTTTCAATCTCATTTGTTATGGGCCTGTTCAAGATTGTGTTCTCCTTTTCATCTAACTTTGGTGTTCTTTTAGATCTTCTAGCTTTAATGGAGAATAGATTTTTAAAATACATTCCCTTATAAGGCACAATTTCTTTGGTGTCTGTTCTATTTTCCTTGTTTATCTCTGATACTGTTCATTTGAGTCATTTTTGTCTTGGCAAGTTGGGCCAAAAATCTGTTAGTTTTATCTCAAGAATCATCTCTTACATTCATTCTTTTTCTGTGCTTCTCTCCTATTAATTATTGCTTTCATTTTTGTTTCATTTTTGTTTGGCTTATTGTTGCTTGAGTATCATAAAATCATTTACTTATGCTCTGGTTTTACTTAAAAATATTTTTCTTGCAATATACTTTGATCATATACTTTCCCCATCCCTAACTACTCCCAGGGCCTCCCCACCTTCCAACCCACACACCTTTGTTCTTACAACTGATTTTAATGTGCCCCACAAGTTTTGTTGTCATTTTAATTTCAAGATTTTCCTTTTGACACTATCATCCACTAATGTGTTATTAATCTCCATTGAATTGGTATAATTACTAGGTTGACTGTTGATTTTAAGATCCATTACATTGTGGTCAGAAAAAAATGATTTTGTTTCAATTGTTCTGAATTTGGTTAACATTTGGTTTTTGTCTCAATATGCAGTCTATTTTAGAGAAACATCTATGGGCTGCTGAGGAGAATGTATATTCTTTAGTATTAGTTGAAAAGTATTCTGTTGATATCAGGCCTGGTTGATGTGTGTCATTCAGTTCAGAATTCATTTATTAATGAATTAATTTCACTTGAGAGTGAAATATCTTTTCCAGTTCCACTTGACTGTTCACATAGAGAACTCCTTTGGGAAAGTCTTTATTCATAGCCTTAGCATCCTAAATACTTTGGTTGAGTCGGAGGCCTTTATATATTCCAGTTATTAAACCCACCAGTAAATGACTTGCAGATATTTTATAGGTGTCTTTGTAGTTGTTTTGGTGGTAGCTGCACATTGTCTTTTGTAACTTGAATTTGTGGGAAAAGTCATGCACTCTTACTTTCCTTTTTCCTCATCCCCATGAATAG
Seq C2 exon
AAAATCTTCCGTGCCATATATGACTATATGGCTGCAGATGCGGATGAAGTGTCCTTTAAAGATGGAGATGCTATAGTGAATGCTCAGGCGATTGATGAAGGCTGGATGTATGGCACTGTGCAGAGGACCGGCAGGACCGGCATGCTCCCTGCCAACTATGTGGAAGCTATT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000006783:ENSRNOT00000059461:113
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.750 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF146041=SH3_9=WD(100=89.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]