MmuINT0119740 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000030228 | Pik3c2g
Description
phosphatidylinositol 3-kinase, C2 domain containing, gamma polypeptide [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1203730]
Coordinates
chr6:139906227-139917804:+
Coord C1 exon
chr6:139906227-139906352
Coord A exon
chr6:139906353-139916311
Coord C2 exon
chr6:139916312-139917804
Length
9959 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATTGTAAGT
5' ss Score
8.54
3' ss Seq
CCTTCTCTCTCCATTTTCAGGTG
3' ss Score
14.38
Exon sequences
Seq C1 exon
CATCTCCCAGATGGCTCTGTGCCCAGTGCACATGTTGAAATTTATCTTCTACCACATCCCAGTGAAGTTCGGAGAAAGAAAACAAAGTGTGTTCCAAAATGCACTGACCCAACTTACAATGAAATT
Seq A exon
GTAAGTATACGTTATCGCCTGTCCAGGTAGTTTGTATTTTTCTTACCAGTTTTTTTTTTCTATTCTTTTTTTTTTCCTTCCTTTTTTCAGCTTCACAACCAAATATGGAGAATTTTCAGTAATTGGAAGCATTGTTCCATAAAGGCATGATGTTGCCCAAAATAGTACCAGCATGCTGAACACTGTTCTAGATGCTATGGGAACTGGAAAATACAGACTATCAAAGCTCTGACAGGCCAACCTCCAGCAGGCATGGGAGGGTTGCTTTGCATACTAACAATTTCCCTGACTCTATTGTATTCTCTACCGTGTTCACCTTATTTTCTTTAACCTTGTTCTAGCACATGCGAGTTTTTCTCACCTAACCATTTTATCACAAGCCTAAAAGCTATTAAAAAAAAAAAAACCCACTAATCAGAGCTACAGCATTCTGCAAATAGCTCTCCTACAAGGTTTCAAGATCCAATCTTTCCAGTCTTCTGGTTTCTCTCTAAAGCAACCTGCCTTTGTTGTTTCTTACCTCTTTCACCTCCTGACTCAAGTTTTTCACCTGTTTATTCTTGCTGTGTCATCTAGAAGAGGCCAACAAGAAACAAAGGCATCATCCCATGTTATTTCAGCTGTGTGTTTGTTAGGACAGGGTCTTCCTGGGCATCCCAGGGTTCACACAAGCAGGATCCTCCTGGCTCAGCCTCCCCCTGGTGTGGTGCAGAGCAAAGCCTGTTGACTCCTATCTCAGCTTTTCTGAGCAAGCTTTCTTCCCCACACCACCAGCCCCAGCTCATTAATCAAATCACACAAGCTGCTCTCACTTCTGCTTCCCTTCACCCTTGGATGCTGTGCAGTGTAGATTCTCACCTTTCCTGGTAGGGCTTCACTCAAGTGGTATCAGCAGGCTCCTAATTGCTAAATGCAATGAGCCCTCAGGCTCTCTCCCTGCTGCAGGTGCAAACTGACAACCAGACACCCTGATCCTTTGAAACCTCTGTGTGCCTAAATTTCACCTTTTCTTAATTTGTTCCCTTCTCCTATAACCTCCATTTTGTTTTAATGCATTGCTATCCTTCCTCTTAAAATGCTATTTGCTGAAGCTCTATGGTCCACCCTGGCCTGCTTCCCCTTCAAAAAGCATCCCTCCCTAGGCAAAGGGTCTGCACGCAGAAATTCAAACAACCTCTGATTTAGAAAAAAACAAAAACAAAACAAAAAAGCCAACATCAAAACAAACAAACAAAAAATGCAAATGCCTTAAAACTATCTGAGTAGTGACTCTGAGTTCCTCCTTTTGTCTGCACTCCCCTAAGAATCCCTGAGAACCCCTGCGTTTCTTGAGGAATCAGGAATAAGCTGCAGAGGAGAACGCCCAAGGTGAAGCTCTCAGTCTATACGTAAACCCTGAATGTTTTATTTCCTTGACATCTTTGGACTTGGATGTCAGGAGCTCTGCTTCACTCTGCTGGACAATGAAGTATGATGACAGAGACTGGATACATTCGCACGTTTTCTGTCCCATCTCAGTGTAAGCTTACATTCCCCTAAGGTCCAGCTAGTCATATAACCCAAGCTGATCTGGAACTCGTGTTTGTAGCCAAGGATGACTTTGTGCCTCTGCTCCTCCTGCCTCTTCTTCAAGTGTCGGGATTATAGGTGTGCACACCACACCTGGTTAACTCAAGGTTTTGACCTTTGACCCCTCTTCCTCATTGCTACAGCATGCCATTTAAACTTCTCCCAGCCACTTGGAAGGTAGGCTTGCTTCTTTGCCATCTCAAAAGAGACCTTCTCTTTTGAGGGGGATGGAGGATTAGTTTGTATGCATTGGCAGCATCACACGCATACATTTTATAGCTCAGTTTTCCAGTTACTGTGGTTTGCATGTTCCAGGTGTATGTCTATCCACTACAGTGATTACAACCCCAAAGGGAAATGACTCCCCTTCTGTGTGAATATCCTCTCAGCTAGGGGTGAAGCCACCTGAAGCCCTTCCTCATCCCTGCTAGAATGTTGGCTGGCTTAATTTTGTGCAAATTCAAAATAACACCTTTAATGACACAGTCTTTCTCTGTCACATGTCCAACAACCAAGCTCTACCGTTTCTACTAGAACACCATCAGACTCCTAAATCCAGTCTTCCTTCTCCTGGTCTAATTCTGTCTGAGGTCCCTGTCTCTTAAGCCATTACACAGCTGTTATCCAACTCATGTGGACTATTTTTTGTTTGTTTGTTTTGAGATGGGATTTCTTTATGTAACCTCAACTGACCTAGGATTGACTATGTAGATCAGGCTAGATTTGAACTCACAGAGATCTATCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGAGGTTATATATCTATACATACATATACATATACCATCAGGACCATCTCTGTGAAATCGTTTTATTAAATCTTTTATATTTTTATCCAGAGTGTCACTCAGACATATTGATTATTATTCCATTTACATTGTTTGAAGGGTCCTCATTGCCAAGTGTCAACCTACAATTTTAAATGTGGCATTAATATCCCTTAAGTTTTAACTCAGTAACTTTCCTTGGTTCCCTCTTGGATGAATAACATTGAGTATTTTCTTTTCTTAGATTCATGTGCAGTTAGAAAAAATAACATAGATTCCAATGGCTCTCAAGCTCTTTCCCCCAGTGTAATAGCTGATGTAGCTTTAGTTACCTAGCTACTTTAGTACCAACACTAGGAAGCTGACATGGGTCTGATCCAAATAGCTCATTCTGATTTTAGAAGTCCTGAGAACCCCCTTGTGTAGATGTGTAGCTCTGAACATTGGTGTTACCTACTTGATACCCAGTCAATGTACAGAACAAAACCATCTCATGGTTTACAAGGATAACCCAACTGTAGCCAAAACTTTCTGCTTTTGGATGGTATTAGATCTCTATCCCTACAAATTTATCATTTTTAATGTTACACAGCTGGAATTGCATACTTTATGATAATTGAAATTGCCTTTTGTCTCAGTTACTTTTTCTCATGGCTGTAACAAAATATCTAGAAAGAGCAACTGAAGACAGAATTTGTTTTGGCTCACAGTTTGAGGGTGCCAGTCTATCATGGTGGGGCAGGTGTGGGAGCAGAAACTCCAGACAGATGCCCATGGCGTTGTTCACATTAGGGGCATCTTCTTACCTCGAGAAACCTAAACTCCTTCACAAGCATGTTAGATGTTTGTTTCATGGTGATTCTGAATCCCATCAAGTTAGAGACCAAGATTCACCATCAATCCTTTTTAGGAACTGCAGTGTCTTATTTATTCCCCTAAAGTGCTGCATATGGTCCTGATGACTCTTCAGACCCACAGTCCCACTCTGCCTTCTCTGCTGCTGTGACCTAGGAGTCCTGGTACCTCCTGCTTCACGCATCTTTGTAACCTTTAGACCTAGAGTAAATTTTCTGACAATAAAGGGAATGTCTCCTCTCCCCAGATATCTTTAACACTTAGTGTTAGTAATATTTAAAACTGTCTTTAAATGTTTCAGGAAGTTTTATAAATGATACATGCATGCCTATAAAGGATTATCTAAACTGGTAGAGGTATTTTAATGTCTTATTACTCATTAAAATGCCCATTCATAGCTAGAGATACACAGCCAATAATATGAAACCTGCTCTCTTTCCTTGCATACAAGCCATTCAACCTCACTATCAAGAAACTTTGTAGAGATTCTGTATCAAAAGAGAAGAGACAGGCTGCTGAGATGGCTCAGGAGTCAGGAGCACTGCCTGCTCTTGCAGAGGGTCCAGATTTGTGTCCTTGCACCCACATGGTAGCTCGCAATGGTCTGAAACTCCAGCCACAAGGGATATGACACCCTCTTTTGTCCTCCTTAAGCAATACACACATGTGATGCATACACATACACTCAGACACACATACACATAAAATAAGTTTCTTTAAATAAATGGATTAGGTAGATGGTGCCTAAAAAACATTATTTGAGTTGGCCACATAAGTAACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAATCTATAGCTGTTGCAATAGAAAGGAAGAAAGAAAGATAGGAAGAAAAGAAGGAAGGAAGAAAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGTTTCAGTCCCTATAAGGAAATTAAGTGTTGATAATATAAGGAAACAATGAATGTCACCAGCAGTCAGTATTATTTTAATAAGTTGAAAGTTAAATCATCAAAAGCTTAATGGATTATGAAATCAGCGGTAAGTATGCATGCATGAAGCTTATTTTACAATTCTTGGTATGGACATAAATTTTCTGACGGCTTTAGAAATCCCAAGTCTTCCTAAATCCACGACCTAGTAATCCAGATTCCTACAATTCCTTCTCGGCCGAAGCCTTCTTGAGGAACAGACACACACTGTTCATATTTTATACACATTTCAAAAGGCCAACAAATAATGAAGTCCATACTTATACAATCCCAGTCTGCATGGAGTCCAAAGCAGGACTGTGGGTATCAGAGAGGAGATTGAGACTGACTGGAGATGCGGGGAGGGGCGGGGGCTGGGGTGGGACAGGGAGGCCAGTTGAAATCAGAGGACCATGAGACGAAAATCCAGCACAAAATTCTGAGTCTATATCAATGCAGCAATGCTTATAAAAGATTGTAGAGAGATCATCCTGTGTATTATGTGGATGCCTCACCTGTCAATTAAAAAGCCTATGGCCTATGGCTTATGCGGGAAATAGAGGTGGGACATCGGGAGGAGAAAGAATTCTGGGAGTCAAGGAGGCAGGAAGAAGAGCCCAAAAAGAGGTGAGGAGACTGATACATGGTAACCAGCCACACGGCAAAATGTAGGTCAAAATAAATGGGTTATCTTTAGTTATAATCTAGTCAAGGTAGAGCCCAGCTATGTGGCTAAGGTATTTGAGTCTGAGTCTTATTTCTGGGAGCACAAAGCTGGGAGGCAGAA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Seq C2 exon
GTGGTATATGATGAAGTCTTGGGGCTCCAGGGCCATGTTTTAATGCTTATCGTGAAGAGCAAAACTGTATTTGTGGGAGCAGTTAACATCCAGCTCTGCAGTGTACCCCTCAATGAAGAAAAGTGGTACCCACTAGGAAACAGTATCATCTGACTAACGCCACGAGCGTATGCATTACTGCTTAAGTACTTGTATGTTTTCAGCTTCTACTTGCCTCTGTCACATATGCAAGGCATCTTTCTCCTGGGAGATAGCTTCGAGCAGTGGCTCTCAGCCTTCCTAAAGCTGTGGCCCTTTAATATAGCTCCTGGTGGTTGTAGTGACCCAAACCATAAAATTACTTTAGTTGCTACTTCATAATTGTAATTTTGATACTGTTGTGAATTGCAATGTAATTATCTGATATACAGGATCTCTACTATGTGACCCATGTGATAAAAGGGACATTTGACTCCCCCAAAGGGCCGTGGCCTATGGGTTGAGAACCATAGAATGTGAAGGTTACAAAAGAACCAGATCAAAATCTGCCTTTTGTAGCTATTTCTTCCCTATCTTGTCCTTATTTTCTTATCATATTTTCTCCTTGGAATATCCATCATGTAAAATTCCATATGCAAAGTAATCAAAGAGTGATTATTTTCAATATGCATTTTGAAAGCAACGTAAGTTCACATTTTGTCTTAATTGCTTGTTGAGGTCAAAAATTATATTTTCAAGGTGTTTCTCTAAAGCTGGGAGAAGTTCATGAATGAATCTAAAGGCTAAGAATACCTGCAATATATTCCAAGCTTAAATATGTGTACAAACCACATGTCTAGTCATGAGTGGATTTACTGAGAGAACTGGTGATCTCCCACCATATGCTATAATTTTTCTATCAAGAAAAGGCCTAAGATTTTCTATTACATAGATTTTTTTCTTTAAGAATTTCATGCCTATATATAATGCCTTTCATTACTCTAGTTTCTCTCTGTTTTTGTTGCTCCCACACCCATCAACAACTGTTCTTCTCAAAAAAATCCTGTATTCCTATAGGAAATTTTGTTTTTAAGATGGGAATCTTGCTATATATCCTAGCTGACCTAGAACTTACTATGTAGACCAAGCTGGGCCCAAAATCACAGTGGTCCTCCTGCCTCTGTTTCCCTATGGCTGGGACTCCAAATCATTGGTCCTGATCTGTAATCTTTAAATTCAGTTCTTAGAATTTGATGTTGACTAATCCATTGTCATTGTGTCTCCCAGCCTCCAATGTGCTCACACCTTAAGTCTTACTAATCCCAAACTCAGAATGTCAGACTTTCAAGTTCACTGTTTATAACTCTTTTTCACTTGTTAAATGCTATCATTGCACTCGAACCTACCCCCTGTTCTCACCATGAACAGAGTAGATGATCTTACAGAGTGTTACCAGCATAGTAGACAAACCCAGAGTAGTGCGCCTTCAAGATAATCAAACTGGAGGTTCTAAAAATAAAACATCTACCATGTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000030228-Pik3c2g:NM_011084:15
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.024 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016825=C2=FE(49.4=100)
A:
NA
C2:
PF0016825=C2=PD(34.9=56.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs: