GgaINT0109741 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000013117 | PIK3C2G
Description
phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase, catalytic subunit type 2 gamma [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8973]
Coordinates
chr1:64325196-64331932:+
Coord C1 exon
chr1:64325196-64325321
Coord A exon
chr1:64325322-64330667
Coord C2 exon
chr1:64330668-64331932
Length
5346 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATTGTGAGT
5' ss Score
7.35
3' ss Seq
TGCACTTTATGTTATTTCAGGTT
3' ss Score
8.25
Exon sequences
Seq C1 exon
CGCCTCCCAGATGGCTCTGCCCCAAGTGCACATGCTGAATTTTATCTTCTGCCGGATCCTGGTGAGGTCAATCGAAGGAAAACAAGAACAGTTCCAAAAACCACCAACCCTACTTACAATGAAATT
Seq A exon
GTGAGTACTCTTCCATCATTTCTTTCTTCCATCATTTCTTATACATTTTATTTTTGTTATCTTCTCTTGAAATAATACAACAATGCCACTCTAAGAGCTGTTACAAGTATGATCAAACAGAAGGAATATATTGTAAGCTCAACCATAAATGGGAACAATCCTTTCTTTTGCTTCTTTCTCAGCAGTGAGACAGTCTCTTTATGTGTTTCTCCTTGGGAAAGTGGTTGGATTATTCATTCTGTTTGGTCTTGTACTGTAATCACTGTTACATTATATCCAGATGAGCCCCAGTATCACTGCACCAAAACCTAAACTGTTTTTAATTCAGATTTATGTAATAGCATGAAAAGCAGTAATTGAACGGATGCTGTTACTCAAAATCACATTTGAAAATGGACAACCAAATTGGTTGTCACTGTCCTAAATGATAACACAATAATAAATAGCCTAGTCCTTTTTATGTCAAGATGCCAGCAGTTCACAGCCATATATAATTATTTCACTTACCACTGAAGTGCTCAATCCTGTGGGGTGAAAAGAAACATTTGGATGGAGAAACGTTTACCACAAAATGGAAAGCAGCATAAACTCTATTCTTTTGTAAGAGGAGATGAGATTCAAACAGTAGGTGGGATTGGAGATGATAAGTATTACATAAAGCAAATCTCCTAAGGATCTCAAGGCAATTTACAAATGTACTTTGAGCAAGCTTCATGGAAAGTATTGCCACTCCATCCTGTTTCACAGATAAGATACAATTAAAATTAAGTTAGTTAGCTGAGACTGAGTCCTTATCTTCTAGTTACCCACTCCTGGGATTTTTATTTTTTTTTCCCCTTTTCCCACTTCCAGCTGATTACAAAGCTACCTACTTACACTGATGGCTTCCAGCACTGCTGTAAGGAGGCTCCTCCACTGGTATTGCTGCTCTGTATATTATTGCAGGGGAGTAAAAAGGAACTAGGATTTATTTTTCTACTATGTTTTTTCCATTTATTTTTTTCCCACTATGTTTTTGGGTTTTTTTTTTGGTTTTTTTTTTTACAATCAAGAAGTGGAATGAGGCTAATTGACCTAGCAAAAGTTATTTCCTTACATTTGAAGATTATTTAAAGAGAAGAAATAGAATTGTTTCTATATTAACATCCCTTTAAAAATTTCCAAAATGTGGTATGGTCAAGAACCATCAGTAACACTGTTAAACAATTTTGTTTCTAATCATTGTTAGGCCAATTTGAATGCCATAAAATCCAAAATTCTAGGTGCAGTCAGACAGTACGTGCTGGGAGGGGATTTAATTGTGGTTAAGGATCATCCTTCTGCTGTTAAGAGAAAATCCATGCACACTTAAATATCCTTTACTCAAAACTTACAGCCTTCTTCACAGATGCTCAGTCTTTTTCACCAGGAGCTGCTAATCGCAGTGGGGACATATGGCTCTGCTGAACTTGGGCATTTCGAACCCGAAGCTTGTACTGTTAGCAGCTCTGCTCCTCCATATGCGACATCATTCTGTATGCATTTTCTGTCCAAGGCTGGTAGACTGAGGCAGAAGAAGCCCCAGGGAAGGAAAACAGCTAAAAATATAAGTCAGCTGTCTTTTAAGTTAGTTACTGTCCAAAATGCTGTGTACAGAAATGTGCTAGCCTTTTTTATGAGTTCATAAGTTTTTATTAAAGCCAAATGGCTGGAAGGAAGCTGTAGATTAATTTCTCTCCATGTTCGAGACTGAGAAAATTCTGAAATGTGCTTCTCTTGGGTATTTTTGGTTTTAGTTTCGTACTTTTATTGCTTATGACTGCCTACAGCAAATTATCAACCTTGCAAAAGTGCATTTTATTTTTGATTTCTACTCATATTTGTGAGAGTACAGATGCGAAGGTCCAGGAGGACCAGCAGTAGAATGAACCATGCTGAATGCTTTGGAGTTGCTTTTAACAAGCGCTCCTTTTCTCTTGTTCCTTTATATGGATTTCAGTTTGTTGCACTCATATTGGTGCAACATTGCATTAAAAAAATGATTATCTCACTAAAATGGGATGCAAGGTAAGGAGAAACAGAATAATATGCCAGCTGTTAGGCCATTGGCAATAAATAGGAATCGCCTCTGAGATTCCAGATTAGTTTAGTGGAAAAAAAGAAAAGTTGGAAAATTGAAAATAAGTTTGAATTATTTAAGTTTAAATTGTCACTGAGAAAAGGATCAATGTGCAAAACCAATGGCAGTGGGCTCTTTCTCGTGTGTCATGTTTGCTACAAGACATACTGCAAGTCCTCACACTCGCTGTCCTCTGTCTCTGAAGCACCTGGAGGTACACACTTCTAGAATGAGTGAACCTCCATAGTAAGTGCAAGTGTGCTTTGCCACAGGGAAGCCAGAACAAGAGAGAGTTCCCTCCATCCTGCACGTGGAGTGGAAGGGCAAACAAGAACAAACACATGGGCTGCATCAGCCCTTGTGTGCTATTGCAGCTGCCTTCAGAGAAAGGGGGCTGCTGGCCTGCAGTGGGACTAATAGCCCAGGCATAACAGAGGAGGAGGGGACCTGTGTCCAGAGCCACAGCAGCTACCTGCAGCACTGTGCTTCAATGCTGATTTGGAGAGTTAAGGGTGAATCTAGAAAGTTTGTCATGGGTACCTAAGGGGAAGCAACTGTCCCTCATTTGTGATTAAAATGCCATTAGACCATGTGCTTTTCTTTTTGGAGCCAAAAATACTAGAATTCCAGTTCTAGCTGTCCCACTGATGTGCTACATGGCTGTGCATTACACACCTCCATCTGATCTAACTAGGAGGCAATTATTGTTAGTAAACAATGATTTCAGGGTTTAACTGTCCTGATTGTAAAATTCTGACTGGGGGAATATTTCTCTTGTCCACATATAATTCACCTGTCTGCAGTCTTTCTTCTGTCCCCACACCCTGATGATAATGGGAATTCAGCTGTAGCATCATTTTAGAAACAATTTTTGGGATCAGTTGAAAGCCACCAACATCACACTTTAAGGTCATTTTTATATTGGTGGGAGATGCTATCAGATGACATGAAAGCTGGATTTTTGTATTCATGTACAGTTTGGTTAAGTAGGCAGTCAGTAAACATAAAACTGAAAGGCACCTGGCACCACTGTCATGACAGCTGTTCTAAACTGTGATTTCCAAAAGTTTCCAAATTGACGCATTAGGCTTACCAGACTGCAGCCTGGTAAGACCTTTCTAGTAAAAGCCAGTAAAAAAGAATGATGGGACAACTTTTCTATCATCAATCCTGTGGCTGTTCACTCTTGCCACATCTAACATCCCACTACACCAGGGAGCTTGTTCTAGTGTCCCACCAGCCGTGGACCAGAGCGTTCTGTGGTCTCACAAGGGCAGCCCGGCCCTGTTAGTATTGCCTGGGAGAACCAGCAATCTCACACCTTCTGGATACATCTGTGAAGTTCACCCTTTGGTTGCCCCATGCAAGAGGAACGCTACTGGGGCTGAGGCTTTATGGAGTCACCTTTGGCTGAAGTGTATCACAGATGGCCACTGCTGCTCCTCACAGTGGGCAGTACAGGGAGTACTCTGCAGTCTGTCCCACAGAGACCCAGGCTGGGCTGGGAGGCTCAGTCTGACTTTTCTCTTCATATAGACTGCATCCAGATTGAGCAGTAAATCCAAGCATGCTGCATGGCAAACTCACTGTGGGCAGTTTCACTTTCCCATTCTCGTGAAGTGACAGTATGTTACTGCATTTACTTTTTAATCTGCATGGCAAGATTAAAATTTTAAGCATTTTCCATTGCAACTAAAATAGCAAAAACACTGGAAACACTTCCATCCATACAAATTTTAGATTAAATGCACTTCTCTAACAAAGCTTTCCTTTGAGGCCTGGTTCTAGCTGACAGCATTCTTTCATATTCTATCAAGCTGTACGCAGTTCACTCAGCAGTTTTTGATTAATGCAGAGACTGAAACGTAGGAGTCTATTTGGAATGCAGCTCATTCTTGTTAGCCTATCACTCCAGATTTATTTTTTTAATTCAGAAACCACTGCGTTATCATTTCATAATTAATCTGTGTTCTCACAGCACCAAGGTAATTTCAAAGATATTTTTTTGAAACTGTAGGCTTTAATAATTTTCTTAAGAGATGCTAAGCAAACTGTGTCATTTAATTTGAGAATCATTAACAGCACTTCTCGACTAACAGAAACATCCAGATTTAGTTGTTTCCACTTGCTAAATTGGGGCCAATCTCAGGCATGTTCCACACCCACAGCATCTACTGAGTGGGCTGAGCTTTCTATCATGTTAACAACTTGATAAGTCCCTTAAAAAATGCAAATGTTTTTTATAGTGGGCACATTTAGATACAGTTAACAACCAGGATCACATATACAGCTATTTTTATGGGAATAGTAAAATGTATACAAGTTTTGAAGGAAAATTCTCTTTTTTTATGATGCGGATTTCTGATCTAGAACAGTTATGGAATTTTATGGAAGTCTTGGTTAGAAGAAAATTTGGTTTTGCTTTGGTGTGTTCCTTTCTAATTTTGGTGTGTAGCTTGAGATTTAATCACATTACAGTACTAATAACAATATTCTGCAGTCCTGTGCATTGTGTGATATGCTTTCATGAGACATACTGATGGAACATAAAGCTGCTTTGAGGCACTACTGAGCAACATGTAACAAATATAATAATATACCAAGCTACAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAGAAAAAAAAAGACATAATAACAGGATTGTTTGGGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTCAGAACAGAAACATCATTTCTCAAAGCATCTGATATGGACAGATATTTAAAAGTTATATTAATCTACACTTTTCCGTAATTACCATTTCACACTTCTGTCCATGATAAGTACCCTTCATCTTAATCTCTCCTCTGGAAAACCAACAGTTGTATTCTTCCCTGGAGGGATCTGTGTGGATCTGATACATCTCCACGTTTGAGTTCAAAACTCTGCCTTAGTTCCAATTTTCATATGGCAAATCATGTGTTCATATTTTTTTTATCAAGTATTGCAACACAGGTTTCAAATTTATTTACAAATGCTTGGTAATCAGACTTCACAAGCCTAAACTGGCAGAATCTCCTTTATATAAACTACATCGATCAAATGTAGATCTGAGCTGAATCCACTAACTTGAATTTAGCTCATAATTAGTAGCTTAGAATTCTGGAGGACAGCTTACAGTAATTATTGTAAAGTTATCACCATTATCCAGAAGGCTGTACTGAAGTGTTTTGCTTGACAAATAAATTCACAGATTCATATGTTTTCCTGTGCACTTTATGTTATTTCAG
Seq C2 exon
GTTGTGTACAACAAAGTTATGCAACTTGAAGGCCATATACTGAAGCTTGTTGTGAAAAGCAAAGGAACATTTGTGGGAGCTGTTAACATTCAACTGAGTAGAGTCCAGTTAAATGAAGAAAAATGGTATCCACTGGGAAACAGTGTAATTTAAATGTGGTCTAAGACAATTCAATTATTTATCCACTAATGTTTCTTTATTCTATTTTCCATGGTACATTTTGTCTCAGTTACCCTTGAGAATATGCAGTCATCTGCTGACCTCAACATTTCTAATCATAAGGCTATTGTCTTAAAATTGCTACCATCTTCTTGCAACAGATTCCTGTTAGTGTGAGTTTAAGAAATTGCATTCTAGCGTGTAGGAGCATGCAGGCATTCTTATGACAGCAATCAAGACTTTTGTTCATGTGAAATAGTACTGTAAAAACCCTGAATTTAGTACACATCAAAGTGTGGATTAGAGCCTAATTCTTTGCCTACTAATTCCACTGACGGTGTTTAAACAATGCTGATAATGGTGTAATTTATCATTGTCCACTATGACTCACTGCATATGATGATTCAGCAGAGAGATCCATGGGAGGATTCCCAGGGTGCCAATACATTACAGATATCTAGCAGATCTCATGTTAAATCTTATGCAATCCGTACATTTAAAAACAAGCATACCAACTACCAATCAAGAATTTAACAACTCTGCACAGATAACATTTGGTGCAGTATGTGTTGGTGTTTATATAATGCAACTTTAAATCTCGGATACTCATTTGTGAATAAGCTATTTCAACATTTCTTTTATTCTGACATCCAAGAAGCAGATACAACCAGTTGATTGTGAGAAGAAAGGAGGAATGTGGAGCTAATCTTCACAAATAAATAAAACATATTGAATATGAACTTTCGGTGTTGTATTTATTTAAGATCATATTATAAAGAATCTTTTTTCACTCATCCTACCCCATTGCATTCCTATACTGTATAAGGGAGTCGAGTCAATACATGCATTGACCTTAGGGCTATATATACATGTACATAATGAATGTGAGTTCTACCTTTGAGTTCATTGAGGGTGATCGTGGGCTCTGTTCTTCAAAGCATTTTTACCTAAAGCAAGGAAGCACTTAAGCACATCTTTGAACATTTAGCATGCAAGCAACTCTAATGAACTGTCCATTACTGCCAGCCTGTTACACACATGCAGAGCTGAGCATGTATATAAACCTTTCCAGAAGCAAGGGCACATTTTAAGGCACAGGAGACACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000013117:ENSGALT00000021411:31
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.238 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016825=C2=FE(49.4=100)
A:
NA
C2:
PF0016825=C2=PD(34.9=56.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]