RnoINT0111319 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000034228 | Pik3c2g
Description
phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase, catalytic subunit type 2 gamma [Source:RGD Symbol;Acc:620231]
Coordinates
chr4:174090681-174102496:+
Coord C1 exon
chr4:174090681-174090806
Coord A exon
chr4:174090807-174101017
Coord C2 exon
chr4:174101018-174102496
Length
10211 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATTGTAAGT
5' ss Score
8.54
3' ss Seq
CCTTCTCTCTCCATTTTCAGGTG
3' ss Score
14.38
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGGTATATGATGACGTCTCAGGACTTCAGGGACATGTTTTAATGCTCATTGTGAAGAGCAAAACTGTATTTGTGGGAGCGGTTAACATTCAGCTCTGCAGTGTTCCCCTCAATGAAGAAAAGTGGTACCCATTAGGGAACAGTATCATCTGACCAATGCCATGAATGTATGCATTATTGATTAAGTACTTGTGTGTTTTCAGCTTCCATTTCCCCTATAGCATACACAAGGCATCTTTCTTGCGGAAGATGGCTTGGAGCAGTGGTTCTCACTCAGCGTCCCTAACACTGCGACCCTTTAATACAATTCCTGGTGATTGTAGTGACCCAAACCACAAAATTATTTTAGTTGCTATTTCACAACTGTAATTTTGACACGGTTATGAATTGCAATGTAAATATCTGATCTACAGGATACCTACTATTCGACCCCTGTGATAAAAGGGTCATTGGACAATCCCAAAGGGTCATGACTCATGGGTTGAGAACCACAGGCTTAGAGTGGTCACAGAAGAAGCAGATCAAAATCAGTCTTTTGTAGCTCTTTCTTCTCTACCTTCTCCTTATTTTCTTATCATATTTTCTCCTTGGAATATTCATCATGGAAAATCCCATATGCAAAGTCATGAAAGAATGATTCATTTAATATGCATTTTTGAATCAAACTAAGTTCATGTCTTGCCTTAATTGCTTGTTGAGGTCAAAATTATACTTTTAGGGTGTTTTCTAAAGCTAGGAGAAGCTCATGTAAGGGTTAAGAATATTTGCAATATATTTCAAAAGTTAAATATGTGTACAAACCACATATCTAGTCATGATTGAATTTATTGAGAGAATTGATGATCTCCAACCATGTGCTATAATTTTTCTATCAAAAAAAAATCCCTAAGATTTTTCTATTGCATAGATTTTTTTTCTTTAAGAATTTCATGCATGTATATAGTGCTTTCGTTATTGTAGCTTCTCTCTTTTTTAGTTGTCCCCACACCCATCAACAACTGTTCTTCTCTAAAACTCCTGTATTCCTGTGGGGAGTTTTATTTTTAAGATGGGCATCAAACTATATATCCCAGCTGACCTAGAGCTTGCTATGTTGACCAGGTGGGCCCCAAATCACAGTGGTCCTCCTGCCTCTGTTTCCCGACCGCTAAGGTTCCAGGTCATTGGATCTTGTCTGTAATTTTTAAGTTCAGTTCTTAGAATTTGATATTGATCAATCCAGTGTCATTGTGTCTTCCAGCCTCTGTCATGTTCACACCTTAAATCTTATTAATCTCCAAACCCAAAATATCCAACTTTTAAGTTCACCATTTAAAACGCCTCTTTGCGTGTTAAATACTCTCACTGCACTTGAACCAACACCTTGTGCTCGCACGGACCAGATAGATGATCTCACAGTTTGTCACCTGTGTAACAGGCAAACCCAGAGGATGCCTCCAAGATAATCAAACTGGAGGTTTCAAAAATAAAACATCTGCC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000034228:ENSRNOT00000041499:33
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.024 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016825=C2=FE(49.4=100)
A:
NA
C2:
PF0016825=C2=PD(34.9=56.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]