Special

MmuINT0131370 @ mm9

Intron Retention

Gene
Description
Ral GEF with PH domain and SH3 binding motif 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1922008]
Coordinates
chr2:33140345-33180223:-
Coord C1 exon
chr2:33180173-33180223
Coord A exon
chr2:33140429-33180172
Coord C2 exon
chr2:33140345-33140428
Length
39744 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTCTGT
5' ss Score
5.39
3' ss Seq
CGACTCTGCTTCCTTCCCAGGAG
3' ss Score
8.84
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGTTGGCCAGTTGTGGATGGAGTAAAAAGGAGAAACACAGTCTTGCCCCCAACGTCGTGGCCTTTACCCGGAGGTTCAACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000038831-Ralgps1:NM_175211:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0061714=RasGEF=FE(36.4=100)
A:
NA
C2:
PF0061714=RasGEF=FE(14.5=100)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Pre-implantation embryo development
  • Muscular differentiation time course
  • Spermatogenesis cell types
  • Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
  • Hematopoietic precursors and cell types