RnoINT0123957 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000016910 | Ralgps1
Description
Ral GEF with PH domain and SH3 binding motif 1 [Source:RGD Symbol;Acc:2319500]
Coordinates
chr3:12330524-12364868:-
Coord C1 exon
chr3:12364818-12364868
Coord A exon
chr3:12330608-12364817
Coord C2 exon
chr3:12330524-12330607
Length
34210 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTCTGT
5' ss Score
5.39
3' ss Seq
GTTGACTCTGTGTTTCACAGGAA
3' ss Score
8.42
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Secondary ID
ENSRNOG00000016910:ENSRNOT00000022755:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.007
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061714=RasGEF=FE(23.2=100)
A:
NA
C2:
PF0061714=RasGEF=FE(13.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]