MmuINT0131369 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000038831 | Ralgps1
Description
Ral GEF with PH domain and SH3 binding motif 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1922008]
Coordinates
chr2:33284825-33336620:-
Coord C1 exon
chr2:33336513-33336620
Coord A exon
chr2:33284909-33336512
Coord C2 exon
chr2:33284825-33284908
Length
51604 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCCGTAAGT
5' ss Score
10.11
3' ss Seq
CGACTCTGCTTCCTTCCCAGGAG
3' ss Score
8.84
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCAGCAGCAGCTCAGACTCGCTGGAGGGCCAGAGCTGCGACTATGCCAGCAAGAGCTACGATGCTGTCGTCTTCGACGTTCTGAAAGTGACTCCCGAGGAGTTTGCC
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGTTGGCCAGTTGTGGATGGAGTAAAAAGGAGAAACACAGTCTTGCCCCCAACGTCGTGGCCTTTACCCGGAGGTTCAACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000038831:ENSMUST00000042615:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061714=RasGEF=PU(9.1=47.2)
A:
NA
C2:
PF0061714=RasGEF=FE(14.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types