MmuINT0131737 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000049044 | Rapgef4
Description
Rap guanine nucleotide exchange factor (GEF) 4 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1917723]
Coordinates
chr2:72046143-72061224:+
Coord C1 exon
chr2:72046143-72046221
Coord A exon
chr2:72046222-72061073
Coord C2 exon
chr2:72061074-72061224
Length
14852 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCAATATCC
5' ss Score
-12.74
3' ss Seq
TTTCCTTGACTCCTTGGCACTTA
3' ss Score
-2.25
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTCGGTTTTAAATGACTTTGTTATGATGCACTGTGTTTTTATGCCAAATACCCAGCTTTGCCCTGCCCTTGTGGCCCA
Seq A exon
ATATCCTTTTGTCAAGGTAAGCTCTTGGAAACACCCCACATGAGCGTGGCCATCATGACAGTCCATCTCCCGACGGTAAGTCATGGCTCAGGCAGTATTATAGCTTTTGGTCTTATCAGACTCTGAAGCGCCAGCATTTACCCTGGTGTAGACAGACATCTGCTTTTTCTTGCCTATGGGTTTTGCCCACTGTATGAAGTACAAGCCAATTTACCTCAGCATCTTAGTCCATTTTCCAATTGCTGTAGCAGAATCCCCAACACTGGGTTGTTTATAAAAGAAAAAAAAGAAGTTGACTCAGTTCATGGTTCTGAAGGATGGAAGTCTCAGGACCAGGTAGCCTTGCACTGTGTCATTAAATAACAAAAGCAGAAAGGTAGGCAAGCACATGCTAACAGTCCCAGAGAATAAGAAGCCGCTAGCTTCCTCAGGTACGAGCCCTGCCCCTCAGAGAGAGACACTAATCTACCTGTGAGGTAGTGCTTCCATGACTAATTCCCCCTCTCAAAGATCCTTCCGCTTCTTAAAACCTTACAGCGTCAGTCAGATTTCAACTAGAGTGTCAGTGAGGACAAACTGCATCCGCACCACCCAGGAAGGCGAGGTCCACGGTAATCCTTTTCACTGCATTCCATTATCTTAGGACAAAAATACAATACTTGACATTCTAAGGACAGTCCACTAGACAGATCAAAGAGTATGTTTGGTTTATGGCAACTTTTCAATAATCATGTGAATCGACCGGCTGGTCAGTATTGGTATTGTAAGCATTCAAATTGTTAAACTGAATAAAAGAAGAGAATTTTGTGAGTGAGTTCTACTTCAATTTTGGAGGAGACATGAAAGTGTATTTTCCAATCCTGCTTTATTTCTAGAGCCACAAAAACTTAGACCTCAAAAACACTTTGCCCTTTTTGAGCAGTTAAATATATTCAAAGAGATTGTCTCTTTATTTCTTTTTTTGAGCAACCCAATCAATGTCGCCATGTTTTCCTTCTTCAAAATTATAATTGTTCTGCCTCATTCTCATTTTTCTTGCTCACCCATAATTCTCTCTGAAGTCAACAGAATGTGTGAGGATGGGAAATTGGAGTTGAATGCATTACGCAGAGGAAGCTGCAAGAGTAAGATTTGGGTGTTTATTTGCCTGGAAACGATATTTCCAAGTAATGGGAGCTTAATGAGTCTTACCTATATTATGTCTTCTTTCTGGCTCATCTTCGGTTTTCTAAAGTAAAATTAACATATTCAGGATCTCTTCACTCTATACATGCTAATCATTATGAGACCTCTGAGATTTGTTGGAAGTAAAATAAAAACCATTACTGAAATCCCACTTATTTTTCTCAGCAGTTAGCATGCCAGTAAGCCTAGAGCAGGCGAAACCAAGAGAAAACGAAAGTTTCAAGTGGCCAAGTCCTTGTCTTTATAACGTAAAGCCCCACGCACATAGCTCATTCCCTTCTCTTCATTTATCATCTTCTCCCCCTTTAAGAGGAACTAAGAGCATTCATACTGCTGGCTTGCTTTGAAAATGGCAGCTCCGGACAGAAGGGTCAGAGAGGAGCTTGGGTTGGTGGTGATGGTGGTGAAGAAAAGAAAGAAAACCAACAACAGCGACAATCCAGAGGAGACCTACACATCACAAGCCAGATCCTTCTACACAGAGGCAGGAGAGTCTGGATGCTGGATGCTGGAATTTACACCACCCGGCACCTCTAGACTCCTGCCTTCTCACCTGGCTCTGTGAGGACTTAGATTCTCTTCTTCATTCTAACTTGAATCAGTCCTCTAGGTCTCAGACATTCTTCTAAGAGCTTTGAACTACATGCCACCATCATCTTATCCTCAGAAGATTCTGTTGAGTTAGCGTTAGCATTGCTTTGCAAAGGTGGACCTTAAAGCCCTCCCCAAGCATCCAGTAGCTTTCCCAATGCCCCCAATGCAGTGATAGGGTCATCTGCAATTTATCACTTTGTTCTCTGGAATCTAATACTTGTTCTCTTTATAATTAATTTCTCTAAAAGATTATTAATTTTTTAGTGATTCTATAACCTTTAATTACAGTTTAAGAACATTTCTTGACAATACATTGTCAAGGCCTTGAGGTACAACTTAAGGGCTTTGCTAAAACCAAACAAAATGTCTCATAGGACTTCCAGCTATACCACACATACTCAGGGATTTTCCTAATGCATTCTTTAAAAAAAGGAGGAGGAGAAAGAAGAGGGGGAGGAAGAGGAAGAGGATGAGATGAAGGTAGTGGTGGTGGAGGTAGTGATGGTGGCGGTGGTAGTAGCGACCTTACCAATTTTAATAGTTCCCAGAATGTGCAAGGCTGGCACGTAGGGCATCTCATTTGCATATTTACCTTGAGAACCAGGGATGTCCCAACAAACTAATGAAGGGTTTGGCTTGCAAATCAGCCCGTGAGGCTCTGGACCATGCAATTTTCTAGTCACCACTGCTCGCTCTTTCTAGTTCAGTGCCCACTAAGTTAACACTGGTGTTGCAATGAGCTGACCTCCTGTGACTTGATTGTCCTTGTTTTAATTAGCACTGCTGCACGAGGCTAGTGGCCACTGCCACACTGGGCTGCTTAGTCCTTACGCTTCAGGAGCCCACGATTCAAATGAGAATTGTTCTTTGATGATGAGAGATAACGTCCCAGAATGACAGGGCTGTTCCTGCCTCAAGTAAGAAAAGGTCACATATGTGCAAGGGCTCCTATATTATACAGTTTCAGACTTCCTGTCCTCTCAAGGAGATGGCGTGGATAGGGCCCATAGGTAACTAGCTTTTGTGGTCACAAGTAATGTAAACCAGCTATGACTGGCTGAAGGAGTAAAGCAACCATCAGGAGGGAACAGGCAGCTTGGCACACTGGAGGATCCCAGTGATCCAAGACCTTAGGAAGGGGCCTGAGCAGGCAGGCACTTAAGGCCTTACTGATGAGACAGATGCACACAAACCTTCTGGCCCTCGCCTCTTTCCCAAATCCTTGGGAATGGGGGCCTATTTGACCTTGTGATCAGTAGGAATCTTGGGCATGTGGAGGTGAAAGAGTTCTCTGTACAGGTTTACAGAGGCAGCTTGACAAGACAGAGAGAAATAGCTAGCGACCCGATAAAACAACATGTATGTATGTGCATATGTGTGTGTGTGTGCATACATATGTATATGTATATATATATGCATGTGTGCAAGTGTGTATATATGTCTATGTTTACTGCACCCCATAAGCAACAGAGATCTTGAATGAGCAGCCAGACAAGTCGGTTGACTCCCAGGTTAAGAATACAGGGGCATGGGAATGGTAAAGTACTTAAGCACATTTAGTGTCTCGGTGGGTTTTGAGAAAGTACGGAGTGTTTTCAAAGTGCTTGACATTTTTGACTTTCCATAGCAGCCCTTAAAAAGGAGCAGTCAGTATTTTTTTCACTGCTCTTTTTCCAAATCAATAAACTAGGATAATGAGAAATTATGATTTTCTCAGAGAAAGGTAATTACCTGCACAGAAAGGATCGGAGCCCAGAGCCACTGACACCTATTTCTGTCCTTAATCCACATTGTGTGTCTCGTCTAGTTTTTCTTCTAGCATGGAAAACGTGGTAGAACTCAGTTTAACATTAATATACCCGCCCTTTTATGTGCTAATGAGAGAGACTCTATTCACTAGATACACTTTGGACATGATCTGACCTGATGAATACAAGTTCTTTATAATGAGTCTTAAAATCATATTTGTTCATTTCCTATACTTTTCATCTCCAGCTTTTTAAACCCTTCTTTTTAAAAAAAATCTATATTTAAAATTCAGTTCAATTTTCCTTTAGTCTAAAAAGAAAATTAAAGCTGCCAGCATACAAAACCTTATTCCTCAGTTATAACTATGGCTAACGTTTTGGTATGTATTCTTGTCATCCTTTTTAATAAATGTAGATACATACTTTTTAAAAAAAATTCTCATTTCCTTCCCCCAACGTGTGTGTCTGTGTGTGTGCATCTGTATGTGTGTATGTGTGCAGGTGTGTGTGTGCACATGAATTTATGTGGAAGCCAGAAGTTAAACCTTAGGTGCTGTTCTTCAGGAACCATCCACTTTGGTTTTCCAAATGGGGTCTCTCGTTAGGACACTGGGCTAGCTCAGTAGGCCAGGCTGGCTGGCCTGGGAGCCCCAGAGGCCACCTGCATTTACCCTCTCAGCACTGAATGTACAGGCACACATCACCATGCCTGGCTTTTCAAGGCAGGTTCTGGGTACCAAAGGCAAGTTATCATGCTTGCACAGCAAGCATTGTATCAGCTCAGCCATCTGCCCAGCCTGACAGAGTTGCAAATGCAAGGCCAGGACTGTGCATCATTCCATATGCTTTGTCATTAATAGCGTTGATGAACCTCTTTCTATGCCACTGAATATTTATCTACCATTTAAAAATATATAAACTGTTGTCACTATCAAAAATACTTTCCCTGCAAAACTTTTCTTTTTTTTAATTTATTTTCTTTGTAATTTATTGTTTACACTCCATATTCCATTCCCACCCTACCCCCATCCACCCTCTGACTGCTCCACATCCCACATCTTCTCCCCACCTGATCCTGTCTCCGTGGTGATGCCCTACCCCCCCCCCCCACCTGACCTCTAAACTCCCTGGGACCTCCAGTTTCTTGAGGGTTATGTGCATCCTCTCTGAATGAACACAGACCTGGATGTCCTATGCTGTATGTATGTTGGGGGCCTCATATCAGCTGGTGCATGCTGTCTGTCTGGTGGTTCAGTGTTTGAGAGATCTCAGGGGACCAGATTAATTGAGACTGCTGGTCCTCCTATAGGATCACCCTTCTCCTCAGCTTCTTTCAGCCTTCCCTAATTCAACAACAGGGGGCAGCTGCTTCTGTCCATTGGTTGGGTGCAAATAACTGCATCTGACTCTTTCAGCTGCTTGTTGGGTCTTTCAGAGGGCAGTCATGATAGGTGCTTTTTTGTGAACGCTCCA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Seq C2 exon
TTACCACGCACAGCCTTCTCAAGGTACCGAGCAGGAGAGAATGGATTATGCCCTCAACAACAAGAGGCGGGTCATCCGCTTGGTCCTGCAGTGGGCGGCCATGTATGGCGATCTCCTCCAAGAAGATGATGTGGCCATGGCCTTCCTGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000049044-Rapgef4:NM_019688:16
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.196
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061815=RasGEF_N=FE(24.3=100)
A:
NA
C2:
PF0061815=RasGEF_N=FE(46.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: