MmuINT0132614 @ mm9
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr17:3171103-3177224:+
Coord C1 exon
chr17:3171103-3171220
Coord A exon
chr17:3171221-3177092
Coord C2 exon
chr17:3177093-3177224
Length
5872 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCCGT
5' ss Score
6.16
3' ss Seq
CATTTGTTTGTTCTCAGCAGGTA
3' ss Score
7.92
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCTCACGTTTCAGAGTCTGTGAACAACTCCATCTTCCATCAGATAGCAGAACAGCTGCAGCAGCAGAACTTGGAGCAGTTGCGACAGCAGCTCCTGGAGCAGCAGCAGCCTCAGAAG
Seq A exon
GTCCGTGCTCCCCGCAGTTACTGGGCATTCCGGGGGACGCTTGAGTGGTGTTCCTTCTTAGTCTTTAGAGCTATTTGTTCATCTTTGTTTTGCCAGCTACTTTATGACCTTTCTAGTGTATTTCCTTTCAAAGACCTTTATAGCTGTGCCTATTATTAAAAAAAAAAAAAAGTCTGGCAGTGTAACGAAATGATGTATCAGCATGAATTTCATGATAGAAGACAGTGTATTTTGGAGTTAACATCTTAAAGCGTCATGTTTTCTCCTTTCTGCTGTACTCGTTTAGGAAGGTAATGGTAATGTTTAAGCAGATAAATATTAATGATTTTTAAAAGAAATTTATTGATAATGCCATGTGGTAGGAACTTCATTACAAATAGGAGAGGCATATTTTTACTTATAAATTTTCATGTGGAATGTACCATGACTACCATTTACTCCAGAGGAAGTTGAACTATACTGAGATAAAAGATCTAATGAAAAGTATGTAGCTAATGGTATAGAATTGCCTTTATTTTATGCATAACTAAGAGATAGGAACCCTTCTAAATTAATATGTAGTATCATCGTGTCATTTTGAGATGTTAGGAGTTCCAGAGATGCTAAGATGTGGAAGAAAAGAAAAGCTTCACTTTAGAAGTGATAAAATATGTCAAGTTACAGAGTAAGATTTAGTTTTACAAAAACCTACTTGGAACCTGTATGAGAAACACTGGTAGATAACCAACCATACTGGGCCTTAGTCACTAAAAGTGATCAGTCATGAATTTAAAACAACCTATAAACATACTTTACATGTGATTATATATTTTTAGGCAAGTGACACATATAATGATGGACAGGAAAGTAGTTCAGACCTAAGGTGTAGAACCTTTTCTCTAAAGAAGTCCAAATGTTTGCATAAACCCAGACTCTGGAACAGAGGTAACAGTTCAGGGTGCTGGCATCATGGACAGGACTTAGTACTTCCGAAGTTTAGAACAATGTGAGATACTGAGCTTGAACATGACTTTGTAAGTGCAAACAGTGTAACATGGAGGTGTCCAGAGATACTCGAGAACTCAGTTCTGATTCAGTTGATCTGTGTAAGAGGCATGGTATCGCAAAAGTGATATTCTCTTAAAACTACAGGAAGGTAAACATTGGCATGTTTGTGTGAGTCAGTCATAGAGGATAGTAACTACAAAGTTCATAGAGACAAGGGTGATGCTCTCTGTCCAGTAACAGCTGTACATAGGACAGGCTGAGCTTCTGTATGTAGCTCAGAAGCATTAGCAGAAGCAGCAAGCCAAGGCTGCACTCCCAATATGAAAGAGACTGGTCATTTGAGAGCAGCAAGTCTGAAACCAGCAAGTCTCACCAACCAGAGAACCAATTACTCATGTTTAGTTTCATAACTTTGACACATACAATAAAAAGATCCTTTTAAAAGAAAGAGAACTTAAGTTTCCATTGTCCAAAGCTTGTTTAATGATAAAAAATGCTGTCTTAGTTAGGGTTTCTATTGCTGTGAAGAGATACCATGACCACAGAAACTCTTATAAAGAAGACATTTAATTAGGGCTGGCCTACAGTCTTCGGTTGAGTTCATTATTACCATGTCAGGGCATGACAGTGTGCAGGCAGACATGATGCTGGAGAAGGAACTGAAAAGTTCTACATCTTGATCCACAGGCCGCAGAAAATTGTTTGCCACACTGGGCATGGCTTGACTATATAAGACCTCAAAGCCCACCCCAACAGTGACACACTCCTCCAACAAGACCACACCTAATAATGGAATTCTCTCTTGTCAAACATTCAAACACATTAGTCTATGGGGGCTATTCCTGTTCAAACTACCACACAGGAGGACGTTGTGTGATTCGGGGTGGAATGGGTGCTGTCTCCATGCTTGAGAACATTTGCCACTGCTTGCAGAGAACTGGAGGTAGTTTCCCAGCATTCATGCTGGGTGGTTTACAACCTCCAGCTTCAGGAGATCAGATGCCCAGGACACACATATACATAAATACAAATAAAAATTAGAGGAAGGGGTGGTTTTGAGAAAGGTTCTCATTATATATATATAGCTTTGGCTGTCTTGGAACACATCATGTTGACACGGCCTCGTACTCACAGAGAACCACCTGCCTTTGTCTAACAAGTGTTGGGATTAAAAACATCCACCACTGTGCCTGGCTCTAAAATCTTAACAACAATGAGAAAGACAGAATAAGATTTGCAGAAAAATCAAGTGCTTTTGTTAACATTAGATCCATGTATCTATCTATCCCTCACTAAGATGCTACCATCCTGCTCTGTGCAGGTCAGCCACAGCAACAGCGTACCTTGGGTTAAGGCCCTAGAATAAGAAAGGACATGCCTGAAAGGTTTAAGAACATTTGAAAAACTGGAATGTCTTTCTAATTAAGAAGAAAATGGCCAGAATTATAGAGGAATAGAAGCTTTATCATAATGATATGGTTTCTGTTGTGTTAGAGTTTTGTGGTTTTGCTGATTAGTAGGATAGTCAAAATATGTTACTCAAGATGAAATGCTAATAGTAAAATTTTAAGAGAATCTTTAAAATATTCACCTTAGTAATGATGAAGCACTGTCAGTGGGATGTCTGAATTTACTTTGTTTCAGAATATGATGGAACTGGCAATGGTGGCACATGCCTTTAATCTCAGCACTCAGGAGGCAGAGGCAGGCAAATCTCTTAATTGGAGAATAGCTTGGTTTCCTCAGCTAGTTCCTGGACAGTCAGGGCTACATAGAAGGATCATGTCTCAAAAACAAACAATAGCCAAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAACGAACGGAGGTGACACTCTGCTATATTGTAGATGACTTATTGTTTGTGGAGTCAAGTAAATTTTAGGATATTGATTATATGGAGTTATAAGAGTGCTGATTTACATAAATGCTGTCAGTGTATCACATGGCATTCAGTGACACCCTTGATAGACTTTGCTGTCATTTCTACAGATAAAACAGAAGCAAAGGATACCTGAAGGCAATAGAATAAAGGTACATAGGAGTGTTAGGTGCCAGTTTGAGAAGCCGATAGCTGATGTGATAGCCAGTGGTAACAGTGCTTTTGTATGTTCCTTGTTTATTATTGATTTGCATGAATACGTAGTTGTAGAAACTAGATGTGCTTATCAGGATGTAACCAGGAAAAATGTCACTTGCCTCCTGGATCCACTGAATACTTTTTTTAAATACAGAAGTGAGACTAAAGGAGTAGAGAGAACTTCACTAATTTTTATATAATTTCAATGTTATGAATCTTCTTCTTTGCCAACTAAATTGAAATGCTGATATATTTTTTTTTAAAGAAAGTGGAACAATCTAGGTTCTTGTTCCAAAATCAGTATTAATGCCCTGATGGGGGTGATGGTGTGGTTAGGTTGCTTCCTTTATTCTTCTTAGTACTTTGGTTTGACAGGTACACTTAGTGTGGTTCTGCTTTTTGTTTTCTTTTTTTCTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGGTGCAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTTGCTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCAGCCTGCCTCTGCCTCCCATGTGCTGGGATTAAAGGCATTAGCCACCATGCCCGGCTTGGTTTTGCTTTTTTTAATTGGCCATAATCATTAGGGTCTAGAACATGCTATTTCTTTGCATTTCTCTCCTACTTTAATTAATATTATAAAGTGTATATGTGAGTTGTCTTTGCCATACACATAAAATTAAATGTCTTAGGTATCCAGTACCTAAAGAAGGCTAAACAGAGACCATAGAATTTAGTAAAAATCGAAAACTTTCCTGATGTGTGGCCAAGAGTTCTGTTGTTCCTGTACCGTTTAAGTATTTCAGCTAGAATTGCGTGAAAAGAGTTTGATATATTCTGGAAGCGCATACTTAACCTGAGGCTGGAGAGGTGGGTCAGTGATTAAGAATACTGGCTGCTCTTCCAGAGGATCCAGATTAGAATCCCACATCTGTGCTTAACCATTTGTAACTCCAGTCCCACAGGATCCAGTGCTCTCTTCTGACTTCCTTAGGCACTGCATGTGTGTTTGCACAGACAGACAGCAATTACTATGAAGTTAGGGGGAAAAAAAACAAAGGTTATACTTAATACCTTTTGGGTTCTGTCATGATTCAGGAGACAGTTGGTCTGCCATGACTTTTGCTTAATGTATATTTGTCAACTTTGAAACAAAGCTGCTTCTTTCTTAGATCCTAAGGATCTTAACAATTGTTATTTAACATTCTGCCCTGAATTTTATGATACTGTCTTTTCTCCTAGTTGTAAAATATATTACTTGTAAGAGTAATGTACTCTACATTTCCCTGTAAACAAATTATTATGTCAACTGGTTTAATGTGGCTGAAACACTATAGAAATCCCAATCTTGCATCAAATTATTTTATTGTAATAGTGTATAAAATAACCAGATATACTCAAGATACCAACTGTGTTACCATGTTGGTAATTTCCACGAGAATTAAATGGAGTTGTAAATTCAGATTGTAGCTATTGTAAGTTCACTTTTGTAAATAGCACAGTATTGACTAAATTTTTTTTTTTTTTTTGATTCATTAATTTTGGTGGTGCGCATATGAGTTTAGGTGACAGCTTCAGGGGTTAAATTCAAGTCCTAAGGCCTGCTGACAGGTGCCTTTACCCACTAAAATATCTTGTCAATACTCACATTCTGAACTTGAAATAAACCATTCACAAAACTCTTTATTATAGAAAAATACACATACGGGCTGGTGAGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACCAACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAATCACATGGTGGCTCACAACCATTTGTAACAAAAATCTGATGCTCTCTTCTGGAGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTATACACATATAGGAAAGAAAGAAAGAGGGGGGGGGGGGAAGGGGGAGGGGGAAGGAAGGAAGGA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Seq C2 exon
GTAACTCCTCAAGATAGCCAGGAGGGGACATTTGGGTCTGAGCACTCAGCTTCTCCCTCACAAGGGAGTAGCCAACAGCATTTTCTGGAACCTGAAGCAAATTTAGATGATTCCATAGACATTCAGCAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
-Rbm16:NM_134123:9
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: