BtaINT0128944 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000031917 | SCAF8
Description
SR-related CTD-associated factor 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:20959]
Coordinates
chr9:92847696-92853539:+
Coord C1 exon
chr9:92847696-92847813
Coord A exon
chr9:92847814-92853407
Coord C2 exon
chr9:92853408-92853539
Length
5594 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTGGT
5' ss Score
8.46
3' ss Seq
TTTGTGTACATACTCAACAGGCA
3' ss Score
6.66
Exon sequences
Seq C1 exon
TTCTCATGTTTCGGAATCTGTGAACAATTCCATCTTTCATCAGATAGCAGAACAATTGCAGCAGCAAAACCTTGAACATCTCAGACAGCAACTCCTGGAACAGCAGCAGCCTCAAAAG
Seq A exon
GTTGGTAACCCCACCTTGTGGTCTTTCTTGTTACTGCTGTCTGCTGTCTGTCACCTGGTGATTTTTCTTCAGCTGGTTGTTACTCGGAAGATGAGTCTTTTCAGGACCTTTACAGTTTTTGTTTGTTCTGTTTTTTTTTGTAATCTTGAAATGTGTTCTGGCAGCTTATATATCTGTTGAGAAATTATAGAAATTATTTTCAGTATACTGGAAGGAATTAGAGGACAGAAGACATGGTGGTGTTTCAGTATTACAGTGTGAAACTTTTCTTTCCTCTCAGTTACCTGTTAAGCAAGATCATGGTGATTTTGCTGTTGTTGTTGTTGATGATGACAAAGTAGGTTGCTATCTTTAATTAGACTCTTGGTAGATGGCAAGAGCTTTATTAGGCATGATTACAGTTAATGCTTATCAGATAGTTTTTTTACAGTTCATTTTTATCTTTCATTTGATCCTTTTCTTTAAAAAGGTATAGTTTCTTTGACCACATCTTTTATATGCTATCATATAGGTATTTTGAGTCTCATTTACACTGTAGGAAATTGAAGCTTAGTGAAATGAAGCATCCACTGTTAAAGTGCACTGCTAGTATGAAATACCTTCTGTCCTAAGACTCACCATTATTTTATATATACCCAAGAAGTTTAGAATATTTCTGAAGTATATGTAGGCTTCCCAGGTTGCACAGTGGTAAAGAGTCCACTTGCCGACGCAGGAGACACAAGAAATGGAGGTTCAGTCTCTGAGTCAGGAAGATTCACTGCTCCAGAATTCTTGCCTGGAAAATTCCATGGACAGAGAAGCCTGGCAAGCTACAGTCCATGGGGTTGCAAAGAGTCAAACAGAACTGAGTGAATGGACACACACACACACAAATTACATGTAACATTCCGTATAGTTTTAAGAATCTTCTAAATTTCAGGCATGATGAAATGTAAAGTTGTACCTTAGAATGGATAACATGTCAAATTATTGTGAAGCTAAGGTTAAATCCATTGCAAAGCCTGATTTTTCTCTATTTGAGAAATAGTTATGGATGTAAAACTCTTTACATTATGAGTTTCTGGGAATCTCATACTTCTTCTAATCAAATCTTTCTGGCGCTAATGAATTTAATACAATACCACAAATGTTTTTAAAGAATGAGCATTGTTAGACTGATGATACATCCAGAGAAGAACAGAGAAGCATTTTGCCTCAAGTAAGCTCTTCTCTAGTAGAGCATGTATATCTGTTTGATTACAAGGCAGGATACTGGTTTCGTAATAGAGGTATAAATGAAGGACTATGGGAATATGGAAGAGGGAAGATTAGTTTCGATAGCAAACCTTAGACGCTGTTAGGGTCTGACATTGTCCTTTCAATGCAAATGGTAATGGATTTTGTTGATATTTGTATGTTGGAACTTGTACCTGGAATCATGAGAATGAAATTCCATACCTTGTTTTGAAGAAATAATTCTGATAGAAGTAGGTGCATTATTTTATGTCAGGAAAATAAAATATATCTGCTTGAGAATTTAGGAACTTGAGGACAAAGAGTAAAAAACATTTGAATATTATTTAAAAGCACAAGTTGTGATTCAAGGAAAGGAAACAGATTGTCAGTGATATAAGAAACTTCAGAGCTATTACAGAGCCAAGAGGTAGTAGTAATGGACGTTTACTCACCTATAAATGTGACACCTTTGAATTTCCTTAGTTCTAATTTCATTTCAGAAGTTTTAGCAGAAACAATAAAATGAAGGTTTAACAGAAAAAGAAAAAAAAGAATTCTGGTCATAGTTGATTGCCTTATATATCATCTCCACAATTTTAGAAGGTATAGTAATAGAATCTCTTTGAAAGGAGTAAATGTTCTTAAAAGTTTCCTTGTTCAAAAATGGCAGTGAAGAAAAAAAGCAACTTTTCTTAGGCATAAGATGAATAGTGTTTAAAACCTATCACAAATTTAAAATTGAAGAGTAAACATCAACAGAGTAGCAGTTAAATTCAATCAGTTGTGTAATTGGCTCTACCAAACCAGTTATGTATTTAAGATGGGGTGGAATATGCAGAAAAGCTAAGTGTTTCTAGTCACCGCTAAGCTCAGTGTGGCTACCTGAAAGTTTCCATAGTCTCAGAGTGAAGAGGGTATTAGGATTGCTAGTGCTGCTCTGTTTCTCGCAGCCCTGACCACACTGGGGTAAGGGCTTGAAGTCTTTTGTCTAATGATGGAAGGCTGGTGGAAGACGGGAGAACTTTCTGAAACTGGTTGAATCATGAGGAACTAACAATCATGTCATAAAAGGAATGGTTTCTGTTGTCTTGAGTAGGTTAGAGTTGTGCTTTTGATAATTGTTTTATCAGATATCCAAAAGATGTCAGATAACTCAGAATGAAATGCTCATGATGAAAGTGATAAGACTAATAAAAGAACTTTAAACAAAGTGTTAGAAATAAAAAGATTAGAAAAGATTCAGCCAATTAATAATACAGCGCTATCAGTGGGATATCAGCAATATGTAACTTAACTTTGCTTCAGTAGTTTTGTACTGTTGTTTTTGGTCGTTGTCTTTTCCAACACTTTGCGACCCCATGGTCTGCAGCACACCAGGCTTCCCTGTCCTTCACCGTCTCCCGGAGTTTGCTCATATTCATGTCAGTTGAGTCAGTGATATTATCTAACCATCTTATCCTCCGTCGCCTGCTTCTCCTCTTGCGCTCAGTCTTTCCCAGCATCAGGGTCTTTTCCAGTGAGTTGACTCTTTGCATCAGGTGGCCATAGTATTGGAGCTTCAGCTTCAGCATCAATCCTTCCAGTGAATATCCAGGGTTGATTTCCTTTAGGATTGACTATCCAAGGGACTTCCAAGAATCTTCTCCAGCACCACAGTTTGAAAGCATCCATTCTTCGGCTCTCTGCTTGCTTTATGGTCCAACTGTCACATCCATACATGACTACTGGAAAAAACATAGCTTTGACTAGATGGACCTTTGTCAGCCAAGTGATGTGTCTGTTCTTTAATATGCTGTCTAGGTTTGTCATAGTTTTTCCTCCATAGCTTAGACCTTAGATGTAGTTAAGGGTCCAGTTGTCCTAATGCTAATTGCAAGATCATAAAATAAATTATAGTTGAATTTTATTGTAATTTTTAAATACAGTTTTATTTTTTGGCTGTCCTGGGGCTTCCTTGCTGCTTGGACTTTTCTCTGGTTGGGATGAGCTAGCTTCTCATTGCAGCAGCTTCCCTTGTTGCGGAGCAGAGGCTCTAGGACACTCGAGCTTCAGAAGTTGCAGCACATGGGCTCAGAAGTTGCTACTTCCCGGGCTCCAGAACACAGGCTAAATAGTTGTGGCGCACGTGGAATCTTCCTAGATAAGGGATCCAACCTGTGTCTCCTGCATTGGCAGGTAGATTCTTACCACTGAGCCACCTGGGAAGCTCTGTAGTTGAATTTTTAAAGTAAATTTTCTCTTTGTTCTTCATAAGATTTCAAAGAAAAAATAGAGTCATGAACCGCAGCCTTTTCAAATAGGTAAAACTGCTCAAAAAGAACCTCAGAATCTAACATTGGTTGCAGTGGATTCTGCTGGTTATACCAAGCAGACTATTACACAGAAAATCAGAGATGAAAGACAGAGGTGGGGTGGATGGTAGATGGGATGCTCCAGGTGGGTGGCGAGCTAAGAAGTACATTATGTGAGGGGTGTAGCAGTACTGAATTAGGGCCAAACAGTAGGGCTCGGGATAAAATGGAATATAGTCTTGCTGTGTTAAGAATTTTATTTTTATTGTACCACTTTGAAGGCTGGGACTGTGCTTAAAACACACTTTGATTTGTTCTCAAAAGTATACTAATTTACCAACTTTTTGGTCAATAGTGTGGAATAAAGCAGGCATTTAATTAACAAGTTTTTTAGCTTTAATTTATTTCTAAACCTTGAAAATGTTACTTGTCTTTGGGGAGCCTGTTCCTTCATAAATTAATACATTGGAATGGTTATTTTATGCTTTTTTGACTCAGTTTTTCTACTGCTTGCTTTTCTTTCAGTTTAAATGTCGTTAGAATAAGAGTAATTAAAAATTTTTTTATGAGATATAATTGACATAACATTGTGTGAGTTTAAGGTGAACAACATATTGATTTGATATGATTATATATTGAGATATGATTACCTCTATTGTTAGCTAACACCTCTATCTTGTCAAATAATTATTTCTTTTTTGCGATGAGAACAATTAAGATTTAGTCTCTTAGCAACTTTGAAATTTATAGTATTCTCTGTAATCACTGTACTGTATTCCTTTTACACACAGAGACAAATTCATAGCAAGAGTAGCTTTGTTCTTCGTAATAGATTTGTAGGAAGGGAACAGTAGTTTGAGTTATCCTTTTCTGTTAATAATTATGATATTCAATAGTTCCCAACTTGTGTACTACCAGGGACTCTCTTTATTCATTTTTAGCACCTGTGAGATCATGTTTTAGGATGTTTAATTAGGGAGTCATTTTTTTTTTCCATAATAATCAATTTCTCAGTTTTAGTTAACATCATCAGTCAGTTCAGTTCAGTTGCTCAGTTGTGTCCGACTCTTTGCGACCCTATGAATCGCAGCACGCCAGGCCTCCCTATCCATCACCAACTCCTGGAGTTCACTCAAACTCATGTCCATCAAGGCGGTGATGCTATCCAGCCATCTCATCCTCTGTCATCCCCTCCTCCTCCTGCCCCCAATTCCTCCCAGCATCAGAGTCTTTTCCAGTGAGTCAACTCTTCTCATGAGGTGGCCAAAGTATTGGAGTTTCAGCTTTACCATCATTCCTTCCAAAGAACACTCAGTTCTTTGGAAGGAGCAGCAGCAGCAGCATATAAGCAGAGTCCCTGTATCAAGTTGCTGTAATTGTAGTCCCAGGTTGGGGGGTGGGGCGGGGATTTAAATTTGTTTTTTTCCTATAGTTAGGCTTCATTGCCTAACTTTTGTTTAGTCTTTCTAAAATGTTTTACATATCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTAAGTCGCTTCAGTTGCGTCCGACTCTGTGCAACCCCATAGATGGCAGCCCACCAGGCTCCTCCATCCATGGGATTTTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGGTGCCATTGCACCTCCTAATACTGTTTTGTGAATTCGTAGAAGTGGAGGTTGAAAAAGACCCAAGTTCTAAACTGATTTTACTGGATCAGTGATTTTGATATTCAGGTTTGAGCTTTGCTTTTGCTTGTGTATATATAGTGGGTGACTTAGTTCTTTATATATCATTCATGATACAGTCCCTTTATTCACGATAGTTTATCTTTCTCACAATGAAAAATTTTGTTTGGAGACTTTCTTAATCTTACCAGTCTCTTCTAGTGTTACAGTATCCCCCTTTATGGAGGTATTCTGTGCTTTCAAGTAAACTTGGATTTATACAAAAGAGCCATTTTAGATTGATCATTAAGGATGTAACAGAATTTTTTTGGTATTGGGTTTCTTTTTAAAAATTTGATTGTGATGTTTGCATGTAAATTTTCATTTATAATGTTATTCATTATTTCCCAATGCTTGTGTGTTTGTGTACATACTCAACAG
Seq C2 exon
GCAACTCCTCAGGATAGTCAAGAAGGAACATTTGGGTCAGAACATTCTGCATCACCGTCACAAGGGAGCAGTCAGCAGCATTTCCTTGAACCTGAAGCAAATTTGGATGATTCTATAGATATTCAGCAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000031917:ENSBTAT00000045257:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.600 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF100254=DUF2267=FE(27.9=100)
A:
NA
C2:
PF100254=DUF2267=FE(30.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]