RnoINT0131094 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000016919 | Scaf8
Description
SR-related CTD-associated factor 8 [Source:RGD Symbol;Acc:708362]
Coordinates
chr1:44068956-44076018:+
Coord C1 exon
chr1:44068956-44069073
Coord A exon
chr1:44069074-44075886
Coord C2 exon
chr1:44075887-44076018
Length
6813 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCCGT
5' ss Score
6.16
3' ss Seq
CATTTGTTTGTTCTCAACAGGTA
3' ss Score
11.09
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCTCACGTTTCTGAGTCTGTGAACAACTCCATCTTCCATCAGATAGCAGAACAGCTGCAGCAGCAGAACCTGGAGCAGTTGCGGCAGCAGCTCCTGGAGCAGCAGCAGCCTCAGAAG
Seq A exon
GTCCGTGCCTCCTGCAGTTCCTGTGCTCTGCAAATGGGCATTCTGTGGGATACTTGGGTGGTGTTCATTCTTACTCTTTGGAGCTATTTATTCATCTTTGTTTTGCCAGCTACCATGTTTTTTCTAAGGTATTCTTTTCAAAGACCTTTATAGTATACAATGTAACCAAATGATGTATAAAAATTAATTTCATGATAGAAGACACATGTGTATTTTGGAGTTACATCTTAAGCTTCATGTTTTCTCTTTTCTGCTGTACTTGCCTAGGAAGGCAATGACAATTATGCTGATGTCTATGCAGATTAATATTGCTCATCTTTAAAAGAAATGTATCCCTAATGCCATGTGACAGGGACTTCATTACACATAGGAGAGGCATTTTTTTACTTAATTTTCATGAAGAAGGTACCATGACTCCCATTTCCTCCAAAGGAGGTTGAAGTGTACTGAGATAAAAGATGTATTGCAAAGTCTTTAGCCAAGGCTATCTGGTCAGTGTTAAGAATTGCCTTTATTTTATGCATAACTAGGAGGTAGGAACACTTCTAAACTGCATTCCCAGCATGAATGTCCTCATGTCATTTCAAGATGTTAGGAGTTCCAGAGATGTGGAAGAAACAGAAGTCTACTGTAGATATCATAAAATGTCAAGTTACAGAGTGAGGTTTAGGTTTTTTGGGTTTTTTTGGTTCTTTTTTTCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGCGTGAGGTTTAGTTTTACAAAACCTGTTTGTGATCTGTATGAGAAACATTGGTAGATATCCACCCAGACTGGGCCTAAATCACTAAAAGTGCCATCAGTCATGAATTTAAAATAACCTACAAGCATATTTTACATGTGATTATACATTGTTTAGGCAAGTGACACATACAATGATGGACAGAAAAGTAGTTCTGACCTAAGGTGTACATACACCTTTTCCCTAAAATCCAAATGTTTGCATAAACCTAGACTCTATCATAGAGGTAACAGTGCAGTGTGCTGGCGTCATGGAAAGGACTTAGTACTTCTGAAGTTCAGAGCAGTTTGAGACACATTTAGAGCTTGAACATGACCTTGTAAATGCAAACAGTGTACCACGGAGGTGTCCAGAGATACACTACAACTCAGAAGCACAGCCTGGGCTGACAGACAAGTTCTGATTCAATTGGCCTAAGTAAGAGGCATGGTTTTGCAAAAGCTCTGTTCTCTACAAGACTACCAGACAGTAAATACTGGCATGTTTGTGTGAGTCAGTCACATAGGACAGTAACTACAAAGTTAATAGACACAAGGATGATGCTTTGTCCATTAACAGCTGTGCACAGAACAGGCTGCGCTGCTGTAGCTCAGAAGGGTTGGCAGAAGCAGCCAGCCACGACTGCCTCCCTACATGAAAGAGACTGGAAGTTTCTGAGCACCAAGGAAGAAGTCTCACCAGCCAAAAAGAGAGCCACTTACTCATATTTTAGTTTCAAAACTTTGACACACTCAGTAAAAAAGATCTTTTTAGAAGAAATAGAGCTTAAGTTTCCATTGTTCAAAGCTTGTCTAATGATACAAGTGTCTTAGTTAGGGTTTCTATTGCTCTGAAGAGATAGCATGTCCACAGGAACTCTTATAAAAAGACATTTAATTAGGGCTGGCTTACAGTCTCAGGTTGACTCCATTATTATGTCAGGACATGGCAGCATGCAGGCAGACGTGGTGCTAGAAAAGGAACTAAGAGTTCTCCATCTTGATCTGCAGGCAGCAGAAGATTATTTGCCACATTGGGCATGGCTTGAATATATAAGACCTCAAAGCCCACCCCATGGGACACACTGCTTCAACAAGGCTACACCTAATAATGGAACTCCTTTTGTCAAATACTCAAACACATTAGTCTATGGGGACCATTTCTGTTCAAACTGCCACACTCCACTTCCTGGCTCCCATAGGCTTGTAGCCATCTCATAATGCAGAAATGTATTCAGTCCAACCTAAAAGACCCCATAGGTTTTTCCTTCCATTTGTTTGCTTGCTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTAAACTCACTTTACATCCAGGTTGATGCCTCCAGACCCCCGCTCCCAGTTCCTTACCCATCCCCTTCCCTTCTGAGAGGGTGGAGTGACCCCTCTCCCCCAAGTATCTCCCACCTTGGCACATCAAGTCTCTACAGGGCTAGACCAATCTCTCCCCCTGAGGCCAGATAGGACAGACAGCCCAGCCAGGGTACTGGATTCCACAAGCAACAGCTTTAGAGATAGTCTCTGCTTCAGTGTCCCCATAGTTTCTAACACTCTCAAACTCATTAAAAAGTTCAAAGTCTCTTCTGAGATTCCTGTAATCTCTTAACTAGTCCCCTGTAAAATCAAAATCAAAAGCAGATCACATACTTCTAACATATAATGGTACAGGATATACATTACTGTCCCAAAAGGTAGGGGAGGGAGCACAGTGAGGAAATACTAGATCAAAGCAAGACAAAAAACCATATGGGCAAACTCAAACCCTGCACCTCCATGTCTGATGTCAAAGACTCCTCAGATTTCCAGCGCCTTTCAGCTTTGTTGGCTGCAATAGACTTCTATTGTGCTGGTTCCTCGCCCTGTTAGCAGCTCTCCTTGGCAGGTATTCCATGGCTCTGGCATCTCCAACATTTTGGGGTTTCCGATGCAGTTAAGGCTTCACCTTCATGGCTTCACACAATGGCATCTCTAGGCCTCCAGGAAGAAACACCCCTGCCACACACCAGGGCCTCAGCAGCTTTCCTTAGTCATGGAGGGAGATTCCATAACTCCTTCCTTTCTTCTTTCTTTGACTCTAGAGCCAGAACTACATGACCAAAGCTGCTAAGTTTTGCTGCTTGCTGGGGTAGAACATGGCCACCTTTTTAATTACAACCTTATCAGCTTTCTGTTTTCAGTGATGCTGTTTACTACGTAAGCTTGGCTGCCCTGGAACTCTCGCTTTGTAGACTAAGCTGGCCTTGAACTTAGAGACCCATCAACCTCTGCCTTCTGAAGATTAGAGGAGAGTGCCACTATACCTGGCCCTCAGCTTTTCTTTAATTCCTTTTCACACGTGGGAAGCTCTGAGTTCACCTCTCGTTTTAGTCTATCTGCCATCAGGATTGTCTTTAATCTGTTTTATCTCTGTGAACACAGAGCTCCATTCTACTTCCCGATGCCCCTTTCCTCCTCAACTTGTATATTTTACATTTTTCCTTCTCAGTTTGCTCTTTTTGGTTACAGATTTTCATAAGAGTGAACACTAATAACCACAGGACAGAGTCATTACTAACCTGTTTTGAGATTTTTTTTTCTTTTCTGCCAACACAATCCAAAACTCTTCAATTTAGCCTTGGGCAAACTTTTGGACAGGGACCAAAAGTAGGCACATTCTTGGTCAGAATATCACAAGAACAGTCTCTAGGCCACATGACATTCTCTGAATCTTCAGCACCACCCTCCTCCATGTTCTTAGTCTCCTACCATGTTCCTCCTGGCCCATTAACCCCCACTTAAAGCATTCTACTGTTTTCCTAACCCACAGTCCCAAGGGCCACATTCCTCCAAAGGAAGCATAGTCAGGACTATCACAGCAGTACCCCACTCTCTGGTACCAGCTTCTGTTTTGGTTACGGCTTTATTGCTGTGAAGAGACTCATGACTAAGGCAATTCTTACAAGGCTCAACACTTAATTGGAGCTGGCTTAGAGTTTCAGACATTTAGTCCATTATCATTATGGTGATAGAAGCATGGCAGTGTATAGTAGACATGGTGCTGGAGAAGGAGCTGAGAGTTCTACATCTTGACACTCAGGCAGCAGAAGGAGACTGCATGTCACCACACAGACATTGTGGTGTGTAAGAAAAAGACAAGCAGTTGATTGCTAATGTGTGAAGTGAACAGTGAGTGTAAACTGGCAGGACGCTAGCTAGCTGGGTAACAGATGTATGGAGGAAGGTGTGTGATTGGGTGGAATGAGTGATGGTCTCATGTTTGAGAGCACTTGCCAGTCCTTGTGGAGGACTCGAGGTGGTTTCCCAGCATCCATGCTGGGTGCTTTACAACCTTCAGCTTCAGATCAGATGCTCAGGACACACATACCCATAAATACATACATATAAATAAGTAAATAAATAAACTGAGGAGGGGGTGGTTTTGAGACAGGATCTCCTTATATATGTAGCTTTGGCTGTTTTAGAACACATCATGTAGACCTCGCCTCATATCACAGAGATCCACCCTCCTTTGTCTCCCAAATGGTGGGATTAAAGACATACACCACTGTGCCTTGCTCTAAAATCTTTAACAACAACAAGAATAGCAAAAGATAGACTAAGATTTGTAGAAGCACTTTTGTTAGCATTAGATCTGTATAACTACCCCAAACTAAGATGGTGCCGCCTGGCTCCAGGCCTGTCAGCCACAGCAACAGTGTACCTTGGGGTTAAGGGCCAGGCATACGAAGGGATATACCTGAAAACATCTGAAAAACTGGGGTGTGTTTCTAATTAAAAAGAAAATGAATGACCGGAATTATAGAAGGATAGAAGCTTTATCATCATGAAATGATTTCTCTTGTCTTAATTTAGAGTTTTGAGGTTTTGCTGATTTGATAGTCAAAACATGTTACTAGAGCTGTCCCTCAAGGTGAAATGCTAATCAGGGTTTTAAAAGGGTCTTTGAAATAGTCACTTAGTGATGATAACATTGTCAATGGCATGTCTGAAGTAGTATAGTCTACTTTGTTTCAGAATATAAAGGAACTGGGAATGGTGGTGCATGCCTTTAATCTCAGCACTCAGGAGACAGAGGTGGGCAGATCTCTGAGTTGGAAAACAGCTTGTTTACCCAGCTAGATCCTGGACAGTTGGGGCTACATAGAAGGATCATGTCTCAAAAACAAACAATAGCAAAAAGACCCAAAATAAAAGGGAAAGAACA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Seq C2 exon
GTAACTCCTCAGGACAGCCAGGAGGGAGCATTTGGCTCTGAGCACTCAGCTTCACCCTCACAAGGGAGTAGCCAACAGCATTTTCTGGAACCTGAAGCAAATTTAGATGATTCCATAGACATTCAGCAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000016919:ENSRNOT00000065733:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.625 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]