MmuINT0139046 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000038371 | Sbf2
Description
SET binding factor 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1921831]
Coordinates
chr7:117484804-117492509:-
Coord C1 exon
chr7:117492369-117492509
Coord A exon
chr7:117484879-117492368
Coord C2 exon
chr7:117484804-117484878
Length
7490 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
GTCTTTAACTTACCTACCAGTGC
3' ss Score
6.32
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTCTACCTCCTCTTTAGAATCTTCCAGTAGCATAGAGCAAGAAAAGTACTTGCAAGCCTTATTGACTGCAGTCATTGTCCATCAGAAACTCAGAGGCAGCAGTACTCTCACTGTCAGACCAGCACTTGCTCTGTCCCCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
TGCATGGGTACAGAGACAAAAGTTTCACTCAGTCAAATCCCAAATCTTCAGCTAAGGAACCAGTTCATAATCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000038371-Sbf2:NM_177324:28
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.107 A=NA C2=0.395
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF066029=Myotub-related=PD(30.1=93.6)
A:
NA
C2:
PF066029=Myotub-related=FE(5.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: