MmuINT0140514 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026589 | Sec16b
Description
SEC16 homolog B (S. cerevisiae) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2148802]
Coordinates
chr1:159454916-159459635:+
Coord C1 exon
chr1:159454916-159454984
Coord A exon
chr1:159454985-159459294
Coord C2 exon
chr1:159459295-159459635
Length
4310 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGA
5' ss Score
8.24
3' ss Seq
GGTTTTCCTTCTGTGTTCAGGAA
3' ss Score
9.47
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCCTCTTCCCAGGGAGATCAAAAGCATCATCGAAGCCACTGGTGAGCCAGTCCTCACGGCCTAGCGTG
Seq A exon
GTAAGAAACCGCTGTCTACAGTCTGAGATTTGCTTGGTGCTAGGAAAGAAACTCTCCAGGTTTAGATACGTTAGCTATCTGACCACAAGAACTGATAATGGCATTTTCTCCTGGACCAGGAACTACATGAAAGGCTAACTTGTTCTAACGGGCTTGCAAGCAAGGACAATATCTTTTCATATTTATATATGGCAAATGCTGGCACATAACAGGAACTCAGATAAGAGTTCGTTGATTTGGGGTTGGTGGTGAAGGCCTCTAATTGTAGCTCTTCAGGAGGGGGGAGTCAGGGGATAGCAACTTCAAGGTCTACCTTGTTTATAGAGTGAGTTCAAAGCCAGCCAGGGCAACTTAGTGAGACTTCCTTCTAAAAAACAGGGCTGAGGCTACAGCACGGTGGGCAGGCTCTGTCTCAGCTTGCTGGAGTGCTGGGTTTAATATGTAGTGTGACAAAACAAACTCATTTGTTGAAAGAATACAACCCATCTAGAGGAGGATTTAAAATGTAAAATGTACGTCCCAAAGGAGAAAGCGCAGCCTATGTTTACTTTAGTAGCATGAAGAAATGTATTTTTCAAATGTGAGAAATCCCTTCCTCGAGAGAGAAAACTTTTTTAGTGCCTTCAGTTCAACATTGGGACTCCAGTCTTCCCCTCGGCTAGAAAGCAGAGTTGACTGCACAACAAGCACCCAGTGGGGAAAAGCATGGGTGAGGGAAACCCAGACCAGACAATCTAGGTATTAACCGCCCCGCGCCCCCCTCCCCACCGCCTCAGTGTGTGAAGACTGCGCTTGCTCTTAGCATGCATGCACTTGCTTGCAGCTCATGTATGCTACCACCTCCTCCCCTCTCAGTGAGCCTCGTCAGCTAAGTGTTAGAAAAAGAAACTGAGGCTCAGAGAACACTGAGTGACAGAGCCAGCTACTGGCAGAGCCACAAGTCCGCAGTGACGTTCCGTCCCAACACATCGGGCTGCCTCAGGCCATTCTGGGCTTCCTCTCCCTAGCGTCCCTCTTCCGTCCCTCTTCCGTCTTTGCTGTTTGTAGGGGGTTTGGATGTATTTTCATAGGAGTGTAGCTGGCTCAGTCTGTGACCAGGTAAACAAAAGCACCAGCCCCTACCAGGTTCTGAGCAAATATGCCCAGTCAGGGCTGTCCCAGCCTGCTGTAGCTCCACTGTACTTTGCCCTAATGAATCAGCTCCGTGGAGGCCGGGCAGTTGCAAAGGTAAGTAATTGGCTGTAGATTTGAAGGCCAGGTGAGTCTCGGTAGATGTGGCACCTGGACTTTGTCAGTCTCTAAGAGGGGAGCAAGCAGTCCCGGCAGGTCTCTGGAGCCACGCTGAAGGAAGGTGGAGAGCCATCAAAGCAGGTGTGTGGGGGCACCGACACCCATCTTTTCCTTGCCTTGGGCTGGCTGGGCTATCAGAGTGGGAGGGGCGCTATTGGCCTTGCTGAGTCCGGGGGTTCACTTCTGTGCATACAAAGCTGTGACTGTTATTATAGACACAGTTACTTCATTCTGAGACTCTTAAAGGTTTGAAAATGAGTACTCAGAGTTTAACCTACTGATGTTGGTGACTCTTGGTGACAGAATGATCAGGTATTGTGCCTTTGTAGTCGGGGCTAGGATACCTAATGAAAAGTCTGGGGACAAGTGAATCAATTACTTTTCAAGTTCTCTTACTTGTGTTCAAGTACTGTTGTGTTTCATGGGGCTTTAACAAAGGATCCTTGTATGGCACTAGGGGTATTGAGCCTTTCCTGGAATTGCTGGCAAAGTTTTCAATACGACTGAGTATTTCAAGGAAGTAAGCTGGCACAGAGAGGTAGGCCCAAGGTCCTGTGTTATGTCTGCCTTGAAAGCAGTCCCTCCTCTTGCCTGCTCTCTCCTGCTGTCTCTCACTTCCGGGCTCATTGCTCTGGACCCTGGCTCTGTGGTGTTCAAACAGGGTGATCTTGGTTTCACCACATGCCCTTTTGACCTGATAAGAGTTTCAGATGAACTTGGAAGCTTCCAGACTAAGAACAGGCAAACAAGTTCGATTAGAATCAACATCGCTTTCAACATTCCCAAGGGGAAGTGAGGGGTGGTGGCAGCTGTCCTTGCCTGCGTACACTGCTGATCCAGCAGGCTCTGAACAGGAGCCAGGCTTGGGTGGGCTTTCCCTCTGTTATGTGCTCTTCTGCCACGCAAGCAGGGGAACTGGAAAAAGACACTAGGGCCTGGAGGTAGTTCTTACCTTGAGGAATGTGTGGGGACTAGTCAGGTGTGAGAGAAACTTCTAGGTCTACACAACTTCAGTCAGAAAGAGCTGGGAGACCTAGCTCTCCATTTTTCCACAGCGGCAGCCACAAACTGTGCCTGTTGGTTCTCCCAGAGGGAGGGCTAGAGGAGGTTAAAGAAAGCATTTGGAAGAGAAGTCTGTCAAGGGGTCAATTGAAACAGTATGTGTGTGTGTGTGCATGTGTGTGATGTGTGCATATATGATGTGTGTATGTGTCCATATGTGATTTGTGTGTATAAGCATGATGTGTGTATGTGTGCGATATGTGCATATGTGATGTATGTGTATGTGTGTGATGCATACATGTGCACGTGTGTGGTGTGTAAGTGAGATATGTATATATATGTGTGCATGGGTGCATTTGTGGGGTGTGTGTGTGTAGGTTAGACAGAGGCCAACATTGAGTGTCTTCCTCTGTTGCACTCCATCTTTCTCACTGACTCTGAAGGTCACTGATGGTTACAGAAGCACCAGGCTTGGCCTTTCATGTGAGTGTGAGGGATACAAACTCAGATTCTCAGGTTATGCAGGAAACAGTTGGTTAACCCAGTGACTTATCTCCCTAGACCCACAGAGCCTTCAGTCACTCACACTATCCTAACCTTGGTTTGCACAGGTACTTACTATGATGTATTGAATAATTACTATGTTCTAGGCAGTTCTAGGCACTTCCCATGTCATGTTTAACTTTGACACTAGTCCCAAAACCCTAGCCCATAGTATCTACCATCTCCATGGGAAAGGACATTGAGGAGTAAACAAATTATCTGTCCGGTAGGAGACATTTTAACAATCTGAACCCTGACTGGCTCCTCAGGAGGCTTCCTCTGTTTCTGATACCTCAGCACGTCCGTTTTAAGTGTTATATAAATATTTGCTGGTGGGATAAACGAGGAAACATTAATTGGGATTCCTTGATAGCATTTTGAAGCTGCACCAAGGACTGTTATCTGCCTCCCATGCCACCCACAGCTGTTGTTCCATATGTACTTTCTTAATTTTTTAGTCAGCATCAATCTAATTGTCTAGGATGATATTTATTTAATGTATCTGTTTGAGGTTTTTTTTTTTTTAAAAAAATTCCTCTATGTCTGTGCTCATATGGTTTGTTTTAGACAATTTTGAAAACCATAGTTGCTCTCTTCACAGACTCTCATCAACTACCATGTTTAGATAAAGGCTTAAATTGCTGAGTGTGTATGTGTAAATGTGTGTGTGATGTATGTGGTGTGTGTGTGCGTGTGCATGTATGGTATGGGTGTATGTATGTATGATATGCATGTGTGATGTATGTGTGTAATGTTTATATGTGTGATGTGTATGTGTGTGATGTGTATATGATGTATGTGTGATGTGTATGTGTGTGATGTGTGTGTGATGTGTATATGATGTGTGTGTGATGTGTGTGTGATGTGTATATGATGTATGTGTGATGTGTATGTGTGTGGTGTGTGTGATGTGTATGTGTGATGTGTATATGATGGCATGTGTGTGTGTGTGATGTGTATATGATGTGTGTGTGTGATGTGTATATGATGTGTGTGATGTGTATATGATGTGTGTGTGTGATGTGTATATGATGGCGTGTGTGTGTGATGTGTATATGATGTGTGTGTGTGATGTGTATATGATGTGTGTGTGTGATGTGTATGTGTATGTGTGTGATGTGTGTGTGTGTGAGATGTGTGATGGCGTGTGTGTGTGTGTGTGATGTGTATATGTGTATATACATGCAGGCTGGAGGTTGACTTTGAGTAGCACTCTTCAGGAGCCATACACCTTGTTTTTTGAGGTGAGATCTTTCACTGGGACCTAGGGTTCACTGGTTAGGCTTGGCTGGCTGTCCAGTGAGCCCCAGGAATCTTCCCATTCCTGCCTGCCCAGCCTTGGGGTTACATGTGCACTACCACATCTGTCTGGCTTTTTATGTAACTATGTGCTGGTACTTGAAAAACACACATTTCACTAACAGAGCTATGCCCCAGCTCTCCAGAATGATGACTGGTTTTCCTTCTGTGTTCAG
Seq C2 exon
GAAATTAAAGTAACTACATAACAGCCTCAAGACCCAACGGGGAAAATCAAAGGGCCAGAGATGGAACCTTGGGTTCCCCAGACACAAGGAAGGACCACGGGACCATCAAGGGATACAAATAGAGGACTTCAGAGTGGACATTATAGACCCCGTCTGCATTCTCAGTACAGTGGAGATAAGTACCACCAATGGCAAGATGCCCACAAGAACTCAAAGTCACAGCAGGACCTCAGGGATGACCACCAACAGTCTCACTCTGTATCCAGGAGTGGGGAGTGGTCCCAGCCTGTGTCTGGTGCTGACTACTTGAAAGGATCTTATCCCAGTCACCTGTACTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026589-Sec16b:NR_027641:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.926
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: