MmuINT0164872 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000064043 | Trerf1
Description
transcriptional regulating factor 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2442086]
Coordinates
chr17:47367179-47423805:+
Coord C1 exon
chr17:47367179-47367265
Coord A exon
chr17:47367266-47423690
Coord C2 exon
chr17:47423691-47423805
Length
56425 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACT
5' ss Score
8.63
3' ss Seq
CCCTTCTCTTGTTCCCTCAGACC
3' ss Score
11.85
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTCCAGCTCCAGAGGTCAGTGAAGGAGGAAGACACGGGAGCAAGACTACCCTGAAGGGCTCACCAGCGGTCTCAACCCTGAAACAG
Seq A exon
GTAACTCCTCTCAGGTTCTTGCAGTCAGAGCATGTGATTGTTGGCCAGGGAGGGGCCTGTGGTTGTCCATCTAATGCCTGCTGTTGTGGGAAGCACCTAGGAAAAGCAGAAGGGCTGTTGTGATCCTGGATTCCCACAGGTTTTGGGAAAATCATCTCTAGGAAATGGGCAGCGAACACACATGTGGGTTTTTAGCATTATCCGGAGTAGGGCAGATACTGTCTGTGTTTTCAGAGCTATAAAAAGTTATTTGTGGACTGAGTGGGGCATTTGGGAGGCACCGTGTGGACTGGGGTATGTGTTAATGGGGAGTTGTAGTTTTGGTGAGTATGCTGTAAGAATTTATTTTTGAGCCGGGCGTGGTGGTGCATGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACCGAGAAACCCTATCTCGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATTTATTTTTATCTATGTGTCAACTTATGTGTGTGGATTTGCGCACATGATTGTAGTACCCATAGCTGCCAGAAGAGGGTGCTGGATCCTCTAGAGCCAGTTCTGGGCAGCTGTGGTGTGAGTTCTGAGAGCCAAACTCTGGCCCTCTGCTAAGGCAATACATGCTCTTAACCTGCCGAACCACTTCTCCATGCCCTGCCGGTCAATCATGGCCGTCAGCTCGATGGCCGTGTAGAATCAGCTTGAAGACTCTTGTGTGAATGCTGGCGAAGACATTTCCTGAGAGGTATATCTGAGAAGGGAAGATTCAGCTTGACTGTGGGTGGTGCCATCTCAGAGCTGTGCTACCAGGCTGAATGAAAAAGAAGAAAAGGAGCTGCGTGCACGTGGTGGCCCCATCTTGGCACTTGGTGGTGGAGGCAGGAGGATCAGAGTTCAAGGTCATCCTCCGGTTTCATCGTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGACTTTAGGAGACCCTTTCTGAGCTGGGAGAACAGAGATGGGGGGCCACATTGGAATTCATCACATTCTGTTCCCTGACTGGGTCTACAGTGTGGCCAGCTATATCACGCTCCCCGAACCGTGAGTCCCAGAGGGTCTGAACATCTCTAGTGTTTGTCATCTTTGGCTAGGAGACATTGCTTTCTCCCTCTAGAGAACAGGCACATGGCTATCATTCTTTGCTTGGCCTTTCAGAGGATCTCCCAGAAGGGTCTTATGTACAAGCAGAACCTTCAACTTTAGAAGATTTCTTTATTTTCTGTGTATAGGTATTTTGCCTCAGATCCCCTGGACCTGACGTTACAGGGGGCTGTGAGCCACCATGCTGTGTGCCGGGAACCAAGCCCAAGTCCTGTGCAGAAACAGCAGATGCTCTTAATCTCTGGGCCGCCTCTCCACTTCCACCTTTAACTTTAAGCTATACTCCTGGCTTAGCAAGAGGCAACGGTTCTTTACCACATCCTCAGAGTCGGCGCTTTGTTTGCTGCTGTTTTGTTTTGTTGTTTGAGACAAGGTCCTTGTAGCTCAAATTCCCCATGTAGTAAGGATGCCCTTGAACTTCCTCTGCCTCCCAAGTGCTTCTACCATGCCACCAACTCTAGTTTATATGGTGCTAGGGAACAAGCCGTGGATTTGGGAATTCTATGTGATTATTCTTATCTACCAACTGAGACCCCTTAGATGTTCCTTTTGACGGACTCAGCTGCTTACATTATTTCTCTTATACTGTGACTGATTTTGATCGAATATTTATGCTGTTGTGTCCAGGGGTTCTATCATGTAGCAAGTGCTGGATAATGGTGTAATGGCAAGGCAAGGAAAATCTAGTAAGGGAGACTTGAGGCATCCCCCGCCAGCAAGGGCATGAGACTGTTTCCAGACCTGGTCCGAAAGGAAGAGAGTACAGAGGGTCTGAATGGGAACCCTAGGTCAAGGGGCTCCACAGCGGGCTGCAGACAGGAAGAACCAGGAAAATGGCATCACGAATGAGCTCCTCAGTGTGCTGTCTCCCTCCCATCCTACAGGCATCTGAAAGGCTAGGGAGCCTGGTTGGGCTGCACACAGAGAACATGGAGTCTACCGGTTAGAACCAAGTAGTTGCTGGAACTCAATCTCAGGAACAGGTGGAAACTGCGCCCAACAAGGCTGGAGGATGCTGGTCTCCCGGGCGGTTTCTGTTTTAGTGTCTAAGCCATGTGTCCTCCTGGGAAGCAGCACAGAGAGGCTTGCCTTGCGTGCTGGAGACCCTGGGTCCCGTCCCCAGCACCAGAGCAGAAAACGTTTAGTGTTTGAGGGAGTGAAACTGTACAATTAGGTCAGCAGTTTGGACCATTGACTGGAAGGTGCAGAAAGAGCAATAAAAATCTTGTCCTTCTCAAAGTTAAGAAAAAAGACGAAGGTGAACCGGGTGTAGTGGTGCACGCCTTTAATCCCAGCCCTCGGGAGGCAGAGGCAGATGGATCTCTGTGAGTTCAAGGCAAGCCTGGTCTACAGAATGAATTGCAGGACAGCCCACATAGTGGAAGAAAAAGAATGAAAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAACAGAAACAAAACAATAGATTGGAGGAACCCAAGCCGCTTGCACAGGGCCAGCCATCCCGTCTCTGCAGTGATACTTGGGGGTCAGCTCTGTATTTCTTTCTCTAAAAGCCTCTTAGCCAATGAGAGTAGAACTTTCATTGGTCAAGTGCAGAGGTTGGGGGTGACAGAAGGCCCTGCATCAGTGCTGGGGTTAACCTCAGGTTCGTCTGCCTGCATGGCAGGCACAGACCCCACTCCTGGCCAGTGTACTTATCAGCAGAGCTCTCCCAGGAAGTCCCATTGGCAGCAGCAGGGAACATCTGGGTTTCGGCAAGCCTGGGGGTGTCGGATCGTCAATCTGCTAAGCTAACTATGCCTTCCATTTCTAATTTGCTAATTCAACCCTTTTTATAGCCAGAGTAAACAGTGAACTCGGGATTCTAGGTTGGCGAAGATTAAATGGCTGTGATGAAGTCTCTCATTTATAACCACATCTATAAAATGGGGGTAAGAATAGCCACTGCTTTACTGAGGTAATCCAATCAAGTGCTTAGCCCGCTGGCTGGTCCAATAAATGTTACTTTTATTAGTGTCATATATCTCAGACTCTGTCACCTCCTTGAATTCCTGTGAATCTTTAATCCAGCAAATTAACTCTCTTCACTCCAAATAAATTGTCTGCCCCTGGTTAGTTAGCTCTCCCAGGGATAAGGTAAATAAAAGTACTAAAATATTTAGTGTTTATGGATTTTTTTTTAAATTAAAGTGTTTTTATTAGAATGTATTTGGGGAGGGACATTAATATAGAAAAGTTTAAGTGGCATATATTTTTAAGTTAAAAAGTAGGTGTTATTCCCAGGAAAAAAATAAGGGTTTGTAGACTTGGTGGCAGTGAGTCTGTTTCTCGGGTGTTTCAGTCCCGTTGAAAAACCCTTCGGGTCCTCGATGGCCCAAGGCCACCTGCCACATCCCATTTTCCTCCTTTCTTCAGTTCTGAGGATCCCGGGGGATGAGGGACCTTTCTTGGCTTTGGTTTTCCAGGCTAGCCACATGGCTGGGTTTTCCTGACCATCTGCACTGTACTGGTTGGTTTTCTGGTTACCGACATAAAGAGTGGATTTTGACTCCCAGGCATGGGGTGGTAGAACTCAGGGCAGTAGGAACTCGTGGTGGTCAACGGGAAAGCAGAAAGGGTAGGCCAGGACGAGGGGCACGGCTGACCTTCAAAGGCCCCAGAGATCCCAACAGCCTTCACTGTGCCATCATCGGCAGCACCAGCCGTGGATGCTATCAGTCACTTTCCAAGCTAAGACTTTGGTCTTCCTGGCCGACAGCAGCTTCTAGAGAGTTCGAGTGCCTTGATTTACGGCTCCCAGATTAAGGACGGGAAGAACATAGCCCCTCTCCTTAAGCTTCATCACTTCCGTTTCAGAACTAAGAAGGGGTCAGTGGGTGTACAGAGGTATGGGCTCTATGGGGACTTGAGAGTGACGAAGAATGCACCTCAGGGCCACCATGCAGTTCTTGCTCTTTGTATTAGCTCTGCAAGCCACCCTAGGGATGGGTGCTGCTGGAGGTGGGGAACCACCTGGAGATGGGAGTTACCTGTGCGACTCGAAACGGAAAAAATGATGCCATATGAAACCTTGCTTGGAGACCAAGAGTTTTTTATAGTCACATCTCGACTGAATGTAAAGGTTACGGTTGTGGGGAAATTCACTCCCCCACAAATGTTTTGATAAATCCAATTCATTGTTCGAGAGGAGACATTCTCTTTCCAGACATTAACTTAGAATGCTCAGTTTACGAGGCCGTCGGAGGCAAGGAAGGAACCCGAAATGCTCAAGTAGGTCAAATGAAAAGGCATGCCCACAGCTTCTCCTTTCCCACTATTTCATCTTTAATGTGATCTTAGAAAAGGAAAACCCCCTCCCGCATGGTTCTGGCCTTCAGTTCTACGGTATGGCACCGTGGATGGGAAAGTGTGCATGTGTGTGGATAATCAGATGGGTTTTATTTGAAGATTCCCCCACCCTCCGCCCCCCACCCCCAGGAAGGAAGGGATACGTCCACTGTAGGCAGCAGCAACCAGCGGGCCGTCTCTGAGCAATGTGAGTTCCTGTAACTAAGCTATCTAAGGCAGCTCTGGATAAAGCTCTGGATGGGCAGCCATGAGAAACTTGAATTTGAATTCCCAGCACCCGAATGTAGAAGCCAGATGCTGCAGTGCTTGTCCAGGATCCCAGTGCTCCTCAGGCCCGCTGGGAGGTGGAAGCAGGGTTCTCCCCAGAAGCCCACGGGCCACGTAGCCTGGTGCATATGGCTCCTTCGAGACCTTGTCTCAAATAGTGCATAAGGTGAGGGTCTCTCCCCAGGGTGGTTCTCTAACCTG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Seq C2 exon
ACCCGGGTCTCTTCTTCCCACCTGCCGAGCAGCATGTGAGCAGCATGACTGGCCAGCTGCAGGAGAAGCCCCCAGAGCCAGGACCGCGACACAGCCACCCGCTGCCAAGGTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000064043-Trerf1:NM_172622:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: