MmuINT0168171 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000025474 | Tubgcp2
Description
tubulin, gamma complex associated protein 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1921487]
Coordinates
chr7:147193786-147215885:-
Coord C1 exon
chr7:147215726-147215885
Coord A exon
chr7:147193994-147215725
Coord C2 exon
chr7:147193786-147193993
Length
21732 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTATGT
5' ss Score
7.76
3' ss Seq
GTGTTGCCTGTGCCTTGCAGGTA
3' ss Score
10.3
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTACATTGCCCTTGGCCTCCCAGGAGTCAGCTGTGGTGGAAGATCTGCTCTATGTGCTTGTGGGTGTGGATGGCAGGTATATCACTGCTCAGCCTTTGGCTGGGAGGCAGAACCGTACCTTCCTTGTCGACCCCAACCTGGACCTGTCCATCCGGGAGCTAGTAAACAGAATCCTCCCTGTGGCCGCCAGCTACTCTACTGTGACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000025474-Tubgcp2:NM_133755:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.241 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF041308=Spc97_Spc98=PU(10.6=78.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: