MmuINT0170631 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000063626 | Unc5d
Description
unc-5 homolog D (C. elegans) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2389364]
Coordinates
chr8:29955206-29986111:-
Coord C1 exon
chr8:29985968-29986111
Coord A exon
chr8:29955310-29985967
Coord C2 exon
chr8:29955206-29955309
Length
30658 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTAAGT
5' ss Score
7.52
3' ss Seq
TATCTCGTGCTTCTTTGCAGATT
3' ss Score
10.26
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTTACGGAAAAACTTTGAACAAGATCCACAAGGCAGGGAGGTTCCTATTGAAGGCATGATCGTGCTGCATTGTCGCCCGCCAGAGGGAGTTCCAGCAGCAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000063626-Unc5d:NM_153135:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.029
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0767911=I-set=PU(34.1=88.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: