RnoINT0160642 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000011858 | Unc5d
Description
unc-5 netrin receptor D [Source:RGD Symbol;Acc:1309245]
Coordinates
chr16:67367012-67390225:+
Coord C1 exon
chr16:67367012-67367155
Coord A exon
chr16:67367156-67390121
Coord C2 exon
chr16:67390122-67390225
Length
22966 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTAAGT
5' ss Score
7.52
3' ss Seq
TATCTCGTGCTTCTTTGCAGATT
3' ss Score
10.26
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
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Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
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Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
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C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]