MmuINT0172073 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000039046 | Usp6nl
Description
USP6 N-terminal like [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2138893]
Coordinates
chr2:6273782-6312168:+
Coord C1 exon
chr2:6273782-6273910
Coord A exon
chr2:6273911-6312100
Coord C2 exon
chr2:6312101-6312168
Length
38190 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGA
5' ss Score
9.45
3' ss Seq
TAAATGTGATCTCTCCACAGATT
3' ss Score
9.82
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Vast-tools module Information
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: