MmuINT0175904 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026988 | Wdsub1
Description
WD repeat, SAM and U-box domain containing 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1919387]
Coordinates
chr2:59702359-59711366:-
Coord C1 exon
chr2:59711273-59711366
Coord A exon
chr2:59702393-59711272
Coord C2 exon
chr2:59702359-59702392
Length
8880 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAAGC
5' ss Score
7.79
3' ss Seq
TGTTTTGTTTTTTTTTTCAGGTC
3' ss Score
13.27
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTTTGAATTAAAATATAAAAGCACACTAAGTGGGCACTGCGCCCCTGTTCTGGCCTGTGCTTTTTCACATGATGGAAAGATGCTTGCATCGGG
Seq A exon
GTAAGCTATCTATAATTAACGCCTTAGTGCTCCTAGAGACCTTCTCTGTTGTCGGTGCCATAGTGTGTATGCGGAGGTCAGAGCACAACTTGTAGGGATTTTTCCTCTCCTTCCGCTCTATGAGTTCTAGGCCGGGGCTCAGATCATCAAGCGTGGTGGCAATCACCTTTTCCTGCTGAGCCATTCCACAAGCCCACTGTTTCTTATCCTTTCCTATACTTCATATTTGGGTCTTCTAAATGCTACCCATTGAGAGGTATAGTGCTACTTTAGCATGGTTAGCTTGTATCCACTCCCCCAAACAATAATGGTAGAAATTCATTTTGATTTTTTTTTTTAACTTAATGGTTTTTCAAGATAGGGTTTCTGTGTGTAGCCCTGGCTGACCTGGAACTCATTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGATCCACCAGCCTCTGCCTGGTGAGAGCTGGGATCAAAGGTGTGCACCACCACCAGCAGCCAGCTTGTTGTGATGTATTTTAGCAACACATTTTCTCCCTGTGCTTCTTGTAAGATGACCACAGGTAAATCACACCTATTTCCAAGGTAAACCAGCCTTGCTTGCAGCAGACGGGCTGGGGCATATTTAAATGGTCTGTTGCTGTAGAGAAAGTTACCTTTCGGTCTCATTGCTTGGGATATGAGTCATGTTTTCCCTTCTAGATGGTCCTAAAACTTTTAGTATGTGGTGTTCCCTACACTCACTTTAGCATATCTACATGTGGGCTTAGTTTTACCTCACTAGGAGTTTTTGTTTAGACCAATGAGCTGGGCAGCGGGGCAGCAGGGCAGCGGGGCAGCGGGGCAGCATGCTCTCCGGGTGAAAAGCAGAGAGCATCTGGAAGAGTGGCTTCTCTCCTTTTTCCTCATGGGTACCAGGGATTGACCGCAAGTCCTCGGGCTGAGCCACAGGCACCTTTACCCACTGAGCCATCTGGCCAGACCACTATGCACTGGTTGGATGGAACTTGCTCTGCAGACCAGGTTGATCCTAAACTCTTGGTGATCACTTATCTGCATCTCCTGACTGCAGAGATTGCATGGTGTGGACCACGGTGGCCAGCAATGCTAGGAATCCTTTTCCTAAATCTGTGGAATAATGTTCCATCAAGTTTTAGCGATTCTTATCTCCTCTGCTGTTGCCTTTGTCCCTCCCTCCCTCTCTCTAAGATGCCAGTTAAGTGCAAACTGTACCTTCGCACTCTGTTATGTCTTTTAGCCGTTTTTATATTTTAATTTTTTATTTATTTTTTTATGTGTATGAGTGCTTAGTCTGTGTGATACGTGTGTGCCTGATGCCCATGGAAGCTGGAAGAGGGTGTCAGATCTCCTGGGACTGGACTTACAAATGGTTTCGAGTCACCCTGTGGGTGCTGGGAATCAAACCAGGTCCTTTGCTAGCTTAGCCAATACCCTTAACCACCCAGCCATCTCTCCAGCCCAGTTCTATCTTTTTATATTTCATTCTTGATTTCTCTTTCACTAATGCTTTCTTCAACTACTGTGCTACTTAAAGTTTTTTAATTAATTAATTAGTTAATTTTTAATTTTTAATTTTTTTGGTTTTTTTGAGATGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGTTGTCCTGGAACTCATTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCGCCACCACTGGCCGACTTAGTTAATTTTATGTATACAATAATTAATTTTATGCATACAAATGTTTTTGTATGTGTCCCACGTGCATACGTCAAATGCCCTGGAGTTGGAGTTATGAGTAGTTGTGGGTGCTAAGACTAGAACTCAAGTCCTGAGGAAGACCAGCTAGTGCTGTTAGCTGCTGAACCATCTCTCCAGCCCCTACTGTACTACATTCAACAGTCTCCCGACTTACAATTTTGCTTAAACTTCAGTTTTGAAGTTTCTCATCAGCTTTTTTTTTTAAGGCTCTTTTGACAAGTTTTGTGATTCCTAGTCTCAGTTGGAACATTGCTTTCAAATGTTATGCAGCTTCATTTGAACACACACGATTGCCTCAGTTACTTTATAATCTTTTTTTTTCTTCATAAAATTTTTATTATAGTTTGACAACCTAGCCTGTTTTCAGATGAAAACAAAAGATATGATCCCTTTGTTGTTTAGATTTAAAAAAAAATTCCTAGACACTTCCATAAGACAGGCTTCGTCCTCCTTTGACATTAACTTTTAAGATTTATTTTATCGTGTATACTTATGGGCATGAGTGTGCGACCATACCAGGGTGTGTGTGTGTGAGTGCAGGTACCAAGGATGCCAGCGGTGGCAGGTGACCCTGGTACTGGTGAGGGCTCTGGTGCTGAACTCAGGTCCTCTGCAGCAGCACTGTGTCATCGCTCTGCCCCCCCCACCCCAATCGCCTCTGTCATCTTTTGGCACTGTTAGGAATCAGACTCAGCACCTTGCCCATGCCAGGCATTGCACTACTGCTGAGCTAACTCACGATTGACTCATTGGAGAGTGGGAGGAGCCTTGCTTCAGTGCCTAACCATTCTTGAAATTTAGTATGCACTATGGCCAGAAAAGCTTTCTGAGAAAATTCATCCGTTTGCCTCTGTTTGTAATACTTACTGTTTTGAAATGAAATGGTGCATGATTCTCTATATTCTAGACTTATTATCGCCCGCTCTGTACTTTTACAGATTCTGTAACAGCAAAATTGGATTTACTGTATTTGTCTCCTTTCTCTCTTGTCCATGTGGCCAAATTCAAATATTTGGATGTACACATGTGGTGCATACACACAGACACAGACATGTACACATAATAAGCACACAAGTAAATAAGTAAATAGATAATAAATCTGTGTCTTCTTTTATGGGGGGGGAGGGGTTCCAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGCCTGGGGGGGGAGGGGTTCCAGACAGGGTCTCTCTGTGCAGCCCTGGCTGTCCTGGGGGGGAGGGGTTCCAGACAGGGTCTCTCTGTGCAGCCCTGGCTGTCCTGGGGGGGAGGGGTTCCAGACAGGGTTTCTCTGTGCAGCCCTGGCTGTCCTGGGGGGGGAGGGGTTCCAGACAGGGTCTCTCTGTGCAGCCCTGGCTGTCCTGGGGGGGAGGGGTTCCAGACAGGGTCTCTCTGTGCAGCCCTGGCTGCCTGGACCTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCTCAAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCACCACCACCACCCAGCTATAAATCTGTATCTTTAAATAAAAACAGCAGTAGGAAGGAGGGAACTGCAGAGCAGAGACCCAGGAGGGTCATAAGCCACGCCCCTAGGTTCTCAGAGACAGCCCCTAAGTGCTCTGGCCTAGTGGAGGGATACATGGATTTATACTGTGACAAGACTTCTGGGAGGCAGTTAGAGAAACAGGGAGCCTGAGTTAGATCACAGGGGGCCAGTTTTGGGGGGTCATACCTTGCACGAGTCATACTACTCCATGTCATTGGAGTGACATATTAGATATTCTGTTATCAGATACATCACAATTCATACCAGTAGCAAAATTACAGCTACGAAGTAGCAACAAAAATAATTGTATGGTTGCGGGTCACCGCAACATGAGGCACTGTCTTAACGGGTCTCAGCATTGGGAAGGCTGAGGACCACTGGGCTAGAAGCTTGAGCTTCTGAGGCCCTAGAGAGGCAGTGGGTGTGGCTGGAATGGAGGGCTGGCTCTCACCAGCCACGCAGGATGGAACTCATGAAGAGTCACTTTGATTTAATGACATAAAAACGATACAGTAATTATGAACTAAAAAATATAATAGCTGACAAAATTCAACAATAGAAATACCCTTTTGAAAATATAGTACAAATATAATTCTGAATAAATAACAATGTTTACTTGTGTTGTAAACAACACAAATGTACAGTTTGACTTATATACAGTGCATCAGATAAACATATTTTCTAGTAGAATGGAAACAGTGTCATATGTTATACAAATAGATTCTACACGTAATGATTTTGTAGGTAAAAGTCCTCTGGAAGATTTTTAATATAGAGAAAACAAAGTTCTTACTTTAGTTTGCTTTTGTCACTATAACCAAATATTTTCCTTTTAAATCACATATAATTTCACTATATGTATTCTCTGTGTGTGTGTAAGCACACGTCGCCGCTGGGTTTTCTTTCTTTAGGTGATGCTGGGTCTGAACTTAGGGCTCATGCACATTAAGCCTAAAATCTCTCCAAGGCTATGGCAGTCTAACGCACACTCAAGACTTAGAGCAACTCAGACTAATGTCAAGATGGATGTGCTCTTAACTTGTGCTTAAAACACCTGGCCGACATTGTTGAATCTTTTCCCCAGGTCTTCCCGTTCTTGCCACACAATCAACCAAGCAATCGTATTTGCCACTGTTTTAGATGGGGTCTTGTTCATATCAAAAGATGAATGTAAAATATATCTATCTATATCTATCTATATCTATATACCGGAGCCATGGGCACTGTGATTGTAATTCTATTACGGAGGAAGCTGCAACAGGAGGATTATGAGTTTAAAGCCTAGGGTTACAGAGTGAGCCTTGCTCAAAAAAACAGAAAGAGCAAATTCTTTGTTGACCCGGGACTTATAAAGGAGAGCTCAGAGTTGAGCTTCTTCTCCTGGCTGAGGAACAGGCTAATGGGCAGAGCAGTCATGTGAGGTTAAACACGGGTGTGGCTGTCTCATGTGCTGAGCACTCTGCAAGGAACATGCTCTGCAGGACATGGGGACTTGTGATGTCCATGATGATTACTCTAGGGCCTGGTAGCTCCCTTCCTTCCACACCACAGGAGAAGCGCTGCCCTGGCTGTGTCTTGTTTCCAGTTCTTCTCAGAGCTCTGTTGTCTGTCACTCTTTCTTGTATTGTGTGGCTCTTAGGTGGCTAGCTT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Seq C2 exon
GTCAGTGGATAAATCTGTCATCATACATGGTATC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026988-Wdsub1:NM_001159636:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0040027=WD40=PU(73.7=87.5)
A:
NA
C2:
PF0040027=WD40=PD(23.7=75.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: