RnoINT0165479 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000005990 | Wdsub1
Description
WD repeat, sterile alpha motif and U-box domain containing 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1359296]
Coordinates
chr3:45937616-45946641:-
Coord C1 exon
chr3:45946548-45946641
Coord A exon
chr3:45937650-45946547
Coord C2 exon
chr3:45937616-45937649
Length
8898 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGC
5' ss Score
9.04
3' ss Seq
CTCTCTCTCTTGTTTTTTAGGTC
3' ss Score
14
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTTTGAGTTAAAATATAGAAGCACACTAAGTGGGCACTGTGCCCCTGTTCTGGCCTGTGCCTTTTCCCACGATGGACAGATGCTTGCATCAGG
Seq A exon
GTAAGCTATCTCTAATTAACCCATTCATGCTCCCACAGCAGTCCTCTGTTGTCAGTGGTTTTATAACAGTCATCTGTCGGCACATGCCATAGTATGTCTGTCAAGGTCAGAGCACAACTTGTAGGAATTTCTTCTCTCCTTCCACTGTATGAGTTCCAGACCAGGGCTTGAACTCAGGTCATCAAGCTTGGTGGCAGTCACTTTACCTGCTGAGCCATTCCACCAGTCCAGTGTGTTTTATCCTTTCCTACACTTCGTATTTTGGGTCTTCTAAAATAAATAAAAAGTGCTACTTTAGCATGGTTAGTTTGTATTTCCCCCCAAACAATAAGGGTAGAAATTCATTTTGATTTATTTATTTTTTAGCTTATGGTTTTTCAAGACAGGGTTACTCTGTGTAGCCCTAGCTGTCCTGGAACTCATCTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAGCGATCCACCTGCCTCTGCCCCGTGAGTGCTGGGATCAAAAGTGTGCACCGCCACCACCCAGCCGTTTTGATGTATTTCAACAACAGATTTTCTCTCCGTGTGCTTCTTCTAAGATGGCCACAGGTGAATTACACCCGTTTCTAGGGTAAACCAACCTTGCTTGCACCAGATAGGCTAGGCCGTATTTAAGCGGTCTGTTGCTGTAGAGAAAGTTACCTTTCAGTCTTGTCACTCGGGATGTGAGTCGTGGTTTTTCCTTCTGGATGGTCCTAAAACTTGTGGTGTGCGGTGTTCCATATACTCACATTAGTGTACCTACATGTGGGCTTAGTTTTACCTTACTGGGACTTTTTTTTTTTAATCAAATGAGGTGAGGTGAGGTGGGGGGCAGGGCAGCATGCTCTCTGTAAGAGTGGGTTTTCTTCTTTTGCCACATGGGTACCAGGGACTGACCTCAAGTCCTCCGGCTTGGCCCCAGGCACCTTAGCTTACTAAGCCCTCTGGCCAGACCAGAGTGCACTGGTTGGCTGGAAGTTGCTATGCAGACCAGGCTGGTCCTGATCACCTCTTGGTGATCGTTCACCTGTACCTCCTGAGTGAGGAGACTGCATGGTGCGAACCAGCAGCCAGCAGTGCTAAGAATCCTTTCAGCTTCCTAACTCTGTGGAATGATATTCCAGCAGTTTTTAGAAATTCTCATTTCTTCTGCTGTTGCTCTTGTCCCTTTCTCCCTCTAAGAGCCCAGCTGAGTGCGAACTGTACCTTTAAACCGTGTTATGTCTTTTAGCCTCTTTTATATTTTTGTTTTTAATCTCTCAATTTTTTTTTTTTTAGGTATATGAGTGTTTTGTCTGTGTAGTGCATGTGTGCCTGGTGCCCGTGGAAGCCAGAAGAGGGTGTCAGATCCCCTGGGACTGGACTTAAAAATGGTTGCGAGTCACCGTGTGGGGGCTGGGAATCAAACAGGTCCTTTGCTAGCTCAGCCAATGCCCTTAACCCTGAGCCATCTGTCCAGCCCATTTCTATCTTTCTATATTTCATTCTTGACTTCTCCCTTACTAATGCTTTCTTCAACTACTGTGCTTCTTAAAATTTTTAATTAATTAATTATTAATTATGTGTATGTGAATGTTTTGCCTGCATGTGTGTGTTCCAAGTGCACTTGTCCAATGCCCTGGAGCCGGAGTTATGGGTGGCTGTGATCTACCATGTGGGCGCTAAGAATAGAACTCAAGTCCAGTGGAGGAGCAGCCAGTGCTGTTAGCTGCTGAGCCATCTCTCTAGCCCCTACTGTGCTACATTTAATAGCCTCCCGACCTAGAATTTTGCTTAAACTTCAGTTCTGAAGTTTCTAGTCAGCTTTTTATTTTAAAAGGCTCTTTTGACAAGTTTTATGATTTCCTATTCTCAATTGGAACATTGCTTTCAAACCTTTATTTTATGAAGCTTTATTTGAACATATATGACTGGTTCAATTACTTTATAATCTTTTTTCCTTCATAAAATTTTTATTATAGTTTGACAGCCTAGCCACTTTTCAAATGAAAACAAAAAATATGATTGCTTTGTTGTTTAGATTAAAAAGATTCTTAGACACTTGCGTAAGACAGGCTCTATCCCCCTTTGACATTAACTTTCAAGATTTATTTTATTGTGTATACTTACGGCTGACCATATTGGGTGCGTGCAAGTGCAGGGACCAAGATGCCAGCAGTGGTAGCACACCCTGGTGATGGCGAGGGCTCTGGGTGCTGAACTCAGGTCTCCTGCAACAGCTCTGTACTGTCCCTGGCCCCGAGTTGACATGACCTCTGCTGTCTTTTGGCGATGCTAGGAAACAAACTCAGCACCTTGCCTGTGCCAGGAGAGTGCTCTATGCTGAGCTAACCCCATGACTGACTTACTGTTCCTTTGGAGAGTGGGAGGAGCTTTGCTTTACTGCCTAAACATTCTTGAAATTCAGTGTGCGCCATGGCTGGAAAAGCCTTCTGGGGGAATTCACCCGTTTGCCTTTGTTTGTCATATTTATTGTTCTGGAGTGAAATGGCACATGATTCTCTATATTCTAGACTTAATATTGCCTGCTCTGCACCTTTACAGAGTCCGTAACAGTGAAATTAGATTACCGCATTTGTCTCCTTTCCGTGTGGTCAAATTCAAATATTTGCATGTACACACACAGACACAGACGTGTACACATAATAAGCACATAAGTAAATAAATAATGATAAATCTTTTAGGAAACTCGGTGTCTTTAAATAAGAGCAAACAGAGCAGTGGGACAGGAGGGAACAGCAGAGCCAAGCCCCAGAAGGATCGTACGCCTCCTACGTTCTCACAGACAGCCCACAAGTGCTCTGGCCTAAGACTGGAGGGATACATGGATTTATACTGTGACAGCACTTCTGGGAGACAGATATAGGAACAGGGGCCAAGTTTTGGTTGTCATGCCTTGCATGGATCCTACCACCCCATCTTAACTTGTGGGTTGCAAGCCCTTTGGGAGTTAAACGACCCTTTCTCAGGGGTGACATATTGGATATTCTGCATATCAGATACATCACAACTCAGACCAGTAGCAAATTACAGCTATCAGCTATGAAGTAGCAGTGAAGATCGTTTCATGGTTGGGGTCACCACACCATGAGGAACTGTCTTAAAGCCTCTCAGCATTAGGAAGGTTAAGAACCACGGGCTAGAACCTTGAGCTTCCGAAGCCCTAGAAAAGCGGTGAGTGTGGCTGAAGTGGAGGGCTGGCTCTCTTACCAGCCAAGGGGGATGGAAGTCAGTAAGATTCACTTTGATTTAATAGCATAAAAATGATACAGTATTTCTGGCTTATGAGTTTATGAACTGAAAAATATAATAGCTGAAAGAATTCAACAATGAAGTACCCTTTTGAAAATATAGTACAAATGTAATTCTGGATAAATAACAGTGTTTACTTGTGTTGTGAGCTACACAGATGTACAGTTCAAGCTATATACAGTGTATCAGATAAACACATATCCTAGTAGAATAGAAATAGTGCCGTATGTTATAAAAATTTTGTAGGTAAAAGTTCTTACTTTGGTTTGCTTTTGTCACTATGACCAAATTTTTTCCTTTTAAATTATATATAATTTTAATATGTATTCTATATTGTGTGGGTTAGTTCACAATGCCACTCGGTTTTCTTTCTTTTGGTGATGCTGGGACCTGAACTTGGGCTCATGCACATTAAGCCCACTCACCACCACTGAGCTCTCTGTGTTCCTAGCTCTGCCACTGGATCTTCTAAATCTAAAGACTTCTAAATCTTCTAAAGACTCCCAGGCTGTGACAGTCTTACACACATGCAAGGCTTGTCACAGTAACTCAGACCAAAGCCAAGATACCCATGCTCCTAACTTCTGCTTAAAACATCTGGCCCATGGCTGTTGGATCTTTTCCCCAGGTCTTCCTGTTCTTGCCAATCAACCAACCAGCCAACCAGTCATATTTGCCACTATTTCAGATGTTCATTTCAAAAGATGAATAGTGTTCGTCAAAAAACCATAAAGCTGTGCGCCATGGCACTGTGGTAATAACTCCATTACCGAGGAAGCTGCAACAGGGGGATTGTGAGTTTAAAGCCTAGGGTGAGCCTTGCAGACAGAAAAAGCCAATTCTTTGTTGACCCGGGATTCATAAAAGAGAGCTCGAGTCGAGTTTCTTCTCCTGTCTGAGGGACAGCCTAGTGGACAGAGAGGTTACGAGAGGTTGAACACACACGTGTGGCTGTCTCAGGCTCTGAGCAAGGAACATGCTCTGCAGGACATGGGGACTTGTGAGTGCCAGCCCTCATAGTTGACGTTCATGATGGTCGCACTGGGGCCTGGTGGCTCCCTTCCTTCCAAACCACAGGCTCAGCGCTGCGGCTGCTGGATGTCGTTTCCAGTTCCTCTCATAGCTCAGCAGTTCTCTCTCACTGGTGTATTGTGTCACTCTTCGGTGGCTGGCATTTTATAACAAAGTTACAATGTTGAGTGCTCTAGGTGTATGCCGTTGCTCTAGGGCAGTGGTTCTCAGCCTTCCCGATGCTGCAACCCTTTACTACACTTCCTCATGGTGTGGTAGCAAAAATTGTTTTTGTTGCTACTTCCTAACTGTAACTTTGCTACCATTACAAATTGTAATGTAAATATCTGATATATGACCCCCCCCCCCAAAAGGGGTCATGACACGAGTCGAGAACCACTGTTCTTTGTCCCACTCGACTCTTTTTTCTGGATGTTTTTAGTTCATTTGGATATGCAGAAAAGTGAGCGATTTGAAATTATAAGTCGGCGAAATATAAGTATTTAAGTTCTTAAAGTGGCTACTGGGAGAGAGGGGCAGATGAGTGGTTAATAGGAGAGCAAGGTTTCATATATACTCAGTCACTGGGAGACAGACTGCAGGCCTGAGAAGGGAGAGCCAATGCCCAAAGCAAGAGGAAGCATGCGCACTTCTGTGTGTGCACGCAAAAAGGCTCAAAGGCAAATGAGTGCCAAGAGTGGGACCTAGATTGGCAGCTCTAAGCAGAG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Seq C2 exon
GTCAGTGGATAAGTCTGTCATCATCTATGATATT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000005990:ENSRNOT00000008168:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0040027=WD40=PU(71.8=87.5)
A:
NA
C2:
PF0040027=WD40=PD(25.6=83.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]