MmuINT0177669 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000050714 | Zbtb26
Description
zinc finger and BTB domain containing 26 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2444402]
Coordinates
chr2:37287688-37298641:-
Coord C1 exon
chr2:37298207-37298641
Coord A exon
chr2:37292520-37298206
Coord C2 exon
chr2:37287688-37292519
Length
5687 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACTGTAAGT
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
TTTACATTTCTGTCCTTTAGGTC
3' ss Score
12.19
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000050714-Zbtb26:NM_199025:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.225
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0065126=BTB=WD(100=23.6),PF059887=DUF899=WD(100=17.9),PF0009621=zf-C2H2=WD(100=5.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs: