MmuINT0177721 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026788 | Zbtb43
Description
zinc finger and BTB domain containing 43 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1919084]
Coordinates
chr2:33305808-33317877:-
Coord C1 exon
chr2:33317786-33317877
Coord A exon
chr2:33310644-33317785
Coord C2 exon
chr2:33305808-33310643
Length
7142 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCAGTGAGT
5' ss Score
8.28
3' ss Seq
TAACTTTCCTTCTCTTGCAGCAC
3' ss Score
10.97
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026788-Zbtb43:NM_027947:3
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.333 A=NA C2=0.343
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0065126=BTB=WD(100=22.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: