MmuINT0179956 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000071064 | Zfp827
Description
zinc finger protein 827 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2444807]
Coordinates
chr8:79120483-79136663:+
Coord C1 exon
chr8:79120483-79120540
Coord A exon
chr8:79120541-79136559
Coord C2 exon
chr8:79136560-79136663
Length
16019 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGT
5' ss Score
10.28
3' ss Seq
CCTCTCTTCCCCTACCCCAGCCC
3' ss Score
6.97
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CCCTTTCTTTTCAGAAGACACATTTAGACAATCACCATTCACCTCCAATTCAAAAGATCTGCTGCCTGGTGAATCTGTGCTGCACGGAAGAGTGTCTGCTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000071064:ENSMUST00000119254:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.900 A=NA C2=0.434
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types