HsaINT0188494 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000151612 | ZNF827
Description
zinc finger protein 827 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:27193]
Coordinates
chr4:145823422-145846013:-
Coord C1 exon
chr4:145845956-145846013
Coord A exon
chr4:145823526-145845955
Coord C2 exon
chr4:145823422-145823525
Length
22430 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
CTCCCCCTCCCCCACCCCAGCCC
3' ss Score
7.71
Exon sequences
Seq C1 exon
AAAAAGTGAGCAAAGAGCACAATCATACAAAAGAAAACACCATCCGGACCACGACCAG
Seq A exon
GTAGGCGACTTTGTGTGGGTTCCTCCAGAACACCCCGTGTGGGCCACCAGCCCGTACTACATGTTGAACGTTGCTCCCCAAACCTCTTTCTCCCACTGGGTTCAAAGGAGTCACACCCTTTACCACCATGTTCTACCAGAATTTCTTGGTTGGTAGAAACAATACAGACGTAAAGGAGGAAGACCACTAATATGTACTAAACATCTAATAGGTGTCACTTTGCTGGGAAATTTTCCATATGTTATTGTTTTGTATTCCTGACAATAATTTTGTGAAGTAGATGTTATTATCATCCTCTCTGCAGAAGTCTCCTGGCCTGAGAGTTGAGCCGGGTGGCTCAGCTGGGACTGGGGGCTGGGTCTGTATCTCACGAAGGCCTCTTTCTGTCTTATTGCAACCCTGCTCCTGACTGCCTCCATGACTATAGGCTGATAATTTGTCACCAAGGATATCCCAAATTTTTTTTAACCTCCCAGCGTTATTTGGAAGGCAAAGATTTTAAAGGCAGAAAAAAGATAATGCTTTTTAAAAATTGCAAGGAAATTTATATCATTCACCACTGTGGACAAGGAAGTTTTTTCACTTGCCAAAGGCAGTCTGAGGAGGTTAGCCAGTGTGGGCTGCCCACCGTCCATCTGCCGTTGTGAGAAGAGGAGGATCAGCCAGTGCTGCTGCTCCCATGGAGCTGCTTCCCATGAAGTCCACCCAAACCTGAAACGTTGTAGGTGAGAGCCAGCAGATGAAAACCCCACCACTGCAGAAAAGGAGCTCAGGGGAAATGCATTCTCCACCTTTGAAGGACCATTCTCCACTTTCAAACCTCCCTCCAATTTCTGAGTTAGCCCAAGATATGAGCTTTACAGGATGATCAAGAGCAATACACATTTTTAGGATGAACAACTAGGAACAGTAGAAACTAGCTGGGAGCTACCAAGCAGTCTTTAAATCAAGGAACTTTGCTTTCCTGAGCAAACAGAGAAAGATTCTTCCTGATGGGAACAGTTGCTGGGTTTTGTGTTTCTAATTCTTGCAACAAAAGGTACAAGATATTTTTCTTTTTGATGTCTTATTAATCGACCTCAGAGCATCATCAGGCCTGTGGACAGTACTCATTTAAACTTCAACCTGAGGTTTTAAAAAAATATTCCATTAATTGGAGTTTAGGAATGTCAAATTTCAAAGAGCAATTAAAACAGAGCCAGCTTGCCTCACACTGGGTTTATTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTGAGACAGTCTCACTCTGTTTCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCCCAGTTTTGGCTCACTGCAGCCTCCACTTTGCAGGCTCAAGCCATCCTCCCACCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGAACTACAGGTATATGCCACCATCCTCTGCTAATTTTTGTATTTTTTGTAAAGACAGGGTTTCGCCATGTTGCCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGAGCTCAAGCGATCTGCCTGCCTCGGCCTTCCAAAGTGCTGGGATTACAGGGGTGAGCCACCGTGATTCGCTCACACTGGGTTTATATAGTTTTAGGGAGAGGAACCTCGTTCTAATAGAACAGAAGAGTGGTATGTATTAGTCTTGTGTCTGTATATAAGTATACAGAGAGAAAATGAGAGTAGGAAGATGGACTGCAGATTGTATTGGGAAATGGCTTTCGGGGGATGGAAAGGCTATTTTGTATATTAAGTTTGATGCCCAAATAGAAGATGTGAACTCCCATGGAATCCATCCTGCCCCCTCCTACATCTAACCTTTAAGCTATTTAGTGTATGTGCTTGTGTCTGTGGGTCTAAACACTGATGAAATTGGACAGATTAGTAGACCTTGAAAGACAGCAGACTAAACATAAAAAAATATTCATTTTAATTTGCTGCCATAGGATTCTTGAAGTGTTATAGGTTAAGTCCCCTAGAGATGGAGATTCTCGTGGAAGTGCTTTATTGAGGGAATGCTCTCAGAGGAACCTGCAAGGAGGTGATGGGGGCAGAAGACGGAGGAAAGAGAAGGAGAAGGAGCTGAGAGGAAGGATGTGGTTTTAGCTGGTTTCTAACTAACTTCAGCTGCATCCCCCAGGAAGGTTCACTAGCTTCAAGTAATCCCCTGCAGGGGATGTATAACCTCCCATGTTAGGGGGTTCCAATGGGGACAGCGGTTCTCACTTATAGTTATCAGGCAACACTTACGCAAACTCCGGGGTAGGTGCATTCGTGCCAGAGGGAGGATCTGGGCAGGACCCCACTAGCATGATCTATGGAGGTTTCTGAGGGCTCTTTAAGATTACATAATATTTATACAACAAAAAGATGTGCTGCAAGACCATATTATTTTATGCTCTTTAGGTGTTCTCTAGGAAGAGGTAAGAGGAGGCCCCAAGTTGGCCCCATACAAAGATTTTAATGTGCCTCAAGCCTAAACTGCCTTGGCTGGAGCTGAAGCATGATTATAGGATAGAAGAGAAAAAAAATTTTTTTAACCATTTGGCAAAAATGATGCAATCCTTAAATTCTCCTCTTTCTGGGAGATTATGAGTAAGAGGAAATCCGAATTAGATCTTTTGCCCAAAGCAAAGGAAGAGGTTCTTCCTGTGAGCTCCCGGCATGATATGGTGTTTAGAAATCAGTGTTAAAGAATTCTTGGCTTATAGTTCTACAAAGTCCTCGGTGTGGTTTTTTTTTTTTTCCTTTGAGTAGAGGCAGCTTACTTGATTAGCCTATCCATAAATAGATCTCTTTTTTACCTCTCGCCTTATTACTTCAGGTGGAATAGAATAAAATTTTTATGCCAAGAAATCCTCTTTAACCTGAGTTAACTGATATCAGGAACAGAAAAAAAAATGCCAATTTTCTTTCTTCTTTCCTGACTCCTGTTTTAGAAGGAACTCTTACTCTGCAGGTACAAGATCAGTGTGTGGATTATGCTTTAAGGTGTGATTTGTAATACATTTCAAAAAGATTTACATCAAACCTCTGAATTTCTGTATCTTCAGATTTTTAAGTACTAATGGAGTGTTTATTTAGTAATCATATCTTCTGTGTTTGATTTCCTAGAAGAAACTGATCATTCAGAAGGACGGTTCATGATTGGAATCAAGTTCAGAATTTTTCGCACTTTGAGAATAGCTAGGTATATTTAAGGTAGTTTCGTTTGTAAAGGGCAGGCCTGAGCACAGCACTGAGATCAAACCTTCCCTTGCCTTTCTCATGCTGATGAATGCCTACGCTCCTCCACTCCTTGCCATCTCCTGATCCTAGGATCTGGATATCCAAGGACATGAGGTAGGGAGAAGAGACACAAAACTGAAGAAAGGAGCTGACTCTATCCCTGCCTCTTATAAACCCACAGCTTCCCTCACAATTGTTTATCGTTATTTATCTCGATGCTCATTTCAACCACAAGACTAAGGAAAAGTGTAGCAGCCCAAGAGGAAACACTCTGTAGCTTGGCATTCCAATATGTGCTTGCCAGTGAGTCATGGGAGTGCTGATGCCCGTGTCCTGCACCAAGAGAACACGAAGTCCACGGATGTGTGCTGTTAACTCTCCATCCCGTATGGGTTGGTGACTGCACTTTCCTCACCATCAAATCCTCCCTCCTCACACCTGTCCAGTGGCAGCTCTGCCCCTTGTTGATACCTCTGTTATACGAAAGGTAGATAAGGAGAGTGAAAATAATGGGAGACAGTATTCTTTGCTGGCAATTTTTTTAAAGGGGTTTAGGTGAAGCTAAAGGTTGAAACTAATAACTACCAAGTTTCTGGATCACTGGATCTCTACCTCATTTTTAAAAACTCTTATAATGGAAAATTTCAAACATATACAGAAGTATCTGTCATCCAATCCAACAATCATCAATTAATGATTTATGATGTTTTATCTATCTCCCTCCTCTACTTCCCCCTCCCTGTAGATTATTTTGAAGCAAATCCCAGACATCATTTTAAGAACTGGTTTGAGAATGCCATTTTTTTGTTTTGTTTTTTTTTTTTATCCTAAGAACTTAAACTCAGCTGCTTAAATTAGGATAATCTTCCCAAAAGTAAAGGAGAAAAACAATCCACCAAGGCACACCGTGTAGCCAGGCAGAAAAATCAATCTACTTAGCAGCTTGAATGATTGAATCATGTGGTCCTGCTCACCAGTGCCTTAACCTTGTCCCTCCACCCTTGTTTGTGTCCTCATCGGGGCACTTCCCATTGAATCAGTCCTTTAGATGCAACTTCACCGTAAATGCTAAAACAGCAGTCTTTTTCCTTGTTTAACCTCAGAGTCTAGAAAATTCAATGCAAGTGTAAAGAAGGCTGTGGGTCTCCTTTGAGATAGTGTGTGGACTGAGTGTTGTTAATGCCACTCTATCTGACAAATGAGATGAGGAGAGAGTCCCGGCCAGACCCATGAGAACAGAAGGACCAAACATTTCAGACTAATAAAATCCTGATTTTTCTATTTCCTTTCCCAGCACAAGCCTAGGTTCTACAGGGAGCAGATAACTAGCTATTATGATCATTTGGTAGATGAAAATACATGAGGCATGATATCATAATCAGATCTCAAAGTTTAATGGAATAAAAAGAAGATCTACATCCTTTGACATGGACCATCACCCAGCCAGATGCTGGATAAGATCGAGATAGGAAAATGGAACCCTAGAGTAAGAATCAGATAGCTCCTGGCAGGTGAATTGGACATGCTCAATGTTGTGTAACACCATGAACTTCAAACAATGGCTGCCAAGAACCCTCTCTTGGTTATTTGTTCTCTCTTTTCTCCATTAATAATTCAGTGTCCATGGGGGTATAAAATTGCAGGCCTATAACAAATACTTTCTCACACCTGGCTTGCTTTGTTCCAAAAGCAAGGAAGAGTTTGCCTGAATTGTTCTTTTCTCCATTACTAGACAAAAAGCAGAAGTGGGAAAATCAGAGAAAGATAGACTCATATCGTGCTGTGCA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Seq C2 exon
CCCTTTCTTTTCAGAAGACACATTTAGACAATCACCATTCACCTCCAATTCAAAAGAACTGCTGCCCAGTGACTCCGTGCTGCACGGAAGAATATCAGCTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000151612:ENST00000508784:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.856 A=NA C2=0.484
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains