MmuINT0180860 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000024274 | Zscan30
Description
zinc finger and SCAN domain containing 30 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2685600]
Coordinates
chr18:23971382-23981555:-
Coord C1 exon
chr18:23981525-23981555
Coord A exon
chr18:23971846-23981524
Coord C2 exon
chr18:23971382-23971845
Length
9679 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACCA
5' ss Score
7.87
3' ss Seq
ATGAACACTGTCCACCTCAGGGG
3' ss Score
5.58
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTCCACGTGCTCCCACAACTCCCAGACAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000024274:ENSMUST00000115829:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.007
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0202312=SCAN=PU(97.9=69.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types