MmuINT1035468 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000037007 | Zfp113
Description
zinc finger protein 113 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1929116]
Coordinates
chr5:138139702-138150733:-
Coord C1 exon
chr5:138150607-138150733
Coord A exon
chr5:138145713-138150606
Coord C2 exon
chr5:138139702-138145712
Length
4894 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGG
5' ss Score
9.08
3' ss Seq
TGTTTTTTTAATTGTGCTAGATG
3' ss Score
7.22
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000037007:ENSMUST00000049393:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
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Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types