MmuINT1035515 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000051469 | Zfp24
Description
zinc finger protein 24 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1929704]
Coordinates
chr18:24009702-24017431:-
Coord C1 exon
chr18:24017284-24017431
Coord A exon
chr18:24014686-24017283
Coord C2 exon
chr18:24009702-24014685
Length
2598 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTGAGG
5' ss Score
6.13
3' ss Seq
TTACATTTTCTCTGTTTCAGATG
3' ss Score
12.65
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTCTCTCCGTCGGCAGAAACGGGAAGTGCTTGTAGAAGAGATAACATCTCAAGAAGATGCTCAGGGATTACCGAGTTCTGAGCTGGATGCTGTAGAGAACCAGCTCAAGTGGGCATCCTGGGAACTCCACTCTCTGAGGCACTGTG
Seq A exon
GTGAGGACCAGGGCACCGTGTGGTGTGGCCTTTCCCCAGAGTGCTTTGCTTGTTCTTGTGGCAAAATCCTTTTAATCAGAAATTCCTATGCATTAAGAGCTTGACTTTTTCTGATGATTGATTCATTGGCCTTAGGTATTTTTTGCTCCCAGACATTACCATCGTTAGCTTTTTTGCAGTCTTCTTCATGAAGACCTGCCTATCTTGGGCTCACATCTGCATTTCTCAGCCAGTACCTGGAGACCAAGTCTGTTTTGGTGATGGGATTGCTTAGCTGCTGTCTGCTAATGCCCTTTGCTTTCAGTTTCCTGCCTAACTGTATTGACATGGTGAATTTATCTGAAACCTCCTTCAGCCTTTTTGTTTATTGTATCACCAAAGTTTTCCTAAAATTCCAGGAAATTTTAATTCTAATTAAATTTTAAAATTTAATTTAAATTTAAATTTTATTTTTGTTTTTTTCCTTCAATATTCTATCTAGAGCCTTTTAAGAAACTTTCTTTTTCTCCTTTTTATTTTATGTGTATGGGTATTTGCCTTCATGTGTGTCTATGTAGCATGTGCTTATTGGGTGCCCTTGGAAGTCAGAAGATGCTGTCTAATCTCCTGGAGCTGGAGTTACAGATGGTTGTGAGCTTCCTTGTGGGTGCTGGAAATTAAACCTGGGTCCTCTGGAAGAGTAGCCAGTGCTCAACCACTGAACATCTCTCCAGCCCCCTTAAGAAACTTAAAAAACATTATCTGTCTTTTAAAACTTACATGTAACTTGAGTACAAGTGTGTGCATGTAAGTGCAGGCACTGTCAGGTCAGGAGAGAGCCTTGCAGTACTGGTACTAATGCCATGCACTTGTCTATAAGACCAAGTATACTAAACTTACTGTGCTGCAGTTGGTTTCTGTGACATTTTGTTTGAGATTGTTTCAGGAGTCAGTCCTTGAGGTAGGTGGAAATTAATACTAGCATGCCATAAATTAAGATATGAGCAGTGTTCTTCCCCGTAGGAGTGGGGCTACAAGTCAGAACTGGGGTACAGGTGTAATCTGCCACACTGGTTTTACCTATCATGGGAGCGCGTTCTGTTGCCTAGTTTAGGAACTGTACTTGTCCTTTCAAGATATGCTTTCATGGGTAGAAAACATGTCCTCTTCCTAAATGTCAGAATTGTCTGTTGGCCTCATTTTAGCAAACAAGTAGCTTTCCCATCCACAACATTCCGTTTATTCCAGGTCATATGTCCATCTACCCTTCATACTTGACTTTTCAAGTATGTAGGCCTCATGGCCCCTCAGGCCCTTGGATCTCCCTCTCTTCTGCTTTCTCGATTGACTAACCTTGCTATCACTTATCCCGGGCTGCTTTTGAGTGCTCCTGCTCACTGTGTGACAACTGTCTACTCTGTACTGCTTAAAGTTCCAGAAACATGTTGGTTCTTATCCCTGCCTGCGGGTAGACAGTGCTGCCACTTAAAATATTGAGGCTTTTTCTTTCTGGACACATCTCTCTAAGACTTGAACAGTTTTTCTAGCTGTCATGACAAATTCCAAGTTGGAGCAAGTTTCCTTAGTAGGGAAGCTTATTTATTGTGTATTGAAGTTTAAGTGTCATGGCTTTAGTTAACATAGGCTGTACTCGGATTAGACTTAGCTTTTTGTCTTGTTATTTGAGACTTGGTCTCACTTTGTGGCCCTGACTGGAACTTGCTTTGTTCTTGGAATTGGCATTGAGTTCACAGACATCTTCTTCCCTTCCCTTCCCTGAGTGCTGAGTTAAAGGTATATCTCACACACCCAAGTCTTGGCTTTTTTTTTCAGTCAGGACTCCTGTATTCTGCTGTAAGTTCAGTATTGGGTGTGACAGACTGACTGATTTCAGCAGTAGCTACTGTTTGACAGATTTTTTGATGTAATTTCTTTAAAAAAATTTTTTTTTCTAACAGTCATTGTTTTTTTCCCAAAGTTTTTTTCAGACCTAGCCATATCAGTTGGATTTTTCTCCCTTTATCTGATAATCTGTCACCTACTCTATTTTTTTAATGTGTGTATTATATGCATGTAAGTGTATATCACTTGTTCAGGTGCCCAAAGCGGTCAGAAAAGGAAGTTGGGTCCCTAAGAGCTGGCGTTGTAATGGTTGTGAGCTTCCTGGCAGTGCTGGGAACTGAACTTGGGTCCTCTGGAGGATCAAGTGCCTTAATGGCTGAGCCATCTCTAACCCCTGTGTTAAATTTAGATGAAACCTTTTGTGCCATTTTGCTATCTTGCCATTAGCTCATTAACTTGATAGTCTTCTTTCTTTTTCTTTTTTGAGAGTAGTCAACCTTATATATTCATAGATGTGCATAATCTGTTTATTTTTAGTTCATGAAAAAGGTTTTTTTGCCAGGTATGGTAGCGGCACACTTTTAATCCCAGCATTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATGTGTGAATTGGAGGCCAGCCTGGTCTGCATAGCATGTTTGAGGCGGCAGCAGCTGCATAGTGAGACCTTGTCTCAACATCAACAACAAAACCCCCTTTCCCTTCAAGTTCTTTCCTCTCCAGCTAGGTATTGAGTGATGTTTACATTTTCTCTGTTTCAG
Seq C2 exon
ATGATGATGCCACGACAGAAAATGGAGCACTGGCTCCCAAGCAGGAGATGGCTTCAGCTGGAGAGTCTCATGAAGGCCCCGGCACTCTCAACATAGGTGTTCCCCAGCTTTTTAAATATGGAGAAACCTGTTTTCCCAAGGGTAGGTTTGAAAGAAAGAGAAATCCTTCTAGAAAGAAACAACACATATGTGATGAATGTGGGAAACACTTCAGTCAGGGCTCCGCCCTCATTCTTCATCAGAGAATCCACAGTGGCGAGAAACCGTATGGATGTGTTGAATGTGGAAAAGCCTTCAGCAGAAGCTCCATCCTTGTGCAACACCAGAGAGTCCACACTGGAGAAAAACCCTACAAATGCCTTGAATGTGGGAAAGCTTTTAGCCAGAATTCTGGGCTCATTAACCATCAGCGTATCCACACTGGGGAGAAACCTTACGAGTGTGTGCAGTGTGGGAAATCCTACAGTCAGAGCTCAAACCTCTTCAGACATCAGAGACGACACAATGCAGAAAAACTTTTGAATGTTGTGAAGGTTTAAGAAATTAGGAGGAAACAATCAGCACTCAGGTCTTTTTCTTCAGAAATGAAGACAAAATTAAAAACATGAAGAGATATGGAAACTTATTTTTCCCTGTTGACTGGGAAAATCTACTGGGAAATAGAAAAAAAAAACTTCATTCACCATTATTATCTTGAAAGAAATGGTGTTATACCTGCCTAGAAACTGAAATTTTAAATAATTCAGGTGTTAATACCTAAATTTTTCTTGTGAAGTTTATATTCTCTTTTTTTTCTCCCCAAGTAATGAGCTACCTGGTTCTTTGTCTCTTTCCTTTTTCAGACAGCTACTTTATTTCTGTGTTGGTCATTGGAGTGTTCTGTAAGGGTGCATACGTTTTTATTTTAAAAGGCAACATAGGAATTGTAAAATCTAAAAGCCCATCCTCAAGACTCAGAAACATCCTTTAAAGCTTAGTTTCCTTTTGTTCAGGATGAGTGTATTTGAGAAAATAGAAGATAAAGGCCAAAGCCTCAGACTCAGATGAGCCTTAAGATCTCAGATGAGAGATGGTAGCAAAACTTCAGAGAGTAGAGGGGACACACTGGGCACTTACCCAGTGAAGCATGTCACTTAGGTACAGTCATCCTGTAGGAAAACTCGAAAAGAAAAGTGATTTTACCTAACTTGTGGGAATCTTACTAATTAAAATGGTTTTCCTGTGTAAAAACAGACAGTTGTAAAAGTGATGGTAAGGCAGACACTAAGGAAGAATGTAGTGATGTTGAAAGGCAAATGTAAAGTTAGGTAATTACATGACATGGCTTTTAGAAAACCTCAAACATCTAATTCATTTGCCTCATGCTAGTTAAGGACAGGACATTCCTTGATGGGGTGGGTAACAATATCAGGTTTGCTATTTTTATTCCTTTGGTACACAAGGGTTTAACACCAGGCTAAAACAGCCATACATTTATTATTAAACATTTCTACCGACAATGCACTGTGCCAGGTACTGTACTCCTATCGTCAGTCGGTAGGAATCTGTTCCACTGTAAGTCACAAGGGATTGATTTCCCCTCAGCATTCCCCGCTCACCTCTGAGAGCCCCAGAGTTGTAGTTCTCTTGCCAGTGTGCTGTGTTTGGAGGGAGATGTCGGCTCAGAGTCAGCTAGTCAGCTCTTAGCATTCTTCAGAGGTGAGTTCAAATCACACTCTTTTAGTTTGAAAGTTAATGAATCTTAAAAATCCAAACATCATTTCTAGTAGCATTGTGGTTGTAACTACACGTTGAATGAACTGTACTTTAAACAACTAAGCTATTAATAACTAGTTTATTAGTTGTCAGAATTGATTTTTTTTTAAATTTACAGTCTTAACACATTTTTAAAAAAAATTTATTAAGAGTAATACATTTTAGTAGTAGGATTCTGTATGCCTGTATACTTGGCTAAGAATCCAAGTTCTGTGGTTCTACTATTTAATGGAAAACTCTGGAAGTTAAAGCATTGGATAAGAGAAGAGGCTTTTTATATAAGACAGGCACTGTTACATGGAAAACTATCCATGCAAGTACAGATATTTCATAGTTCCAGTGATTTGGGTCATATCTGGTGCTTTGTCAAATTTTAACGTGAAAAATGAGATTTTTGCCTGAGCCTGTTGAAAAGCAGTAATAAATGCCACACAGCTAGTGAAGTGAGGCCGAATGAAGCTTGTTCATGATTTTCTGATAACAATTATAAGAAATGTGCTTTATAGATTTAAGATTTATTGAAGTATAAATATGTAGTAATGCTATAATGTATTTTTAAGTTATACAAGAAAATGTAGGGACTTCTGTTTGGGTTTTTCTCTGTGGCTGAGAGGAAACAAGTTCATGTCCAATAAAGCTGCAAACTCCTCTGCTCTAGATAAAGTAGCTTGGAATTGCCTTACTTATTTATTAACAACTGGCTTCTCTCCCAGTAGGACTTTGAGTTGGCACATTTATATAAAGCCCGCAGGGATGACAGAACTCTTAGGGTAGGTAACCTCTGGGTGGAATGTCAGGCTTAACAGTTTAGGATAGATTTGTCTCCGAGGCCAAAGCTGCATGTGACGTGAAAGCACAGAAGTAGCATTAGAGTTGGTGAACGTATGAGGTCTGTCAGCCCTGACGCCGTGTTCCTTTTGAGAAGGAAGCTCAGACAAGGCTCTGTGGGGAGGGGACTGGACTAAAACCCTGGTGGTTTACAGGAAAAGGACGCCGTGGGCTTTGTATTTAACCGACTGCTTAACCAGTTAATTTACAGTTAGTGATTGCTGACTTCACACGATCACCACACATATTTTGGGAGGTACACAGTAATGAAGTAGGCTGGTAACAAGTGCCAAGCAGTGGCCTAGCTAGCACCTTTCAGGTTAGCAATTCTGTTAGTGCATGCATACTAACTGACCCTACAGTCTGTGTAGTGGCTTTTAGTGATTTAAATAATCACAACTAGTTGATGTTTGACCATTGCAGCCCGTGTGAGTTTAGGGGATGTTTTCTATACTGAAACAGTTTGCTTGCTAAGCATTGGATTGGAATGAATACCGAATCTCACCTAGAACTGTGGACTAGCAAAAGGACCCAAAGATCATGTGACTTGGACTTGGCAGGGCTACAACTCCCAAGGTCAGGTTTTTTGATTGGTCTGTTGAGAGTGATGGCATAAGTGAAGTCCTGCTTACTAAGCACTACATTTTTTTTCCTAGTTAACAAGCTTGAAAAGCTATTATATATGCCCATTTGAATTTTTCACAGTGCAAAAACAAAAGCCGAAAAAGACATCAGATTTAGCCAGAAATAGTGATAATTGGGTTTATTATCCTTCCAAATTTAGCTCTGTACATGTTTAAGCAAACATCTTTTAAAATAATAGCTGACCTTTGGGGTTGAGTACAGGCTCCCACTACAGTGCTTTAATCCTCCACAAACCTGAGATAGTAACATATCTCCATTGCACATCTGTAGTGAGACTTGCTTTCACTCCCTACACTGATGTGGACATTTTCATAGCTGCATAGCATTCCATTGCATGAAAACACTCAACAGTCCATCTAAGCAACCCCATAGTGATGGGTTAGTAGGTTCTTTATACATAATAGATATGGATGACATCTATAGACATACATTTACTACCTATGTAGTTGGGTCTGTAATACAAATGACTAGAAATGGATTTATTGGCTCACAAAATATATATTTGACATTTTGGGGGGAACTACAGCTTACACTAATACTCCATTGGTAGTAATACCCGTTTGCTCCTGTCAGTGCTGCTCATCCTAGAGGCCAGTTCATTTTCTTGTTGCGCCTTTATTAGTAAAATGGAACATTTTTGTTCATTGGCTATTTTTATGTCCTCATCTGGTCTTGCTCATTTCTTTTCTTTCTTTGTTTTAATTATGAAAGTATAAATAACTACAGTTTACACCAAAAAAAAAAAAAAGTATAAGAGCAGAGACCATTTTCTTCAGGGCTTCTGGTTGGTTCCACTTTGCAGTGTACTGTACATCCAAGTACAGTTTCCACACATTTCCATATGAATATGCAGAAATGTGGACACCTTTTAAATAAACTGGATTATATGAGGAATTTTAAGATATCTTTGTGTTAAACATTCTGGTATTTAAATTCCTGTAAGGTGCATGGTCAGCTACTAGACACTCTACTTACTCATCAATGTAATCTTTACCAACTATGAGAAGTGCTCATTTCCCCACATAGCCTTATCTACACTTGATAGTCCTTATCTGTTTGGGATGGGTATAGAGAAAAAAAGAAACTGTCCTTACATTTCTCTGAAGAATAGTGAAGTTGGCTATTTACAATTCCCTGCGGGTTGGTTGGTCATTCATAGCTTCTACTGCTTTTGTATGGGGTTACGTGTGGGTGTCTGTTCTGTATTTCTCCCTGTATGTATGGTAACAGTATGGTATTGTGGATAACCCATCCCATATGACTATGGTGAGCACACGAGCAGGCTTGGCATAAGCCATACAGCATCCTAGCCACAGTGGTTAGAGATGAGGCATACAGTTTAAAGGCTAGGGAGAGTGCTCAACAGAAGTGCAAACACTGGCAAGAAGGTTTTGGAGATACTGGAGACCCGAGGATGATGTGAGCCTGCATTCTTACTATATGGAGGACATATTGGAGGAGACATTCAGGCCAGCAGGGATGGTGAGAAAACTTAAGTTCTAATATTTTATTTGGGGGCCCTAGATCCAGATGTGCCTAAAGCCTGCCCTACCTCTGGACTTTAAAGTTTTTTGAGCCAATAAAGTCCCTTTCTTGTTTAAGATAGTTGTATTTGGCTTCTGTCCTGATTAATATATAGGGTATTTGTATTTTCTTACTGATTTGTAGTAAACCTCTGTAGTTTTAAATTATAGACTTCATGCATTATATAAGTTAATAAAATTAGCATGGCTTTCTGTGATTTGGGCTCTGTTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000051469:ENSMUST00000066497:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.480 A=NA C2=0.196
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0202312=SCAN=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=14.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=13.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=14.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types