HsaINT0186576 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000172466 | ZNF24
Description
zinc finger protein 24 [Source:HGNC Symbol;Acc:13032]
Coordinates
chr18:32912178-32919940:-
Coord C1 exon
chr18:32919793-32919940
Coord A exon
chr18:32917735-32919792
Coord C2 exon
chr18:32912178-32917734
Length
2058 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTGAGG
5' ss Score
6.13
3' ss Seq
ACATTTTCTGTTTATTTCAGATG
3' ss Score
11.34
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTCTCTCCGTCGACGAAAACGGGAAGTACTAGTAGAAGACATGGTATCTCAAGAAGAAGCTCAGGGATTACCAAGTTCTGAGCTTGATGCTGTGGAGAACCAGCTCAAGTGGGCATCCTGGGAGCTCCATTCCCTAAGGCACTGTG
Seq A exon
GTGAGGACCAGAACTCTGTGTGGGCTAGAGGGTGAAAGAGAGTATAGGCCTTTTGTTCAGAACTTTGCTTGTTCTCACTGGTGGGGGGATCATATCACTCTTAATCTAATATCTCAGTTTTTTTCTGATTAAGTTGATTTTGCTGGCCTCAGACCTTTTATTCCTAGACATTAACATCTTCAGCCTTTTCTTCCCTTTCAGTCTCCTTCCTAAAAAGAGTTGCCCATGTCAGGCTAGCATTTGCCTTACTTTGAGCCAGCACCCACCCATGGACCAAGTCCCTCTATTTTGCATTCAGTATTACTTGTCATCTGTTTTACATCCTTTTACTTTCAATCTCCTGCCTAATTCCATTGGTACAGTAAGCTTACCTGAAAACCTCTTCTAATCTCTTTGTTGTATATCACTGAAATCTTTCTAAATATTTATTTCTGATTTCCTTCAACGTCTACCTAGAGTCATTTTCTTCTAAGAAGCTTCTTTTGTAGAAATATTTGGAGTAATTTTTTTCCTTTTTCTAAGTATTTATGCAAAAAAAGCCTCCTTAGCTATAACATGCTTTAAATGCAGAAAAATCTTTTTTAAAAGCTCAAAGTTGTATTAATTCACGAGACCAGTCTTTCCCAATATATTAGCCATTAACACCATATACTTATGTGTATCCTTTGATATGGCCCAGTATATTCCTAAAACTGCTAGATTGCTTTCTCATGTTTATGTGAACTAAAATGAAATTTTGTTTGACTCTGCTTTAGTAATCATTCCTTGAAGTAGTTGGAGATGGTGCTGGTATGCCACTGAATGAGGTCTGAGCAGGTTTTCTTCACATCTGAGGGGACAGTGCCAGCCAGTCAACTTTTGGGGTGGGGCTGAAGTCTGCTGAAAATCTGCAGTTTTACATGTTTCATGGGACATTCTTCTGTGCAATAAAGTTTGAGAAGTATCATTCTTGATATATGGGGCTGATATTTTCAACTTCTCATCATCTGAATTTTAGAGTGACTTTTCACCTGCGTTCCTTATTTCAGCTGTCTAGTCTCTTCCACACTTGGGAATTTCTGTTTCCTGTGTGCCGTTTGTCTCCACTTAATCTTCACGCTCCTCTGTTTTTCAAGTCTCCAAGCCTCACTATCCTCCTCTAACCTTTCAGTCTCTCTCTCTTAGCCTTATCTCCTGACTTGATCTTTTTGTTAATTATTTACTGTTTTCCTCTTCGCTGAAGGCAGTTGCTAACCCTATATGAACTGGATCTTTACTCCTTAAGGCATGAAGTTTTAGAAAAGTCTTAAATGACACTTGCTGTTATCTCTGCCTGCGTGTGAGTGATGCTAACCCATGTTGGTAATTCAGGCTTTTCTTTCATTGGACACGTTTCACTGAGGCTTAGAAATAACGATTTTTCTAAGTACCATGACAAATACCACATGGGAGAAGCTGCTTTTATTGGAAAACTTTCATTTATTAGGGGCATACTGAATTTTTATGTCATGTCTTTGGTTAACACAGGAGGCCCCCAGCTTATCTTCAGCCCCTTCTTGTCAAGACTCCTGTGTTCTGCTTTTAGGCTAACATTGGCTGTGACCTGACTTGGCTTGTTCATTTCAGAAATAGCCACTTTCTGACATGTTTTTCTAATTTACATCTTTGTATTTTGATGTAATTTCTCCCTTTCTCAAAGTAAAAGAACATTATAATGATTTCCTAGTGGCCAATTTTATTTTATTTTTATTCTTACAAAGTTTCATCCATACCTAGCCACATCATTTTGACTATCTCCCTAACCATCTTAGAATCTACCATCTTTCTGACCTTTGTTTTCTGACTACCATTTGTAAACCACTTGCCTATGTTTTATTCAGATATCCCTTATATCATGATGTTATACTGTTATTCAGAGTAATTTCATTTTTTCTTTTTTGAGAATAGGCCTTAACACCAGTGTCAGAGTGGTTTATAGATGTGTGCTAGCTATTTTAGTTCATTAAAAAAAAAATTTTTTTTAGGTTTCTTTTCCCTTAATAGATAATGAATGATATTTACATTTTCTGTTTATTTCAG
Seq C2 exon
ATGATGATGGTAGGACTGAAAATGGAGCACTAGCTCCAAAGCAGGAGCTTCCTTCAGCATTAGAATCCCATGAAGTTCCTGGCACTCTCAATATGGGTGTTCCTCAAATTTTTAAATATGGAGAAACCTGTTTCCCCAAGGGCAGGTTTGAAAGAAAGAGAAATCCCTCTCGAAAGAAACAACATATATGTGATGAATGTGGAAAACACTTCAGTCAGGGCTCAGCCCTTATTCTTCATCAAAGAATTCACAGTGGGGAGAAACCTTATGGATGTGTTGAGTGTGGGAAAGCATTCAGCCGAAGTTCCATTCTTGTGCAACACCAGAGAGTCCACACTGGAGAAAAACCTTACAAATGTCTTGAATGTGGGAAAGCCTTTAGCCAGAATTCGGGGCTTATTAATCATCAGAGAATCCATACTGGGGAGAAACCTTATGAATGCGTTCAGTGTGGGAAATCGTATAGTCAAAGCTCAAATCTTTTTAGACATCAGAGAAGACACAATGCAGAAAAACTTCTGAATGTTGTGAAAGTTTAAGAAATTGAAAAAAAAAAAAGAATCAGCACTCAGGTCTTTTTCTTCAGAAATGAAGACAAAATTTAAAATATGAAATGATGCAGAATAGTTTTTTCCCTATTGACTGTCAGAAAATCCACTGGGAAATGTAAAAATCTTCACTCACCATTATGATATTTATCTTGAAAGAAATGGTGTCATACCTGCCTAGAAACTGAAATTTTAAACTTAATTCAGGTCTTAATGCCTAAATTTTCCATGTGATGTTTATAGTCTGTATTACTTCTCCAAATAATGAACTACCTGATTCATTGTCCCTTTCTTGAAAGTTTCTTTTTTAAGACAAATACATTATTTCTGCATTGATCATTGAAATGTTCTTTATATGGATACATTCCCTTATATATTAAAAGGCAACAGGAATTACAAAGTCTGAAAACCATTTTAAACCATCTTTTAAAAATTTACCCTTATTTCCTTTTACCTAATTTGAATATGCATTTGAGAAAATAAGAGGATAAAGGATGGCTAAGAGCCTCAAAATGAACCATAAGATCTCAGATAAGAAGTGATGGTGATAAAACATCAAAAAGTGAATGGAACACCTTGATTGGGGAAGATATGCAAATACTTTGATCTAAGAATTGAAATGTATCAAGAATTTATATTTTGCCTGCAGGAAAATTCAAAAGCTACTCATCCTCTCTATAATTTGGAGTCATCTTACTAATGAAAATAATGTTTTCCCATATATTATTAAAAAGCATACAGTCTAAATAATAAACAGTTGTAAAATAATGAAGGTAGAAATTATAACACTAGGGAAAAATTTGTAGCGGATGGCAGTGTTGAAGGCAAATGTAAACATAAGGGTAATGGTCTGTCATGGCTTTTAGAAAAAGATGATAGAGTTCATCATTATTTTGCCTTCATCTTTGTTAAGGACAGAAAATTCCCTGACAGGTGGGCAAGTATCAGGTTACCTATTTTTTATTCCTTTGGTACAAAAGGGTTGAACGTCAGGCTAAAAAAGCAGCCATGCATTTATTATTAAACATTTTCTACCGACAAGGCACTGTGCTAGGTACTGTAATCCTACCATAAGTAGGTAGGTATTTCTTCCACTGTAAATCATAGGGGTTTGCTGTTTTATGTGAGTTAGCCTCTTCCCCTTGTCTGAGCATTCCTCAGGGGAGGTCACCTGTGAGGTTCCCAGAACTGTAGTTTTTTTTACCAGGGTGTTGTATTTGGAGGGGGAGGAGGACTCGGCTCAAAAGAGCTAGCTGGCTCTCCAGTGTTCAGAGGTGAGTCCACGATACTCTTACCACAATTTGGAAGTTTGTGAATCTTTTTAAAGAACTAATCAATCTCTAATAGCATTGAGGTTGTACCTACATATTAAGTTGAATGGACTGTTCTATTTAAAAAATAAACAACTAGACAATTAACTAGTTTATTAACCTATCACAATTGAATTTTTTTTTAATTTTCAGTCTTAACACATTTTTTAAAATGTATTAAAGTAATACATTGTAGTAGTAGGATTATATACTCCTTGGCTGAGAATTCCAAGTACTGTGGTTCTACTGTTTAGTGGAAAACTCTGGAAGTTAAAATATAGAATATGAGAGGAGGCTTTTTTATAATGGGCATCATTGTGTGGAAAATGACCCATGTGAATACAAATATTTCCTAGTTCAGAGATTTTGGTTATATCTGGTGCTTGGATCAAGTTTAAAAATGGAAGGTGAGATTTTGCATGAGCCTATTAAAAAGCATAGTAATAAATGCAAGGCCAGCTGGTGGAAAAGTGAGGCAGAATGGAGCTTGTTTATAGGTTTTCTGATAACAATTATAAAAAATGTGCTTTATAGATTAAGATTTATTGAAGTATAAATATGTAGTAATGATATAATGTATTTTAAGTTATACAAGAAAATGTAGGGACTTTTGTTTGGGTCTTTTTCTCTTTGTGGCTGAGGGGAAACAAGTCAGTGTCCAATAAAGCTGTAAACTCCTCTGCTCTAAGATAAATGATGTGATTTATTTATTTATAACTGGCTTCTTTCCAAGTAGGTTTTCAGGTGGCATATTTGGAAGACGGCTGGAATGACAGAATTCTTGTATCAGAGTAGGTAAGAAGGGAGCAACCTCTCAATGGCTATTATGTCATGCTTTTTAAGATCGTATGCGGTTCCTATATACAAGGAAGCTTCCCTGTGGTAGATTTGTCATAAATGCCAAAGATATTTGGTAATGTGAGTGTAGAAAAAGTAGTATGAGGGTTGGCAAATACTGTTTTTGTCTTGGCAGCTCTAATATCTGCATTGTTCAGAAAGGATTCTGAGGCTAAGGCAAAGCTCTGTGGGAAAAAGGGACTGGACCAAAAAAAACTGGATGGTGGCACACAAGAAGAGGAAATGATGAGATGTGTACTTTCTATCTCTGGTTAGGCTTAGTCCCCACTAGACAAATTGATTTTAAATACTATGTAGTGATTTTTAAATTCCATCCACACATTCATTACCCACACAGATAATCATAGAAATTTGGGGGAGTGCCTAGCTTCTGATGAAGTGGTGATATGGCAGTGCCAAGCAGTGGCATCGCCAGAGTATCTGTTTGGTTAGCAAATGAGCAGTCATTTTAGGTCATGCAGATTGCTGATATCTGCCCAGTAGCCACTGAGCATTTGCTGGTTTTTTCTTCTGGCTTTCTTGGAGGTTAAGCTCTCTGTAGTCATACCCAGTTGGTACTTGATCTTTAGCAATATGTCTCATATTCATGTAAATTGAAGGGAGGGTTACATGTACTGAAATAATCTGCATGCTAGGCATTGGCTTAGACACCGTACCTATCTCACTTAGATTTGTGGACTAGGAAAGCAAGATTCAGAGATCATGTGACTTGCATGTGGCCTAGAGATAAAATTCAAATCTGGTTCTGTAGACTCCAGGGACATATTCACCATGCCATGGGTGGTGGCTATTAAACCTTGATAAATTTGTGTTTATGGTTAACAAATGTGAAAGCTATTAAACATTGCTGGTTTGAATTTTTTACAGTGCAGAAATGTAAAATGAAAAAGGATATTTCCTTTCACAGTGTTACCGAGAAGTCATGATAATTTCGTTTGTTCTTCCAGATTTAGGCATATACTTATTTAATCAATAATGTGTTAACAGCTGACACCTGTGGTTGCTGTGACAGGCACTATTTGAAGTGCTTTATCATGGATTAACTCTTAATCCTCAGCTACCGTATAAAGTAGGACATAACCCCATTTCACATGCACTACACTGAGACTTGCCTCCTCTCCCCCCACATTGAAGATGTTCTTTTTTCATAACTATATACTATTCCATTGCATGAATATTCTGTAATTTATTTAATCCCCTATGGATTGATAATTAGGTTCATTATAGATAGAAGTGTAATTAACATTCCTGTACATGTATTTTGCTACTTGTGTGGGTATTTCTGTAGGATGAATAACTAGAAATTTATTGGATCAGGTTTCACATTTGCAGTTTTGAAAACTACTACCAAAAAGATTTCACCAATTTACAACTCCATCATTAGTAAGAATGCCTGTTTGCCTATAGTCTGCCAACCCTGAATCCTTAAAAATTTTTGCCAATCTGGTAGGCAAAATTTCTTTCTTTTCTTTGAATATTAATGAGGAGGAACATCTTTTCATGTTTCTTGGCCATTTGCATTTCCTATTATGAATTGCTTTTGCCCATTTTCCTTTTTTTAATTATGAAAGTCTAATGACTACCTTCTCATTGTATAAAAAACACAGTTCTTTGAATAGAGAGACCCTTTTCTCCAATGCTACCAATCACATTCCACTTACCACAGTTTAACATACATCCTCTAGTCACCTTTCCGTACGAATATACATACACATAAAAACACTTTTTACATAAATAGGATCTCATATTCTGTAGCTTTTTAAAATTTTGGTCTCAAAAAAAGATAACAGGTCTTTAAATTTCTTTAATGGTTGAATATGATTAAATACTATGAAAATGCCATTATTTATTCCCTTAATTTTTTTCCTCTCGCTATTACATTGCCAAAGTAAACATCCTATTCAGATGTCTTTGTGCATGTGTGTGAATATTTCTTTAGTCTGGAGTCCAGTAAGGTGGATTTTTGGATCAAAGGGTTTGTTCTCTGTCCACCTTCAGTCTTCCCAAAGGCCTTCATAACTGTATTTTCACCAAGTGTATGGAGAATGTTCATTTCCCCATATAACCATACCTACACTTGATAGTTTTTATCTGTTGGGCGAAAAAGAACCTTTTCTTATTTTGCATTTCCCTGATTATAAAAAAAAATGGTGAGATTGGGGTTATTTTCATGTTTATTGGCCATTTATAGTTTACTGTGGATTGTTTGTATCCCTTACCTGCTTTCTATTGGGTTATGTGTGGATATATTGTTTTTATTTGTTCAGCATCTCCTTCCCCATCTTCTGGTAACACAACCTTTATTTATTTGTGGGGAACCTATTCCCTGTGGCTTAGGTGAGCATGTGACCAGGCCTGGCCTCCTGAGTCCCACAGCTTCCTAGCCACAGTGATAAAAGAATGGGTATATAACTTAAGCCAGGCTAAGGAAAGCCCTTAACAGAACTTCTGCTGGAACTACTGGAAAGAAGGCTTTATGGAGATCCCAGGAACCAAGGACCATGTAAGCCTGAATTTGTGCCATGTGGAGAGAGTCTGTCTGAGGAGAAACTCGGATGCTAGCAGAAATGGAAAGAGAACTAAGTTCTGATGTCATTTTTCTGGAGGCCCTAGATCCAGCTGTGCCTAAAGCCTGCCCTACCTCCGGACTTTAAAGTTTTGTGAGCCAATAAAGTCCCTTTCTTGTTTAAGATAATTGAATTGAGTTTCTGTTCTGATTAATATAGGTTATTTGTATTTTCTTATTGATTTGTAGAAAACCTTTGTAATTTTAAATTCTAGACTTTATGCACTATATAAGTTAATAAAATTAGCATGGCCTTCCATGATTTGGCCTGTGTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000172466-ZNF24:NM_006965:3
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.340 A=NA C2=0.184
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0202312=SCAN=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=14.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=13.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=14.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)