RnoINT0009990 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000018126 | Abca1
Description
ATP binding cassette subfamily A member 1 [Source:RGD Symbol;Acc:631344]
Coordinates
chr5:69918834-69929756:-
Coord C1 exon
chr5:69929580-69929756
Coord A exon
chr5:69918927-69929579
Coord C2 exon
chr5:69918834-69918926
Length
10653 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGT
5' ss Score
10.13
3' ss Seq
TTTTCCCCCCCTCTTTCTAGACA
3' ss Score
11.05
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ACAAAACTAAACTCCACGTCTCTTCTCCCGACCCAGCATCTGGCTGAAGCCACCACAACGTTGCTTGACAGCTTAGGGGGGCTGGCCCAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000018126:ENSRNOT00000024564:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]