Special

RnoINT0009990 @ rn6

Intron Retention

Gene
Description
ATP binding cassette subfamily A member 1 [Source:RGD Symbol;Acc:631344]
Coordinates
chr5:69918834-69929756:-
Coord C1 exon
chr5:69929580-69929756
Coord A exon
chr5:69918927-69929579
Coord C2 exon
chr5:69918834-69918926
Length
10653 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGT
5' ss Score
10.13
3' ss Seq
TTTTCCCCCCCTCTTTCTAGACA
3' ss Score
11.05
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTTTTTGCAAGGCTACCAGTTACATTTGGCCAGTCTGTGTAATGGATCAAAATTAGAAGAAATCATTCGGCTTGGAGATCTGGAAGTTTCTGCCCTTTGTAGTCTACCTAGGGAGAAGCTAGATGCAGCAGAGCGCGAGCTGCGTTCTAACATGGACATCCTGAAGCCAGTCATG
Seq A exon
GTGAGTGGGCATGCGCTGTGCAGGGGACTTCAAGTGCTCATGCTTTTAGAATGTGAAATCTTTTCCTGGACAACATGTCTTGTTTTTGTAGAAACTCGGGGCTGACTGGAACTTGGTGATATAATTTAGCCCAGTCATACTCTGGGTGTTCTTTCACTTTTCAGTCTATTTCCCAAGAGTTAGTTGGAGATGAATGTTCTGGGTGTGCTGAGGCCAAGCCCAAGGTTTCTGGTGCCGGTTTCAACTAGAGAAGACCCATCTTTCATGTACTTTTTAAAATATTATATTTCTGAGGAAGAGTCCATTTGAAGAAAGATTTCCCCCATGCCAGATTTAAGAAAAAGTCTTGAAATGATTAATGGGGAGATGGCTACTTATTAGTGTTTTTAAAACTAGCAGAAGAGGGAGACTGTGTTAGATAGTAAAACATTGCGATTGGGCGAGACCACATAAAGATAATTAGCTCACACAATGACAAAAATGTACTAGAAAGACATACTCACAAACCATAACCGAGGAATGCAAGTGAGCCTTGGTGTATTGATCATCAGGGTTCATTATAGAAATTCTAAATAAATAGAAATTAAGAGATCTGTGAGTTTTCTGAGATCTTTTTCGAAGTGCTATAATCACGTTGAACTCTGTGAAGCTGGCTTTCACTACAGGGAGTTATGCATCCTACAGGGTCCTAAGATGGTTGGTTTCCATCAGCCTTCCAAGCCTAGATCATGTGGGTTTTGGAAACATCTTAGAGTGGACTCTCTGAACTGACCATGGAGATGTTCTTGCATGTGTCTTGACTCTGCCCCTGTTGCGTGAAGAGTAGGTGGCAGCGAAATGACGAGTCTCTTCTAGGTGCTTCTGTGGAGTGCAAACACGCCAGCCTTTGCGCTAAGCTTAATGTTTGCTTACCCCTAAAGCAAATGATTCTGGTTCAGGTTTTGCTTCGGTGGCCTGTGAGTCCACTGGTTATTGCCTTTATCACTGTAATTTCTCTATTGGAAATGTTCGTGGTGCTCCGAGTGGCAGAACTACGTAGTTGGATAAATGTGTGGCTGCAGATTTGTGCAGACTGTTGACATTTTGTGAGACACAAAGGAGTCAAGGTCATTACGATGGCATGAAAGGGGTGATGTGAAATCATGTTGGAGGGGGGCTGCTTTGCTTCACTTAAGATACAGAGGTAAACACTTGTCCTTCAAATTTAGGAACTATGAGTTATTTAAGAAGAGACAGGAATTGATTCTGGTGAGCATTTATTCGATTTCATTCCCGTTTACTCATTGAACACCTGCAGTGTTTAGAACCCAATAAATCCCCCCTTCCACAGAGTATCTGAACTATCAAAATAAAATACCACCATGGCCCTCATCATCTGTCCATTAACAGCTCAGATTTCCACTTGAAATCTCCCTCCAAAGGGGAGGGTTTCCAACACCATGGAAATACACCTTCAAACCTGTCAGCCATGTGACAACCTATCCTGTTACAGCCTTGGATATTAACAGGTTAATGAACAGGTATTAATTAAGATGGCTTTGGTGTACCCCCTGCACGTCTCCTGGGTGTAGAGAGTAGAGTTCTGTTTCTGCCCCTTTGCTTCTGCTGGGAACCCTCTCTCGTAAAGTCAAAACATAGGGGCTCTGGAGGAAGACAATAGTGAGTGACCAGAATTGTGCTGTGTGAAAATGTTCTGGAAGCTGCCTCTGGGATGGAGTGTCTTTCAAACATTCTGTGGTGTCACTGAATTAAGCACTGCTTTAATTGGAATGATGGGACTGATTCTTGGTTTACAATAAGGACACTCTTTTTCTCTTGCTACTCGGCTGAGATTTTAATTTGTGATAGTCAGTGTGTGTGTGACCTCTGCTCTTCACCACACCGATGGACAGTTAATTGTGCCAAAAACTTTTAGCACAACAGCCTGATGCATGACTCAGTATCATGGGAGAAGACTGTTCTGTTAATATGTCATTTCTATACACAAAGCAGCTCATCATAAGAGGCATGTTATGAAATATTTCCCTTTATTTTTGGGGTGTGGAAATTTCCCCAATTTTCAGCCAAAAAACATTGTGCCTATCCCTGGGTCTCCTCTAGGTGATTAGGGAAATGGCGTTTGGAAAACAGTTGCTGGTGAGGCAGATGTTTCCTTTTGTAGCTCAGTGTTAAGAATCAGAAGCAGAATAAACAAAGAAATCCTGGACAATGTGTCAATGCATAATGATAGTTTTTGGTCCAGAAATGGCCATAAACCCCTAACCAAACTCACCAACCAACCTCCAGGCTAACTCCCTTGCTGAACAGTGACGTGTGTCAGATTGTTCTAGGAACCCTACTTGGTTGAGATTCTCAAAAGGGTGGTTTTTCTAGTAAATACAAGGGCAGACTGAATTATGGAACCCTGACTCTAGGATAAGTGTAACAGAGGTCATGGACATGCTGATAATTCTGGGTGTTCCTAGTGTATTGTTAAGATATTAACCCTTACAGGGAGCTTTAGGCCACCGGGCAACAACTTGGGTTATGTCACGGCCCAGCAGGGTGGATTTGGCTGATGACATGGGCCGGGTGGAGCAGGTCAACTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTGGTTCTTTTTTTCGCAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGCTTCCTAGGCAAGTGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAGCCCCTCAGGTAAACTTTCTTTTTGCTTTCTCTGAACTATTCTTTGGCTCCTTCCTGCATCTTCCCCAGAGATAGGCAGGAGCCTATGTGGGGATGTCTGTCTGCCTCCCCACCTGAGGCTCCTCTTCCCTTTGCACTGTAGGAGAGGGTCGCGATAATGGAGCAGAAGGGTGGTCCAGAGCAAGCTGTTTGCTCCAAGTGTCAGGATTGCGCACAGGAGTGTAACATGAAATGCAGTTATCAGCCACTCAGTCCTGAAGCTTAGGAGTCTGGATACCTTGGGAGGCGGGCATCTAGGCTGAAGTCAAGGTGTTCGAAGGCTTTTTTTCTTTTTGAGACTCTGAAGACAGATAGATATACATGCCGTTGAGCTCATTTGGGATTTTGGCAGAATTCAGTTCCTTCCGTTTGTAGGCCTGAAGTCCCTGTCCTGGCTTTAGTCAGGGGCACGGGTCTGTGCTTTCAGAGGCAGTGTTGTGTCTCTCAACTCTGAGCACCTGGACTGGTTTAAATCTCTGACTTTTGCCTCTGTCAGCAGGTAGAAAAAGTTCTGTGTTTTTAAGGGCTGGGGTCATTAGATCTGCCCTTCTAGGTAATTCAAGATGGTCTCCTTGTTTTTGAGGTCCATGATTACCTCTTCAAAGTGTGTTTACCCCACTGTTGATGTAGTCATAGATTCCAGAAATTAGTGCGTGGTCATCATTAGGAGTACTGCACCTGCCACAACTACCTTTGGGTTGGAGAGTTTATTTCGTTATTTCTTTGAAATCCTCCCTAATGCCCTAGGCTTCTATTGATCCCTCTTTAGTTCTCGGCTTTTTTTTTTTCTTTCTCACCACTGCTCTGAGAATGATTGTGTTGCATGATAAACAGTACCTACTCAGGGTTCTCATGCACAGAGTAAGCAGTGGGAAGCAGAACGTCTCTTTTTGAAACATCCATCCTACAAAATCCAACTATTTACCGGATGTCTACTCTCTACATTGTACTTGGTTTAGGCGCTGAAATTCACTCTTGGGCAAGGCAGATGAGACACACCTGCAGAGTTTTCAATCTAGTGGGTTCTGAAGACCAACGGTAAAGGCCATCTGTGGATTCTGTTCCCCTGCCTTGTCTGGCCTCAGTGGGACAAGATGCGCCTCACCCTGCAAAGACTTGATATGCCAGGGTCAGAGGATACCCAGGGGGACCTCCACCCTCTCAAAGGAGATAGGAGGAGGGCTATTTGAGGGAGAGACTGGGAAGAAGAGGGGCAGCAATCAGGATGTAAAGTGAATAAATAAATGGAAGGGGAAAAGAGGCAGAGGCGGTATGTTTAAGGACTTCTTTCCAGGTTCTCGGGTGAAGTGAGGCTTGCCCTGGATAGATTTCGGTTCTGGTTCTGGCTCACTGTCGTCTCAGTAGTGTGGGAATGGTGTCTGATTCTTGACGTTTGAGGGCAAGACCACAGATGTATCTCGTGTCCACAATACCTTGGATATCGCTCACATGACTGTGGTTAGGTCACCTTGACCTCTAAGAATACTGTCTGCCTAAAGGGGACAATTCTGTTTCTGTGGAGCGAAGAACTCTCTTCAAATGTCTTGTGACTCACGCTCCATGTTCCCACCAGAGCAGAACTCGGGGTTCTTCTATTAGGATGCCCGTGGGTTCGGCAAGGCTAGTGACCTCACAGCTGCGCTGTCTGCTCTCCAAGGTGCAAATGAGCAACGGGCGAGTAGAGCTGCCTTATTTTGAAGATCTGGGCTTGTTCTTAACTTCTGTGGACAAAGACTCAGAGGACAGATGAGACTAGATATTATCTTCTGCTCCGTGACATTTTTCCCATTTGCAGTGTGCGTGTGTGTGTGTACGCACATGCACACACATGCATGTGTGCATATGTGTATGCTTGTATGTAGGTGGGAACGTGTGTATATGTGTAGGCATACATATATGTGCATGGAGGTCAGAAATAGATGCTGGGAATCATTCTTTTGCACTTTGTTCAGTGAGGGTCTGTTGGTATGACTCGTCTCATTAGACAGCTTGCTTTGGGGGCCCCTTGTTCCTCTCTTCCAAGGCTGGGGTTACAGGCAGGTTGCCATGCCCACCTGATACTTGTGTGGTTCTGGGATCTGAACTCCAGTTCTCATGCTTCTGTCACAAGCACTTTAACTGAGCCATCTCCTTGGCCCTGTTCATGATTTTTAAGGGCTCAACACTTTAGCATGTCACATGTTGATGGGATTTGTGTAGGTTTTTGTAGAGGAGAATTTTTATGTAGGTTTTTGTAGGAAAGAATTGTTGCCTTTCCTCTC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Seq C2 exon
ACAAAACTAAACTCCACGTCTCTTCTCCCGACCCAGCATCTGGCTGAAGCCACCACAACGTTGCTTGACAGCTTAGGGGGGCTGGCCCAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000018126:ENSRNOT00000024564:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]