RnoINT0022297 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000001597 | Atf2
Description
activating transcription factor 2 [Source:RGD Symbol;Acc:621862]
Coordinates
chr3:60765573-60775361:-
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
chr3:60765573-60765642
Length
9643 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
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Exon sequences
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Seq C2 exon
ATAAAACAAGGACCTGTGGAATATGAGTGATGACAAACCCTTTCTATGCACTGCCCCTGGGTGTGGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000001597:ENSRNOT00000002174:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]