RnoINT0022299 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000001597 | Atf2
Description
activating transcription factor 2 [Source:RGD Symbol;Acc:621862]
Coordinates
chr3:60753019-60756038:-
Coord C1 exon
chr3:60755942-60756038
Coord A exon
chr3:60753138-60755941
Coord C2 exon
chr3:60753019-60753137
Length
2804 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTTAGT
5' ss Score
6.32
3' ss Seq
TTTCTTAACATTTATTTCAGATC
3' ss Score
8.98
Exon sequences
Seq C1 exon
CGTTTTACCAACGAGGATCATTTGGCTGTCCATAAACATAAACATGAGATGACACTGAAATTTGGTCCAGCACGTAATGACAGTGTCATTGTGGCTG
Seq A exon
GTTAGTATATGCTTTTATTAATGGCTTATATCATATTTCACCCAGAATGTGCACAATTTTGTGTATTCTCTGTAAACACTATAGTCTGGTGATAGTCCAATTGCTTCATTTACAGTAAATGTTGGCAACATGTATTTACCCATTACATTTCTATATGTTCTTTTGATCATTCATTTCACTTTTTTGTGTGCTTTTCAAATACCCATTTGAAGTTGGTTTTATGGAAGTTAATTAGAACCCTTGGAGCAATCATGCCTTTCTACAAAGTATGTTTAACTGATAACTGACTTCATTGATATTTAGTGTTTCTTTTAGTTGTCATACACCTGGTTTTTAAAACTTTGTAAAGAGAGTAAATGATCAAGCACTCCCTAAACTTGGTCATTATACTTTTGTTTAAAGGTGTTTCAAATGAAATAAATGTTTTATTAATAAAACACTCTAAAGCTGGGATATAGATCAGTAGTATAGTACTTGCCTGGCATTCACAAGACTCAGGTTTTAATCCCCAGCACTGCAAAATAAAATAAAATGTTCTTTCCTAAAGAAAATCTAAGTTCAGTTAGTGTGTGTGTATTTGTGTGTGTGTGTGCATGCGTGTGTGCATACCCTATAATTATATGGTATTACCCTGAGCAGATCGTTGTTTTTCATATGTAAAAAGAAGAACCCAATTCATGTGGTAGCTTACCATCACTCTATCCTATGTTAGTTGTTTTATGTTCTACATGTAAACATATAATCTGTGTACTTGAATAATATATACTATGCATGAGTTCAATATATTTGTTTCTTTCTAAGTAAACATGATAAGTTCTTTGTCAGATTTTACATATGTTTTAGCGCTCTGTCAGAATTACAAATATGCATGTCATAAATATAGAATCTAGAGTCCTTTGTTTTGTGAAGCTTATGTTATTCTATCTGTAATTCTAGAATTTTAACTAGAATATTGAACAGTATTAGTACTTGTAAATTATAACTTAGTGTGAACACCATACGCAGTGCTTTGGAGAGATGTTAAGGCAGTATCAGATGGTTCCTCCTGTGCTTTTAGTTCTGTAATTTTTGTAATTAATAAACGAGAGGGAGCTAAAAGTTGGTGGTTTATTTAAAAAAACTTATGGAAGGGAACTTTTGACAGTCTTTGGTACTGTAAGGAGAAGGGTGCGGATCAGAGTGAGGTACGCACTTCTTGGAGTATGTAAATAATGAGGACCACAATAAAAAAGGAAAGAACAGTAATTAAGGAAAATTAAAAACCACCTAGAAAGTATTTTTCTAGGTCTGAAGATCTTTGTTTCCTTGATATTTACTGTCTTAGATGTTCTTTGTAAACTTTGATCTCAAGAATGTTAATTTGGTTCCTATATGTTACTTTTAATACGGTATAAAAATAGAACATATTCAATCACAACATTTTTACTAACACTGAAATAGTTTACTATAACTGCAAATAGAATGCATGATGACCATAGCCTTAAGCTATCTGCATGTTAACCATTTGTGCCTGTGATGACTTCTCTCAAATCTGATGGTACCAGTAATAATCATCAATTAAAGTGGTATACGCTATGCGTTTTCTGGATTTTTTTCTGTCAAATATAAGTTGTGTTGATTCCTAATCATCTTAGGCAAACCCTTTGGGTGTGAACAGAGGTAACATTTATATTTGACTAATTTGAATTAAAATAGATTTAAACTGATATATATATATTCAAACCCCTTATTAAAATATTATTTTGGAAGTCTTTAAGGCTAAAAATTAGGATGTAGGTTAAAGATTAAATAATGGATACGATTATGACATAAGTGGACCCTGTAGTAATTCTGATAATGTTTTTACTGTCTAAGACAAGCCTACCTTAGGTCTAGCATATATGATAAGTGAATTATTTTTGCTAAAAATATTTATAGGCAGTACATATGAGGGGCAAAGATGAAATTATGATACCTACTATAGAAACTCAGTAATTAACAAATATCTGACCCTCAGCCAAACAAATTTTATCTTAAACCAGTGCTGTGCTAAGTAAACTAGATTCTGTGTATAACCTCTAAAATTGCTTCCCTAAAATGCATAAAATGTGAATAAATATTTAATGTACTACCAACTCAAATGTAAGCAAATATTCTTCAAACAATGAGACTAAATTGGAGAGACTTGTAAATTTTTTATCAGTCATTCATTTGTTCTGCATACATGAACACTCAGTATAATGTTAATATACATGTCTGTGAGTATATATTCAGATATAGTTGAAATAGTTTAGGTTGTAAGAAAGTTGAGTTCACATCATTATTAGACTAAACCATTTTTTTTAGGAGGTAGGGAACTTTTGCTTATATTTTTTCCTCCCTTTGAGTCTTTTGACATATAAAATGTATATTAAATTTGACTTCATAATATTTCATGAACAGATAGTAAATGTGCAAAAGTTAAAATATTTATTTGCTTTATTTAGTTTTCCCTAAATTGTATGTATCTAACAATCAGAATTTTTAATGATGTAACTTTGAAAAATTCTCATTACTTTGTTAATAGTAATTATTTCTCCAAAATATGTTTATTTCACTCAGGAGTATACACTAAGCATAAAAGAACTTTGGCGAGGTTGGCAAAATATCTTGATGTTAAATAGAGCTTAATCAAATTTTGTTATTTTAAAGAAAAGCATCTTTTTAAAGAGAGAAATAACATTTGACTGAGCCAGTGCCACTGATTTGTTAATTTCCTAGCAGCATTTTAGAATCTCAACATGATCATTTATATTCGTATGCTTATTTCTTAACATTTATTTCAG
Seq C2 exon
ATCAGACTCCAACGCCAACAAGGTTCCTAAAAAACTGTGAAGAAGTGGGTTTGTTTAATGAGTTGGCAAGTCCATTCGAGAATGAATTCAAGAAGGCTTCAGAAGATGACATTAAAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000001597:ENSRNOT00000002174:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.818 A=NA C2=0.438
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]