RnoINT0030701 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000052954 | Ccdc173
Description
coiled-coil domain containing 173 [Source:RGD Symbol;Acc:1308818]
Coordinates
chr3:55996499-56003688:-
Coord C1 exon
chr3:56003524-56003688
Coord A exon
chr3:55996931-56003523
Coord C2 exon
chr3:55996499-55996930
Length
6593 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATTGTAAGT
5' ss Score
8.54
3' ss Seq
TTTATTTTTCTTCCCAATAGGCC
3' ss Score
11.49
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGAAAAATAAAGAGGAAGAAGAAAAACAAAGGAAAATAGAGTCTAAGGAAGAATTGCAGGCTGTCTTGAAGGCAGATAAGATGTTCCAGGAGCTTGAAAAGGAGAAAAAACTCAAAGCTAACAAAGAGAAACTGGAAGTTCAAGACGCTCACATTCACCAAATT
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCCCTAAATAAGTTTAATTCAAAACAATTGAAGGAAGAAGACTTAAATTATTGGAGACTTACTGAAGCCCTTGCAGTTGAGAAGGAGAAAGAATTTGAGAAGTATGCCAGAGAAGTAATTAATTTTGAATCTGAATCAACAAAGAAATACACCTACCCTATGGTAAAAGCTGTGCAGGAAGGAGTGGGAGGTGGACGTGGACCACCCTTTGTAGGCAGAGGTGGGATAAGACCAAGCTATCAGGCAAATGATGTCACTGGCGTCCAGCTCCCTTTTTATAACAGTCAAGGATCAAAGTATGATTTTCAGAAGTCAAAGAGAAGGCTAGGTTTTACTTGGTAAAAAAGTTAATATTTTGATTGAAAATTTTTTTGTAATGAGCTACAAATATAATGGAATTTCTGATAATAAAGTCACTACTCGTCTCTATGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000052954:ENSRNOT00000089637:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.382 A=NA C2=0.080
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138681=Trichoplein=FE(16.2=100)
A:
NA
C2:
PF138681=Trichoplein=PD(12.0=35.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]