BtaINT0033022 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000001090 | CCDC173
Description
coiled-coil domain containing 173 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25064]
Coordinates
chr2:26683266-26690420:+
Coord C1 exon
chr2:26683266-26683430
Coord A exon
chr2:26683431-26690075
Coord C2 exon
chr2:26690076-26690420
Length
6645 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAGTT
5' ss Score
2.4
3' ss Seq
ATTTTCTCTTTCCCAAACAGGCC
3' ss Score
11.83
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGAAGAATAAAGAGGAAGAAGAAAGACAAAGGAAAATAGAAGCTACAGAACAAATGCTAGCTATCTTAAAAGCAGACCAGATTTTCTGGGAGCATGAAAAGGAAAAAAAGCAGAAAGCTGATAAAGAACGTCGAGAAGTTCAAGATGCCCATATTCAGCAAATG
Seq A exon
GTAGTTATTCCTAAATGTTTATACTTATAAATATGTAATATAGATTTAATGAGTTTTGTTTCCCAGAACAGTTTTATAAAGTAAGATTAGACAGTTGCTATGGTTATGACACAATAAAATGTACTACAAATGTGAAGTTTCTTTTTATCAGTATTGAAGTTTCCATACTAGGTTTATGTCTTTCGACAGATATTTATCTTTCTTTAGTTTCAATTGCGTTTTAGTAAATGTGAAAGAAAATACAAATGCACATGGCAGGCCATGATGCTTCTTTTACTTTTTCCCCTTTTATAACTATTATCCAGAGAATATGTTGATTGGGATCTCATAGGTTTCGTATTTGAGGTGAGTGGTGGTCCCAGAGATTTTAGAACATGTATGCAGGACTGGGCATGTAATCATTTGTTTCTGAAAACTGTTTTCCAGAATAGCTCTACCATTTTCCATTCCTCCCAGCAATGTATGCAAAGACAAGTTACTCCACATCCTTGCTAACACTTGTTATTGCCATCTTTTAACAATTCTAGTATAGTGTTATCTCATGGTGTCGTTTTGCATTTCCTAACAACTAAAGATGTTGAACATCTTTTCATGTTCTTTTTAGTTGTTGTGTGCCTTACTTTGTGTTTACTTAAACCTTTTGCCAGTTATTTAGTTGGGTCGTTAATGTGGTGAAATATGCATAAAATTTACTATTTTTAATCATACAATCCAAGGGCATTAAGCACATTTATACTGAGGTGCAGTTGTCAACACTGTCCATCACCATAACTTTTTCATCATCCTCCTCTGAAACTCTGTGCGCTTTAAAGAGCAACTGTCTTGTTCTACCTTCCTCCCAGTTCCTAGTAACCACTGTTCAACTTTTTGTCTCTGTGAATTTGCTATTCTAAGTACCTCATATTAGTGAAATCATACAGTATTTGTCCTTTTTTCTCTGTCTTATTTCACTGATCGTAGTATCTTCAAGGTTCATTCATATTGCAGCATGTGTCAGTTTCATTCCTTCTTGATAATATTCCATTGTACATATACATCAGATTTTGTTTATCCACACATCCATCAATGGATATTTGCATGGTTCCCATATTTTGGCTATTGCAAATAATGATTCTATGCACACTGCTATATAGACACACACCTGTTTGAGTTCCTGTTTTCCATTCTTTTGCTTATATACCTACAAGCGGAATTGCTAGATCATATAGTAATTCTGTCTAGTTGTTTTTCAGAAACACCATAGTTTTCTACAGCAGTTGCATCATTTAACGGAGCCACCAGCAATGTTCGAGAGTTCTACCTCCTCCAAATTCTCAACACTCGTTTTCTGTTTGTTGTTGCTTATCATAATGGATCTGAAGTGGTATCTCATGGTTTTCACATGCATTTCCCTCATGATTAGTGATATTGAGCATCTTTTCATATACTTATTGGCCATTTCCATTCAGGCTCAAGACTTCCTTTAGCACATTTTATGGCACAGGTAGCCTAGTAATAAATGTTTTTATGGAGAAGTCTTTTATCTTGCTTTCATATTACTGGATACAAAATTAACTGGATGTCATTATTTTTTCAGCCTTTTGACTGTTCCAGTGTCTTCTGGCGTTCACCATTTGACTGGAATCTGTTAATATTGTTTGTCCCCTGTATGTGATGTGTCATTTTTCTCTCGCTCTCTTGCTCATTACAAGCTTTTTTATTGTGGCTTCCTGTAGATTGACTGTGATGTTTTGAGTTTTTCCTATTTGAGATTTGTGGTGCGTCTTGGATGTGCTACTTAATATCACGAAATGTGAGGTTTTTTTTTTTTTTTACTATTTCAAGTATTTTTTCCTGCCTCTTTATCCTTTTTTTCTTCAGGGACCCAGTTTGCACATGCATAGACATCTGATATTGTACCAGGAATCTGACATTCTGTTCATTTTAGTCAATAATTTTCTTTTTCTTCAGATGGGATACTTTCTATTGACCTACTTTCAACACTGATTCTGATGCTGAGCTCCCCCGAGTTTTTCATTTCAGTTATTGAACTTTCAACTCTACAGGTTTTTTTTTAATAGTTTCTAATTCTGTGATTCCCAATTCACTTGTTCTGAGCATATTTCTTTTAATTTACTGGATATTTTCATAACTGCTTTGAAATCTAATTGCCAAAGTCAATATGTAGTCTCATTAATAGTTGTAACTTTTTAAACTATTAAAGTTACAATTGTTTCTGTTGAACTTTCTTTCCTGAAAATAATATAACATTTTCCTATTTCTTTGCAGTGATTTTTGGTTGAAAATCAAACACTTTATATAGAATATGTTGCAGATTCTGTTTTATTCTGAGGGTTGTTGCTTTTTTAGTAGGCAGTTGTCTTCCCTGGATGCAAACTATGAAATCTGCCTTCACCACAGTACCTCTGATGTCTTTGGTCACTTTCACGTTTTAAAGCCTGGATCCCTAGGGTTCTTTCCTCACTGTACTGGTTTTGTTTGACAGTCATCCAGTAATATGGGTAGAGGTTTATGTTCAGACACCTTTAGCCAGTAAAGCTTTTACTCCCGTGCCTGCTATGAAAGCTGTGTGCAGGTTGAGATTGGTAGTCCAAAAATTCTCCTGTGTGGATGTATTCTTATCAGTCAGGAATGTGTGTAGATTTACCATTACAGCTTTTCTCTCATTCCAGAATCTCCTCCTCAAATTTCTAGCTATTTTGTCACTTGGCCCAAATAGAATCTGCCATCATTGTCCAGTAATCTGCATGTTTTCACCACCTGAGCTAGAGGGATAGCAATGCCCTCCAGACAAGAAAAGTTATGAACTTGTACTTCTTACCTTCTGATCTACTTTTTCATGAAAAAACACTTCTCAAGCAGTAGCCTGTGCATAGTCATTTACCAATGCTCTGAAATGGCTGACTTTAATAATCAACTTTTCTGTGGAGTTTTGCCCAACCTCATGTGGCCATTATCAGAAGTAGGATCTGCCATATTATTTTGAAGCAAATACCAAATATCATTTTATCAATGTATATTTCAATGTATATATCAGTATCTATCTCTAAAACCCAGGGACTCCTTCAGTTCAATTCAGTCGCTCAGTCGTATCCAACTCTTTGCGACCCCATGACTCACAGCACGCCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAACTCCCAGAGTTCACTCAGACTCATGTCCATCTAGTCAGTGATGCCATCCAGCCATCTCATCCTGTCGCCCCCTTCTCCTCCTGCCCCCAATCCCTCTCAGCATCAGAGTCTTTTCCAATGAGTCAACTCTTCGCATGAGGTGGCCAAAGTACTGGAGTTTCACCTTTAACATCATTCCTTCCAAAGAAATCCCAGGGCCCATCTTCAGAATGGACTGGTTGGATCTCCTTGCAGTCCAAGGGACTCTCAAGTCTTCTCCAACACCACAGTTCAAAAGCATCAATTCTTCGGCGCTCAGCTTCCTTCACAGTCCAACTCTCACATCCATACATGACCACAGGAAAAACCATAGCCTTGACTAGACGAACCTTTGTTGGCAAAGTAATGTCTCTGCTTTTGAATATGCTATCTAGGTTGGTCATAACTTTCCTTCCAAGGAGTAAGCGTCTTTTAATTTCATGGCTGCAGTCACCATCTGCAGTGACTTTGGACCCCCCCAAAAATAAAGTCTGACACTGTTTCCACTCTTTCCCCATCTATTTCGCATGAAATGATGGGACCAGATGCCATGATCTTAGTTTTCTGAATCTTGAGCTTTAAGCCAACTTTTTCACTCTCCTCTTCCACTTTCATCAAGAGGTTCTTTAGTTCCTCTTCACTTTCTGCCATAAGGGTGGTGTCATCTGCATATCTGAGTTTATTGAGATTTCTCCCGGCAATCTTGATTCCAGCTTGTACTTCTTCCAGCCCAGCATTTCTCATGATGTACTCTGCATAGAAGTTAAATAAGCAGGGTGACAATATACAGCCTTGACGAACTCCTTTTCCTATTTGGAACCAGTCTGTTGTTCCATGTCCAGTTCTAACTGTTGCTTCCTGACCTGCATATAGGTTTCTCAAGAGCAGGTCAGGTGGTCTGGTATTCCCATCTCTTGAAGAATTTCCCACAGTTTATTGGGATCCACACAGTCAAAGGCTTTGGCATAGTCAATAAAGCAGAAATAGATGTTTTTCTGGAACTCTCTTGCTTTTTTGATGATCCAGCGGATGTTGGCAATTTGGTCTCTGGTTCCTCTGCCTTTGCTAAAACCAGCTTGAACATCTGGAAGTTCACGGTTCACCTATTGGTGAAACCTGGCTTGGAGAATTTTGAGCATTACTTTACTAGCGTGTGAGATGGGTGCAATTGTGCGGTAGTTTGAGCATTCTTTGGCATTGCCTTTCTTTGGGATTAGAATGAAAACTGACCTTTCCCAGTCCCGTGGCCACTGCTGAGTTTTCCAAATACGCTGGCATATTGAGTGCAGCACTTTCACAGCATCATCTTTCAGGATTTGAAATAGCTCAACTGGAATTCCATCACCTCCACTAGCTTTGTCTGTAATGATGCTAAGGCCCACTTGACTTCACATTCCAGGATGTCTGGCTCTAAGTGAGTGGTCACAGGATTGTGATTATCTTGGTTGTGAAGATCTTTTTTGTACAGTTCTTGTGTGTATTCCTGCCACCTCTTCTTAATATCTTCTGCTTCTGTTAGGTCCATACCATTTCTGTCCTTTATTGAGCCCATCTTTGCATGAAAAGGCTCTTCAGAATTAACATAATCACAATTGTTATCACATCTAAAACTTTCAAAAAAATGTAACATTTAACATTCAGTGTTTTCTCAATTTCCACCAGATTGTCTCATGAATTATTTAGTTTTTTGAGGATGAAACAGGGTCCATATATTCTATTAGGCTGATTGATATATCTTTCAAATTTCTTGTAACCTGTAACTCTTCCTTCATCCCCATCCTTCTTGTTCTTATTCTCCTTGTCTTGTTTATCTTGCAATTTGTTGAAGGACC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Seq C2 exon
GCCAAACATAAGTTTAATGCACTGCAAGCAAAACAAGCAGAATCAGAGTACTGCAGACTTACTGAAGCACTTGTGGCTGAAAAGGAGAAGGAATTTCAGGATTATGCCAGAGAAGTAATCGAATCTGAATCTGAATCGACAAAGAAATATATTTATCCTCTTGTAAAAGCTGTACAGGAAGGACCTGGAGGTGGCCGTGGACCAGTTTTAGTGGACAGAGGTGGATTAAGACCCAGCTATCAGGCAAATGATACCACTGGAGTCCAGCTCCCTTTTTATAACTCTCCGGGATCGAAATATAATAATTTTCAAAAGTCTAAGGGAAGGCTAGGTTTTACATGGTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000001090:ENSBTAT00000046952:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.545 A=NA C2=0.272
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138681=Trichoplein=FE(15.9=100)
A:
NA
C2:
PF138681=Trichoplein=PD(13.5=40.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]