RnoINT0040250 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000010663 | Col6a5
Description
collagen type VI alpha 5 chain [Source:RGD Symbol;Acc:1565804]
Coordinates
chr8:114548327-114553901:-
Coord C1 exon
chr8:114553808-114553901
Coord A exon
chr8:114548984-114553807
Coord C2 exon
chr8:114548327-114548983
Length
4824 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGA
5' ss Score
9.48
3' ss Seq
ATCTCTCTGTGTGTTTTCAGACA
3' ss Score
10.32
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTGATGACACTGGGACATTTCAGGTGATTCCAGTTCCTCCAGTTGGAGATTACGAGCCACTGGAAAAGCTTCGACGCTGCACACTTTGCTATG
Seq A exon
GTAAGATCACTGGAAACAGTTGACTGTGAAGGAGGCTCAGTGCTTTGCCAGTGAGGTATTGCATTGGGCTTTAGTGAGAGATTTCCGTTTACGGTGGTGGGTTCTATTTTCAGCTTTCCAGGTTTGGAAGGTCCAGTATATCAGGATCCCAGTCTTTAGAGTTTATAGAATTTCTGTAGAATGTGAAAACTGGTTTTGAAAGTTGCCTGACTGGTGTAGCCTCTTCTGGGACTGTGCTGTAGTTTGTATCGGGAGTCTCTAAACTACTGAAAATACTTTGGGCATGATTGTGGATTTCTGAGACACACACCACCTACTCTGTTTTCGACATAGACCCCCCCCCCCCGTCATTAATTGCTAGTTGCCACAACCGTCCTGGAACACTGGTCACTTCTTGTTAATTTAAATGTGAAATAGAAATATTGATAAGGGCTGAAGAGGTGGCTCAGTGGTTAAGAGCACCGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCTTTTCTGGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTATCTTATAATAAATAAACTCTTAAAAAAGAAGACAACAAAAATTAAAAAAAAAGAAATATTGATAAGACCATTACTTCTTGGAAGCTCTCAGTATCTTGTGGCTGCTACTGATCCCATGATGCATCTCTCTGCGGTGTTTTCAGACAAGTGTTTCCAAAATACTTGTGCAGAAGAGCCTTTCTTTCCTGAGATTCCTACATGGATGTTGCATTCCTCTTAGACAATTCTCGAAACATAGCCAGTGATGACTTCCAAGCTGTGAAAGGGCTGGTGAGCTCAGTGAATGACGGCTTACCACATCACTTCAAACCCTTCAACCTCTGAGTCTGGGCGACAGGGTGCCTTTGCTGAGCTATTCTCCCTCAGAGAATTCCAGAAGGAAGGGCAGCGTGAAGACAGAGTTTGGGTTTACAACCTTTGACAGCGAATCAATCATGAAGAACGTACATCCACACTTCCCTCCCAACAGCTCAATGGAGATGCCGCCATTGGTCTTGCCCTGGAGTGGGCCATGGAGGGTCTCTTCCTGGGAACGCCCCAATCCAAGAAAGCACAAGGTCATCATTGTGATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTTAGGATGGCGGGTTCAGTGGCAATTATCACAGCGAAGGCAGTAGGGGACGACAGGTACAGCCAGGGGAGTCTGCACATGGTCTCAGAAACGTCCATGATGCACTTAAAGAAATTAGAGCGTGCAATTCAAATGGTTGGTGCAATGCAGAACAAGAAAGTGCAGAGAATATCAGAGCGAAATGGAGATTAAAGCAACCTCTATAACTTGGCCTGGCCGTTACCCTAGAAGTTTTGCTTACACAAGAAGGTTTATGTTTTATTTTTGAGATACCCAGAAATGTCAGAGTGAGCAATTCCCCCATGGCTTACTCTAAATATTTTAATGTCAACATTTTAATAGCTTAAAACGGACTAATTTGTAGGACAGTAAACACTTATGATACATAAAGGTATCTTATTCTCGTTTGACACTGTGAGGGACTGAAGAGAAGGCTCCAGGTCATGGCTGCTCTTGCAGAGGACCTGAGTTCGATTACCAGTACCCACATGATGGCTCACAGCCGTCTGTAATGTCAGTTTCAGAGGACCGGATGCTCTCTTCTGGCATCTGCAGGCACTGTACACATGTGGTGCACAGTCATACATGCAGGCAAAACGCCCATACACATAAAAGAAAATACATATTTAAAAATAAAAAATGGGGGTGGGGGAATTTCAAACAGACTGCTCAGCCATCCAAACTGTGTTTCCAGAATCTTCCAAAATTTCCATGTGGCCGGAATGTTGGCATTTTAAGTATTGCATCCAGTGTATCATATGCATGACTAGAATATGCAAATATATTTTTAAAAAAGGTGAACTTCACACTGTATTATTGATCTTTGTAGCTTCCTGGATAGCTCTTCTTTTTCTTTTCCTTCTTTTTTTTTTTTTAGGGTCCCANGACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTTAGGACTTGTGTTGTGTCAGTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACTGACACAACACAAGTCCTAAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCTTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTATAATAAATAACTCTTAAAAAAGAAGACAACAAAAATTAAAAAAAAGAAATATTGATAAGACCATTACTTCTTGGAAGCTCTCAGTATCTTGTGCTGCTACTGATCCCATGATGCATCTCTCTGTGTGTTTTCAG
Seq C2 exon
ACAAGTGTTTTCCAAATACTTGTGCAGAAGAGCCTTTCTTTCCTGAGAATTCCTACATGGATGTTGCATTCCTCTTAGACAATTCTCGAAACATAGCCAGTGATGACTTCCAAGCTGTGAAAGGGCTGGTGAGCTCAGTGATTGACGGCTTCCACATCACTTCAAACCCTTCAACCTCTGAGTCTGGCGACAGGGTTGCTTTGCTGAGCTATTCTCCCTCAGAGAATTCCAGAAGGAAGGGCAGCGTGAAGACAGAGTTTGGGTTTACAACCTTTGACAGCGAATCAATCATGAAGAACTACATCCACACTTCCCTCCAACAGCTCAATGGAGATGCCGCCATTGGTCTTGCCCTGGAGTGGGCCATGGAGGGTCTCTTCCTGGGAACCCCCAATCCAAGAAAGCACAAGGTCATCATTGTGATTTCAGCTGGAGAAAACCACGAGGAGAAGGAATTTGTGAAGACGGTGGCTTTGAGGGCCAAATGTCAAGGCTATATCATATTTGTGGTTTCTCTGGGCTCCACACGAAGAGATGAGATGGAGGAACTAGCTAGTTACCCACTCGATCACCATCTGATACAGCTTGGGAGAATGGACAAGCCAGAGCTGAGTTATGTTGTGAAATTTCTGAAGCCCTTTGTATACTCGGTCAGAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000010663:ENSRNOT00000038160:34
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.014
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0009223=VWA=WD(100=81.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]