RnoINT0045603 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000014037 | Dcun1d3
Description
defective in cullin neddylation 1 domain containing 3 [Source:RGD Symbol;Acc:1308893]
Coordinates
chr1:189630441-189666440:-
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
35256 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCAGA
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GTTGGCTGGCTCCTCTAACTGATGGCATGTTGAAGTACATGGACCAGTGGCAGCGAAGGGATCTGATCCAGAGTGGGCCACTCTAGAAGGCCAGGCTACAATCACCATGGGCCAGTGTGTCACCAAATGCAAGAATCCTTCATCAACCTTGGGCAGCAAGAATGGAGACCGGGACCCCAGCAGCAAGTCACACAGCAGGCGGGGGGCTAGCCACCGTGAGGAACAGGTGCCACCTTGTGGCAAACCAGCTGGGGATATTCTTGTCAATGGGACCAAGAAAGCAGAGGCTGCCACCGAGGCCTGCCAGCTGCCAACTTCTTCTGGAGATGCAGGGAGGGAGTCCAAGACCAATGCTGAGGAGTCTTCCTTGCAGAGGTTGGAAGAACTGTTCAGGCGCTATAAGGATGAGCGGGAGGATGCAATTTTGGAGGAAGGCATGGAGCGCTTTTGCAATGACCTATGTGTTGATCCTACGGAGTTTCGAGTGCTGCTCTTGGCCTGGAAGTTCCAGGCTGCTACCATGTGCAAATTCACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000014037:ENSRNOT00000019167:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.500
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]