MmuINT0047290 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000048787 | Dcun1d3
Description
DCN1, defective in cullin neddylation 1, domain containing 3 (S. cerevisiae) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2679003]
Coordinates
chr7:127002894-127038972:-
Coord C1 exon
chr7:127038766-127038972
Coord A exon
chr7:127003430-127038765
Coord C2 exon
chr7:127002894-127003429
Length
35336 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGA
5' ss Score
9.21
3' ss Seq
ATTTTGTAATTTCCTTCCAGGTT
3' ss Score
9.13
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTGCCTGGCTCCTCTAACTGATGGCATGTTGAAGTACATGGGCCAGTGGCAGCGAGGGCATTTGATCCAGAGGGGTCCACTCTAGAGGCCAGGGTACTACCACCATGGGCCAGTGTGTCACCAAGTGCAAGAATCCTTCATCAACCTTGGGCAGCAAGAATGGAGACCGGGACCCCAGCAACAAGTCACACAGCAGGCGGGGGGCTAGCCACCGTGAGGAACAGGTGCCACCTTGTGGCAAACCAGCTGGGGATATTCTTGTCAATGGGACCAAGAAAGCAGAGGCTGCCACTGAGGCCTGCCAGCTGCCAACTTCTTCTGGAGATGCTGGGAGGGAGTCCAAGACCAATGCTGAGGAGTCTTCTTTGCAGAGGTTGGAAGAACTATTCAGGCGCTACAAGGATGAGCGGGAGGATGCAATTTTGGAGGAAGGCATGGAGCGCTTTTGCAATGACCTATGTGTTGATCCTACAGAATTTCGAGTGCTGCTCTTGGCCTGGAAGTTCCAGGCTGCTACCATGTGCAAATTCACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000048787-Dcun1d3:NM_173408:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.502
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: