HsaINT0045722 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000188215 | DCUN1D3
Description
DCN1, defective in cullin neddylation 1, domain containing 3 (S. cerevisiae) [Source:HGNC Symbol;Acc:28734]
Coordinates
chr16:20873430-20911561:-
Coord C1 exon
chr16:20911526-20911561
Coord A exon
chr16:20873966-20911525
Coord C2 exon
chr16:20873430-20873965
Length
37560 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCTGTGAGT
5' ss Score
7.39
3' ss Seq
GCTTTCTAATTTCCTTCCAGGTT
3' ss Score
10.15
Exon sequences
Seq C1 exon
AGAAAGGGTTTGACTGGAGGAACCTCTGGAGCAGCT
Seq A exon
GTGAGTTTTGGGGAGGGGGGGAGTTGAGGAAAAGGCGGGGGGGCATTGAGAGATGAAGGGGCGGGGGTTGGGTACCTTCGAGAAAGGGGGGTGGAAAGGGAGGAGTGGAAGTCAGCGCGTTGTCTGGAGTGGTACCTCTGAAAGAAGAGGCTGTGAGGGGAGCCTGTGGCGTGTCAGCCGCAGGGCTCAGAAAACTTACCTACTGTCCCTGCCTCCCCACCGCCAGCACCCCTCAACCCAGGGCCTGGGGATATGGGGTTGGAGCTGCCCTGGAGGGGGTGCAGACTCTGGTCCTCTGTCCTGGGTGAGCGCTGTGAGGTAGGAGCCCTAGGGGGAGGTGGTGGGTGAATCTCCCAGCTCCCTCCGCCCTCATTTCCCTCCCCACCCCCATCGTTCTCTTTAATCATTAACAGCCCTGGAATTAAGGGGCTCAGACCTGAAGGCCTTTTTGTGCACCTTTGCTATAAACGATAACCATCTGTGTCCGAGGTAATGAGGCTGGAGGCTTTGCCTGTATCCTCTATAGGAAGTGGGACGGGGTGACAAATGTATTGTTTGTTCCTCCACCACACCCCCCGCACTTCTCACCCCTCATCCTCCCCCATGCACACCCCTGGTTTCCACTTTAATTCTCTGTGGCTGAGTGGCAATAGTGGATTTTTTTTTCTTCCCCTTTCCTCCTTTATGGCACTTAGTGCCTTGGTTACCTCTTTTGAATTTGGTGTTCAGCCTCTATCCCAGATCTTAACTGTAAGCTTTGTAATACTTCATACAGGCTGTCACGTTGGGAGTACCTCTTACGCTCCGATTATAATGAGCATTTTCTTTTATGAATACTGGAATTCCAGAGCCTTTGCAAGGAATCCTGAATGGCATCATAGCCCAGGAATCAAGGTCTCTTGCTCGAAATACTTTATGTGTGAGGAATTTACATGTTGTCAGCTCTTCCCAAAATGATTTGCTAGGCTAATTCTGGATTTCTGTGTTTCTCTCCACCCACTTTTCATGATGCACTTCAGAGAACAGAAAACCCCATATTACTTTTTTGTTTCTACAATTGGACAATAGCTCTTTTATGTTTTTCTCCATTTATGTGTGACACACAAATCATCAGTGACACGTTCAGCTTGTGCTGATTTTCATCTTTACGTAGCTGATTCTTTGTGTATGGGGGTCCTAAATGAGACAGTGTGATCTGTTTAGTTTTGGTTTAAGGGCGAATACAAACCAATAACGGATGTGAAAAAATTATTTGAAGCAAAGAATGGAAAGAAGGCCTCTTTGTTGATATGCTGTTGGTTTAAAAAAAATCAAGGAGCACTCTTCTAGCCTCTCAGACAGATATCAGAGTGAAGTGTTATGATTTTCCTTTTGGTGTTGATACATTCTTCGGAAATCTTTTGTAGAATCTGAAACTGTTTTCTGAAGAACTTTAAGAGATAGTGCCTACATTTTCGGAGTCCTTTGATTAGAAAGTGCCCGTAAGTCCTGTCCTTCTGTAACTGAGCTTGATATGCATAGTGCTAGGAAGATCTGATGCTAGGAAGTCCTATTCAGGGCTTTCGGGCCCTAAAAAACAGAATATTTAATGCTTGATTATACCAGTAACAGCGTGTTTAGATGTTTCACAAAAATACAACAGAAGAATGACTACTGTTCTCACTTTAACTGATTTAGAACCTAGTTTGCCATTGACTAAAAAGTTCACAGTTCATTAATTCAACAAACATTTATTGACTCCTAAGTGCTAGCCAGTGTTTCAGGCACTGGGTGTACACAGGTGAACACAAGCAAAAGGTTCACCCTTTCATGGAGCTTACATCGGAGTGGGAGCTGGGGACAGAGAGAGACATAATATATATCCCAGTAAACCAGATTTTGATCAAGCGCTGAAGAAAATAAGAGTGATGTGATTGAAAGTGTCTTAACTGTAGATGCAGTCAAAGAGGATCTTTCTGAGGAAGTGACACTTAAGTTGAGCTTTAAGTATAAAGAAGGAGCCAGCCATCCAAAGAAAAGGGGAAGATCCTTCCAGGTTCAGGGAACAGCTGGTGCAGAAACTGGCTGGAATGCGCTTGTCAAGTTCCAGGGAATGGGAAGAAAGGGTCAGGGTAGGTGGGAGGTAGTGGAAAGAGGATGGGTTGGGTGAGTAATAGCCAGAGCTTAGTGAACACGGGGGAGAGTTGGAGATAAGGTCAGAGAGGTGGATATGGGGCTCAGAATAGGTAGGCAAACAAATTGCCAGAAGGAGTAGGAAGTAGAAAATGATGCTGCTTGTTGATTAATTCTGTCGCCTTAACTAGGGTCTTATCACTTACTGTTTTTGCAGGTACTGTTGGACTATCATAATAAAGTCACTCTGCTGAGTGGGAGAGGAAGAGGCAGTGGTCACCTGGGTCTTTTCTGGCAGATAAATTTCAAGCTGGGTGTTCAGATTTTCAGCAGGATGTTCAATTGAGGACACACCTCTTTCTTTATTTTGTCTTATATACTGCTGTTTAAAACTGCATAATAAGTTCTCTGAATGTGTTCTAGTATACGAATCCTCCTTTGTTTCCAGCTCTGTATGAATTTAAGGACTGGGCAAGTGTTAATAATATGCCCTTATCCATCTACCAAGATGACCATCAGGATCTAAGTTTCAAGTTGTCTTTTGTAGGGAGGCAGTTTATGTTGCAATAGTTCCACTCTTGTCTGATCCTTCTGATGACTAATAACACTCAGCTGAGGTGTAGGTTGGTACTAAAAGTTCACTCAGTGGATTACATTAGATAAATGACCATTGTGGGGCTCAATTCCACTGTGTCGGCATCTTTGGGCTGGCACGTAACCAAGGGATGTAACCTACTTTTGCCTTCTGCTGAGGGCATTCATCTCTAATGGTGTGCTGCTTTTCAGCCTCACCTTGACCAGACCGTCCACTTGAGAGGCCCAATCAAGACTCCTTGATTTGGCCCTCTTGAGCCATGTCACACTGGGCTGAAACAGAATATGCTTTTTTCTTCTCTTGAACCCTACAACAGTGACTAGTGTGTTCTTTGAGTGAATTGGCTCTTTGAGCCAGGCAGTTGAGAGACTTAAATGTTGCTTGGGCTATTTGTAGTAAACTCAGTATTAGAAATGCTAAATAAAACCTTTTAGTGTTTGGGGAAAACGAATCAGAAATTGAGGACTTGTCACCTGTTTTAGGTTCTAGTATTCTCGTGGCACCTGTAGAAGGATTATCGAAAACTTGAACAGAGCTTTCTGGGCAGTTCTGGGGGCAATGAAGGGGACGAGGTAGATCCTGGTACTGAATTACTAATTCTGATTTGATTGCAAACAGAATGTCTTTTAGTTAGCAAGCAAATGACTAAAGTAAACATCTAGGAACAGGCAACTTCTACTCTTCATACTAGAGTATCTCAAAGGAATAGAGAATTGGTAGTGAGATTTGTTAATTTAATTATTTGGCTTTGGCCCAGGTTAAAGGTTTTGGACTTAACTTATATGCTGATGCTTGGCATAAAATGCTCTATCTGATGGGTTATTAAGCTCTCCACTTCATTTTCATTTCAATGGTTTATTGTAACTCAAATATGAAAATATCCTGTAGGCTGAAGTTTCATCAGCCAGTTTGGAGACTGGTGGCTCTTTTCTAATTTTTGAAAGGGGGCGGGTGGGTAGGAGGGGACTTGAACACAAGGAGAAGCCATTGTCTCCTACATTGGCTACTAATTGTGTTTGGGGAAAGAATCCACAAATTTAAGTGGATTGGATTTTCGGAGCTGAGCTGGCCTTTTAATTTAGGGTACCAGTGGATTTATTTCTTACACTTTGCAGGCTTTTGGACAAACTCTTCTGAAAGGTGGGCAACCTAGAAAGCCAGTTGATGCCACTTGCTATTGGAGTTGTGGGTAAGTGGTTTTACATTGCATTACACGACTAAAAGGTAATCAGATTTTGCTACTGTTTTGGTGTACAGATGCTCTTTGATTTACAGTGGGGTTACCTTTTATAACCCCATCATAAGTTGAAAATATTGTTAGTAAAAAAATGCATTTAATATACCTCACCTACCGAACATCATAGCTTAGCCTAGCCTACCTTAAACATGCCAAGAACCTGCATGTTTGGCATGTTTGGCAAATGCATCTAATGAGCCTATTTTATAATAAAATATTGAATATCTCATGTAATTTATTGAGTGAATACTGGAAGTGAAAAACAGAATGGTTGTGTAAGTACTTGAAGTAGTCTGGGACTGTCTATGTGCTGAAGTAAGGACATTTAATTGTGCAGTAGTTGCCAGTTGTTTTGAGGTGAAGAAGTGGTAACTTAGATTGAAACAATGGTAATGACGTGGTAACTCCTGTTTTCCCGGGTCTTGATAACTTAAAATTATCTCTTTGTGTCTGTTTAGACTGTTCTGGAGCTCTTTGCACAATGGACCAGGGTTAATTGAGTTAGTGTCTTTCAGTTCAAATCTAGTTTCACTAGTTCTTACGTCTGTGTTCCTAGATGATGGTGAATCCTATTCTTTTGGGTGGTGAGAAGGGATTACCACAGAACTTGACCGTTTAATCAGTGAATAATTACAAACTAGAGCGTAACATATTTACATCCCCTTGGTATCCTGGGGGATTGGTTTTGGACCCCTTAGTTACCAAATTCACAAATGATCAAGACTTACATAAAGTGGTAGTATATGGGAAGGTGCAGGGAGTGGCGGTGATGCACATCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCATTTCCAGATTACTTATAATGCCTAATACAGTTTGGGTGTGGTGGCTCATTCCTGTAATCCCAGCACGTTAGGAGGCTACTACAAATACCTGCCCCCTTTTTGTTTTATTATGTGGGAGGATTGCTTGGAGGCCAGGAGTTCAAGTCCAGCCTACGCAAGATAGTCAGGCCCTGTCTCTAAAAAAATTTAAAAAACTTAGCCAGGCATGGTGGTGCATGCCTGTAGTCCCAGCTACTGGGGTGGCTAAGGCAGG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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000188215-DCUN1D3:NM_173475:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.507
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)