BtaINT0047242 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000032260 | DCUN1D3
Description
Bos taurus DCN1, defective in cullin neddylation 1, domain containing 3 (S. cerevisiae) (DCUN1D3), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001015518]
Coordinates
chr25:18745005-18797374:-
Coord C1 exon
chr25:18797241-18797374
Coord A exon
chr25:18745541-18797240
Coord C2 exon
chr25:18745005-18745540
Length
51700 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCTGTGAGT
5' ss Score
7.39
3' ss Seq
GGTCTTTAATTTTCTTCTAGGTT
3' ss Score
8.92
Exon sequences
Seq C1 exon
AGAAGAGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGAGGGGGTAGGGAACCTGGAAACGCGAGCGGGGATGGTAGGTGTTTTGGACCCGCCGGGCCGCCGTCGTTTCCAGAAAGGGTTTGACTGGAGGAACCTCTGGAGCAGCT
Seq A exon
GTGAGTTTGAGGGGGGGTTTGAGGAAAAGGGGAGGCTTTGGGAGATGAAGGGGCGGGGGCTGGGTACCTTCGAGAAAGGGAGGGGGGGTGGAAGGGGAGGCGTGGAAATCAGCTCCTTGTCTGGACTGGTCCCGCTGGAAGGAGAGGCTGTGAGGGGAGCCTGTGGCGTGTCAGCCGCAGGGCTCAGAAAACTTACCTACTGTCCCTGCCTCCTCACCGCCAGCACCCCTCAACCCAGGGCCTGGGGCTCTGGGGGCCGGAGCTGCCCTGGAGGGGGTACGGACTCTGGTCCTCTGCGCCTTGTAAGCGCCGTGAGGTAGGAGCCCAAACGAGAGGTGGTGGGTGAATCTCCAGCTCCCTCCGCCCTCATCTACCTCCCCACCCCCATCTTCCTCTTTAATCATTAACAGCCCTGGAATTAAGGGGCTCAGACCTGAAGTCCTTCCTATGCACCATTGCTATATACGATAACTATCTGTGCCTGAGGTGATGGGGCTGGAAGCTTTGCCCGTATCCTGTATAGGAAGTGGGACAGAGTGACAAATGTATTGTTTTTTTTTTCCCCATTCCCCCCCCCCTACAATCTTCTCCCGTGCATAGCCCTCCTTTCCACTTTAATTCTCCGTGACTAGGTGGTAATTGTGTTTTTTTTTTTTTCCTTTATTGCACTTGGTATCTTGGTTACCTCTTTTGAATTTGGTGTTCCGCCTCCATCCCAGGTCTTAACTGCAAGCTTTGTAATACTTCAGTTACAAGCTGTCTGTCTTTGGAAGTATCTCTCAATCCCTGGTCGCTCCCTATTAAAATGAGCGTTTTATCCTCTGAATACTGGAATTCCAAAGCCCTTGCAAGGATTCCTAAATGGCATCATAGCCCAGGAATCAAGGTCTCTTGCTCTAAATACTTTATGTGTGAGGAATTTAAATGTTGTCAACTCTTTCCAAAATGATTTGATGTTAGGCTAATTCTAGATTTCTTGTTTCTCTCCACCCACACTTCATGATGCACTTTGGAGAACAGAAAACCCCGTATTACTCTTTTGTTTCTACAATTGGACAATAGCTCTTATTTTTTCTTTTGTGTGTCTGGCACACAAGTCTTCAGTGACAAATTTGGCTTGTGCAGATTTCCATCTTATTTATTTAGTTTATTCTTTGTGTATAGGTGGTCTTACATGAGACAGCATGATTTGCTTAATTTTCTTTCAGGGAAGAATACAAACCAGTAACGGATGTGAAAAAATTATTTAGCAAAGAATGATTTGAAAAGAAGATCTCTTTGTTGATGTTTTGTTGGTTTTTGTGGGGGTGGGGTGGGGAGAGTAGTGCTTCTTTAGCCTGTAGTATGGATTTCAGAGCGAAGTGTAATGATTCCTACTTTGGTGTTGATATTTTCTTTGAAAGTCCTTTTGAGTCTGGAACTGTTTTCTAAAGAACTTGAAGAGATGGTTCCCAAATTTTAGCGATCCTTTGATGATTAGAAAGTGTCTGTAAATCCTGTCCCTCTGTAACTGAGTTTATGTGCATATTGCTAGAATTATCATAATGGGTTCCATCCTACTCATCAGGGCTTTCAGGCCTGATAAAACAATATTTAATGCTTTCATTGTACAAGTAACAGCATGTTTGGATGTTTCACAGAAATGCAACAAAAGGAAAAAATGACTACTGTTCTCACCTTAACTGATTTGGAATCATTGAATACAAAGTCCAAAATTCATTCACTCAACAAACATTTATTGACAGGCTACTAGTTGCTAGCCAGTATTTTAGGCAGTGGGCGTACAAAGAAGAACATAGCAGTAAGGTCCATGCTCTCATGGAGCATACATTGGAGTGGGGTGGGGACAGATAAATAAGCAAATTGGATTTTGATAAGAGCTGAAGAAAAAAATCAGCTCTTATCTGTGATTGTGAGTGCTGTGATAGAAAGTGTCTGACTGGGGTACAGTCTAGACCTTTCTGAGAAGGCAACACTGAAGTTGAGCTTTAAATAAAAAGGAGCCAGCTTTGCAAAAATACAGGAGGAAACTTCCAGGTTTAGGGACTAGCTAGTGCAGAAACTGGGCTGGAGTATGGCAAGTTCCAAAGAGTGGGAAGAAAGGAATGGTGAAGAGGAGGTCGGGGAGGATAGGGGTAGGAGTAATAGCTAGAGCCTAGTGATCAAAGCGGAGAAGGCAATGGCACCCCACTCCAGTACTTTTGCCTGGAAAATCCCGTGGACGGAGGAGCCTGGTGGGCTGCAGTCCATGGGGTCGCTAGAGTCGGACACAACTGAACGACTTCACTTTCACTTTTCACCTTCATGCATTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGACGGGGAAGCCTGGTGGGCTGCTGTCTCTGGGGTCGCACAGAGTTGGACATGACTGAAGAGACTTAGCAGCAGTGATCAAAGAGAAGAGTGAAAAGAGTTTAGGTCAGAGAGATGGAGGCTGGGCTCAGAATAGGTAGGCAAAATAAGAGCAAGAAGGAGAAGGATATAGAAAATGATGTTCCTTGTAATTCTGTTGTTTTTCCCAGAGTCTTGCCATATACTATTTTAAGGATACTCTTAGAGTATTGTCTGGAGAAGGGAATAGCTACCCACTCCAGTATTCTAGCCTGGAGAATTCCATGGATTGTATAGTTGGACATGACTGAGCGACTTTCACTTTACTTAGAGTATTGTAGGGGAAAAAAGGTCACCCTGCTGAGAGTGGGAGAGGAGGAGGCAGTGGTTATCTGGGTCTTTTCTGGCAGATGAATCTCAAGCCACAAGTTAAGAATTCAGTGGGATGTTCAATTGAGAGGTTGCCTTTTTCCTTATAGGATTTCATCTTACATGCTTTTTAAAATTCCATAATGGGTATCCCAAATGTGTTCTAGTATATGAATCCTCTTTTGCTTCTAGCTGTGAATTTAGGGCTGAAGATTGGGCACATGATAATAATATGCCCCTGTTGGTCTACAAGATGACCGTTACAATCTAAGTTTGAAGTTGTTTTTCGTAGGAAGGCAGATTTTATGTTGCGCTATTTCCATTTTTGTCTGGTCTGCCTGATGACTAATAACATTCAGCTGAGGTGTGTGTGTAGGTTGGTGCTAAAAGTTCACTCTGGATTACGTTAGATAAATGACCATTGGGGCATAATCCCACTCTGTCGGCATCTTTGGGCTGGCATGTAACCAAGTGATGTAACCTACTTTTGCCTTCTGTTGGGGCCATTCATCTCTAGTAGCCAGTTGCTTCTCAGCTTCACCTTGACCAGATTGTCCACTTGAGAGGCCCAATCAGGACTCCTCCTTGATTTGGCCCTGTTGAGCCAAATGTTTCAGTGGGCTGAAACAGTCAGAATATGCTGTTTCTTTTGAACACCACAACAGTGACTAGTGTGTTCTTTGAGTGAATTGGCTCTTTGAGCTAGGCATTTGAGAGACTTAAATGTTGCTTGGGCTGTTTGTAGTAAAGTTAGTATCAGAAATGCTATGTAAAACTTTTTTTCGTGTTTGCGAAAAATGAATCAGAAATTTTGGACTTGTCACCTGTTTTAAGTTCTAGCATGGGTAAATGGATTATCAAAAGTAACTTGAATAGTCCTGGGCAGTCCTTGGGGTAATGAAGGGGGTTGGAGTTGAGCCTGAACTGACTTACTGAACCCCAACTTGAATGTAAATAGGAAGTCTTTGGTTGGCAAGCAAGTGAACAGCTAGAATTAGGCAAACAATAGACTCTACCCTTTATACTGCAGAGTAACTCAAAGAACTGAGAATTGATTATATGTGACGGCTTCCCTGGTAGCTCAGATGGTAAAGAATCTGCCTGCAATGTAGAAGACCCGGATTCAATCCCTGCATCAAGAAGATCCCCTGGAGGAGGGAATGGCTACCCACTCCAGTATTCTTGCCTGGAGAATTCCATGAACAAAGGAGCCTGATGGGCTACAGTCCATGGGATTGTAAAGAATCAGACATGACTGAGTGAGTAACACTTTCACTTACACACACACACACACACACACACACAGGCTTCCCAGATGGCTCTAGTGGTAAACAACCTGCCTGCCAGTGCAGAAGATGCAAGAGACTCAGATTTGATCCCTGGGTCGGATCCTTCCCCTCGATCCCCCTGGAGGAGGGCATAGCAACCCACTCCAGTATTCTTGCCTGGAGAATCCCATGGCCAGAGGACCCTGGTGGGCTACAGTCCATCAGGTCGCAAAGAGTTGGACAGGACTGAAGCAACAGTGCACATGTGCACGCACACACATACACACACACATGCACACATGTGGCTTTGGTCTAGGTTGTATCTTAATGTTGGATTTTAATCTAGCTAATGGATTATTAAGCTGTCCACTATTCATCTTCAGTTATAACTCAAGTATGAAAATACCCTGTAGGCTGAAATTTCATCAGTCAGTTTGGAGACTGGTGGCTCTTATTTGTGAAATGGGTCGGATGGGTAGGAGGGGAACTTGAATACAGGGAGAAGCCATTGACCCCTGCATTGGCCACTAATTGTTTTTGGGGAAAGAATCTACAAACCTAAATGAATTTAGATTCTCAGACCTGAACTGGCCTTTTAATCTAGAGTACCAGTGAGTTTGTTAAACTCCTGGGGCTTTTAGACAAACTCTTCTGAAAGAAGAGTTGATGCCACTTACTTTTGGAGTTGTGGGTGTGCATTGCATTAGATGACTTAAAATTAACCTGATTTTGCTACTGTTTTGTGCTGCAGTAAGAGGAGTTAATTGTACACTGGCTGCCAGTTGTTTTAAGGTGAAGATGTGGTAACTCTGAATGAAACAATGGTAATTACGTGGTGACTCCTGTTCCCCCAGCTCTTGATTACTTACAGTTACCTCTTTGTGTCTATTTACAGATGTTGATACCAGTGAACCAGGATCAATTCTCCCTAAATGTTGGAACAGTGTTCTGAAGCTCTCTGCACAATGGACCAGAGTGTTTCAT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Seq C2 exon
GTTGGCTGGCTCCTCTGGCTGATGGCATGTTGAGGCACATGGGCCAGTGGCAACGAGGGCATCCAATCCAGAGAGGGCCGCTCTAGAGGCCAGGCCACCAGCATCATGGGCCAGTGTGTCACCAAGTGTAAGAATCCCTCATCAACTCTGGGTAGCAAGAATGGAGACCGTGATCCCAGCAGCAAGTCACATGGTAGGCGGAGTGCAAGCCACCGTGAGGAACAGCTGCCAACCTGTGGCAAGCCAGGTGGAGATATCCTTGTCAATGGGACCAAAAAGGCAGAGGCTGCTCCTGAGGCCTGCCAGCTGCCAACATCCTCTGGAGATGCTGGGAGGGAGCCCAAGTCAAATGCCGAGGAGTCGTCTTTGCAGAGGTTGGAAGAACTGTTCAGGCGCTATAAGGATGAACGGGAGGATGCAATTTTGGAGGAAGGCATGGAGCGCTTTTGCAATGATCTATGTGTGGACCCCACGGAATTTCGAGTGCTGCTTTTGGCTTGGAAGTTCCAGGCTGCTACCATGTGCAAATTCACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000032260:ENSBTAT00000045756:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.521
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]