RnoINT0049194 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000000542 | Dnah8
Description
dynein, axonemal, heavy chain 8 [Source:RGD Symbol;Acc:619986]
Coordinates
chr20:9424749-9426874:+
Coord C1 exon
chr20:9424749-9424883
Coord A exon
chr20:9424884-9426712
Coord C2 exon
chr20:9426713-9426874
Length
1829 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAAT
5' ss Score
6.06
3' ss Seq
GTCCATGTCTGCCCTCCTAGGTT
3' ss Score
8.04
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCACTATGACTTCGGACTGAGAAATATCCTGTCTGTATTGAGGACCCTTGGATCTCAGAAAAGAGCACGGCCAGAAGACAGTGAGCTAAGCACGGTCATGAGAGGACTACGAGACATGAACCTTTCCAAACTG
Seq A exon
GTAAATACCGACTCAGATCATGGGTGCATTTCGATGGCACACAACGAACGTGCCTCTCCTGTTGGTTGTGAATGGTAATCCAGGGCCTCCGGGGGAGGCCTTCTGCCCCAATTTCCAGGTCCAGTTTACCTTAAAATTGTTTTTGAATTTAAAATTCTTATTTATGGTATATCATTTTTTCCCCCTGCATACATGTTTGTCTGTGTACCATGTATGTGCATGAGTTGCCGGAGGAACTAGAGTTGTAGTTGGTTGTGAGTCACTGACCGCCATGGTCCTCTGCGAGAGCAACCAGGGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCCTTAAAAATTAAAACCCGCATCGTTGTATGAGTACACGCACGTGCACGCGTGGAGTGTCACATCCGTGAGTGTGGAGGTCAGATGACAAGTTTGAGGAGTTGGTTTTTCTTCCTGCAGGTGGCTCCCCAGTTCTAGGACTCAGGTTGTCAACGCTTGGCAATGGAACTATGAGCGTCTATACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGGTGTGTTTAGTGTGTATGAGTGTGTGCTGTCGTCTGTGAGTCTGTCTCTCTGTGAGTATGTGTACTGTAATGTATGTGTGCGATGTATGTGAGATGTGATGTATATGTGTGAAATGTGTGTTGACTGTGAGGTGGTAGATGTTTCAAGTGTCTGATCGCTGTGTCTTTGTGAGTGGTTTGTCTGATGCGTGTGTATGTGGGTATGGTATGAGTCTGTATGTTTGGTGTGTAATATGGTTAGTGTGTAAGAGTTGTCTCCTGTGAGTGGTGTGTATTTTTGTGAAATATGGTGAGTGTGTATATGGTGTAAATGTGGTGTTGACTATGTGTGAGTATGTCCAAGTATGTGTGGTGTGTGTCTGTCTCTCCGTGCAGTCTGTCTCTGTGAGTATGTGTATGTATGATATGTGTGCATGTATGTGAGTGTGTGTATATGTGTAAATGTGTGTGTGACTGTGAGTGTGTGAGTGTAAGTTTCAAGTGTGTAGTGGTCTTCGTGAGTGTTGAGTGCATGTATGGTGTGTATGTATGAGTCTGTATGTGTGTGTGTGTAAATGTGTGGTGTGTGTATGAGTTGTCGTCGTGTGTGTGTTTTTGTGTACACGTCATGTGAGTGTGTATATGTTAAATGTGTGTGGACTATGTGTGAGTATAAATGTCAAGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTTCTGTCATGTCTTGTCTTTGGGGGTGGAGTACTCAGTGATTACAAGCACTTCTGCTCTTCCAATGGGTCTGAGTTCAGTTTCTAGCACCCATGCCAGGGGCCCAAAACTGCTAACTCCATCTCCGGGCGGACCCCATGCCCTCTCCTGGCGTCCGTGGGTTACTGCACTCAGGTGCACACATCCACACACAGACACAGATCTGTATAAATAAAAATAAGTCATAAAGTAAAAAGTACCGGAGGGAGCTCCAGAGGATAGAAGAAATTGAGAAGGGACTGGAAGTTGGGAATACAGCAATCTGTGTATTAAAGACATAGCAAACAAAGTGTTGGTGGTGATGGGGGTGGGGTCAGCTTACTCAAACCTATGCCTTAAAAATAAAGGTAGGGGGGTTGAGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGTGCTTGCCTAACAAGTGCAAGGCCCTGGGTTCAGTCCTCAGCTCAAAAAAAAAAAAAAAAATGTAGGACTCTGTTCCAGTGGAGACTTCCAGCCACTGTTGGGTGAATCCTGCTTGGCTGACAGACGGTTGCTGACCGGGTATGTGTGTGTCCATGTCTGCCCTCCTAG
Seq C2 exon
GTTGATGAAGATGAGCCCTTGTTCCTCAGCTTGATCAACGACCTGTTTCCGGGTTTACAACTGGACAGCAATACTTATGCGGAACTGCAGGCCGCGGTGGACAACCAGGTTAACCTAGAAGGTCTGATTAACCACCCACCCTGGAATCTCAAATTAGTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000000542:ENSRNOT00000000651:59
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.111 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127742=AAA_6=PD(10.3=53.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
TCCACTATGACTTCGGACTGAGA
R:
TGCACTAATTTGAGATTCCAGGGT
Band lengths:
295-2124
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]