Special

RnoINT0049241 @ rn6

Intron Retention

Gene
Description
dynein, axonemal, heavy chain 9 [Source:RGD Symbol;Acc:621799]
Coordinates
chr10:52626092-52637224:-
Coord C1 exon
chr10:52636800-52637224
Coord A exon
chr10:52626315-52636799
Coord C2 exon
chr10:52626092-52626314
Length
10485 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACA
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
TGTGCTTTGTGTTCTTCCAGCCT
3' ss Score
9.42
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGACCTAGAGGAAATGGCTGACTTAGCCAGCCTTCGGAGCTTGCTCCTGGAGAGGGTGCAGACTATGATGACCCTCTGCTGTAGCTATCGGAATACCCTCAGCCAGTATTCTTATCTGTATGTGGAGGATAGGAAGGAGGCCCTTGGCCAGTTTCTGCTCTATGGGCATGTCCTCACACCTGAGGAGATAGAAGCCCATGTCGAAGATGGCATCCCAGAGAGTCCGCCCCTCCTCCATCACTTCAAAGACCAGATAGACTCCTATGAAAAGCTATATGAAGATGTGGTCAGCCTGGAACCCAGCAAGGTGTTTGACGGCTGGATGCGAGTGGATGTGAGACCCTTCAAGGCATCTCTGCTGAACACAATAAAGAAGTGGAGCCTCATGTTCAAGCAACATCTTGTTGACTTTGTCACTAACAG
Seq A exon
GTAACACCATTGTCCTGGCTACCTCCTAGCATTCCAGGCTACAGGAATGCAGTGCTTGGAAACCTCTTTGTATCTTTTCCTGCTGATTCATTGATTAAATTAAAACAGCTGGGTGGCATCTCTAGTCTTCCAGATATTGTGATAATTTCAGCCCTGTCGCTTCCTTTGTTCACCAGACAATGGTCTGTGTAGTTTTTCACGTGGTGCTCAGTGGATGAGAGGCACCTAGCAAGTGGTAAATAACATTAGAGACCATAGTCACAGATCTAACTCCCTTCACAACTCTGATGGTGAAATCTAAGCCTTGGAGGCAGAGGGAGACTAAGCTCATTTTAGATTCTATTTCCTAACACTTCACCCTTGCTCTAGATGCTCCAGTTGTGCAATATGGAAGTCATTAAAGCTGCAGGCTCCTGTGTTCTTCCCTGTGCCATGCTAGTCACATCACACATAGAATCTGAATGGCCACCTCTTCAGACTATATTCTCTAATCTGGAGCACTGTTCTCTGCATTAAAGATCTACCTGCTTGAGTCCCCTGGTCACACCATCTTAGTCATTGTCCCTAGAATCTCGCCATCAGTCTCCATTCTAAAACTTGAGGAATGCCCATGTACAGAGAAGGTACAGCCCCTCTGTCTAATGATTGCCTTTGGTGTGCCAGATGACTTTGCAAGGAAGCCAGCCTGGCCCCACTCCTGGATTCTGAGCTGACTCTGTATAGTACTGAAGTCTCTCTAATCCATGGTTTAGAACACTGAGTGGAAAGGAGAGAGCAAGACTGAGGTATCGCCTACCAAAAAGAAATCCAAGAGACTGCTAGGGTGGTACTCCAGCACTGTACAGAGACTCTGCAAAGTATCATGGAGGTGATTTCCACAGGTCACCAGGGTTCCTTAGGAAGCAGCAGCACGTTTCTTTACATTCAGAAAAGCTTTTCCTAACCAAGGAGCTGGAGGCAAAGGGAAGAGTTGCTGGTGGGTGGTTTGGTGCAGACAGATGCCTGTAGAAAAAGCTCCACACAGGGAAGATTTTATGGTCCTCCATTGGTAGGTCTGGTAACCCATAAACACTGGGCACATTTTTCATGTATAGTTTGTCTTGTTTTGTTTTAATTAGGGTAAGAACAGCATATTACAAACTGTGTTCATTGTAGTTTCCAAGCAGAAAGACACCTACCTTTGCTACACAAGTCCATGCAGGGAGCATTTATGTTGGGCAAGAAGAGGGGAAATAATGGGTAAGAGCCCCTGTCATGGTTTTTGGAGGGAAGGAAAGGGTGAGGCACAAAACTCACTTAGGATTGGTGAATTTGAGCAGTTTTAGTGGGCTCTGGAGCCGAAGACCATCCCGGGGATGATAGGGACAGAGGAACATGGCCAGAATATAGGAGCTTGGTATAAGAGATAGACTCTGGGGTTTGTTTGTGTATGGAAGGCGAGCTTGTCATTCAGGAAGGCTCTCTTAAGATGGGCTCCTCCTGCACAGAGTGATCCCCTCAAGGGCTGCAAGATTATATATGTGACAGAATAAAATCACTGGTTGTTAAGTATGGTTATCAAGCTAACATGGACAGCCACCACATAGACTCAGGGAGCCTTAAAATTGGTTTAACAAGATAAACCCACAGCAGAACAGTTCGAAGATCTGAGCTCTTGCCTTTAACCCTACTTCCTTAATGTTGAAAATAGACAGTACAAGGTGGTTTCAGCTTAAACACTAACTCGGAGATGCTGCCTACTTTGCAAGCCTTAAAGAGAGTATTTCATTGTGTCACTGACAACCAGATAAAAATAGAAATAATAAGAAAAGAATAAGAGCCATTTATTACTGAATGTCTGTTTTGCCCTAGAAAATAGGTGATATTTGCCTTTTGTAAGTAACCTGGATGGACCACAACTTGCCTTACATGTTATGAATGTCACTTGCTGTCCAAAGTCTAGCCCTCTATTGTCACTTAAACTCTCACCCCACTTAGCTGGGGTGACTTTAATCTGACTCAGTCCTGGAGAGGTCCACTCTACCCCTCCTTGTACCTTTCAATAGACTTAGGTTTTCAGCAAACAAAGCAAAGGCCCCTGTTCTCCTGCCTCCTTTCCACCCCTAACTGAAACCTAGTTGTCCCATTAGTAGACTAATGCCATGACAGCCCTCCTAAATGGAGGCTGACTCTTCTGTATCTTTCTGAGCACTGGGCCTAGGATAGCGCTTACTGCTGTTATCTGATATTGGTAAGCCACTTCCCCTCCATTTCTTCCCAACATCACTCTTGCCACTGAAGTGACTATCAGACAGTACCAACTGCACCCATCCTTGCTGAAGCCACCTACTAAGCTCTAACTCAGCATCAGGCTTAGAACCTTTTCCATTACCCTAGTGACCTCACATATCCTGGGAGCCTCCCAAACCACCTAATATGTTGTTCTGTTGACTCTTACATGCCCCATCTCTCTGCCAGGCAGCTATGCCTATTTGTATGCCTTGCTCCCAGCATGGGAGGGAAAGATGGGGAAGTAATTATTCTCTACTCAAAAACTCAGGGGTAAGCATTCCATTTTCTGACCACACCTGGTATGTTTCTGCCTCACTTATTTGGCAACCCCACAGTGCAGAATTCTTCAGACCAATCAGAATTTCCAACCCAATGATTCCACCAGCTTCTCAGTATCTGTCAGTTCACCATAGCTTCCCACTCCCACCCTGAAAAATCCTGACTCTATTTAAATCTCCACATCTGCACCTAAGCCATTTCTTCTAGCTGAAGCCAAAACGAACTGTTCTTCTGACCAGCCCCACATTCAGAAACGTAAAGTACCTGGTTGTAGAAATGCCTCCACGTCCCTACATATGTTCTCCCAGACTTCCTTATCTTTATTCTCAACAAACTCTGAAGGGTTTTGTCAATATTAGCAATGATGCTCTAAGCAGTGTTGCATGCATATCAATATATGTATGGGCAGGCATTCCTTTAAAATATCTACATATGGGCAGAGTTCTCTGGGTCAAAGGCAGCTCAGCTCTGGTAAGCCTACTCCAAGGTAGATAATAGCCTTGTGTGAGATTCTCTTTGTCCCAGCATCCTCAGCTCCTCTTCTGGACTCTCCTGTGGGAGTATCATAGTATTTCATGGAGCCTAGCACTTTAGATTCTTTGGTCAGGAATAGATGGCTCATCTTTTCATGCTTTTGGTGACTGTTTCTGTGCTCTTTGAATCCTATCTCCCCTTTTCTGTTGGGTTTTACTTTGCATTTGTTGCTATTTACTTATTACATGTTGTTACTTACATATTTGAGCTAGAGGTCTGGCCCAATTTTTAAGAGCACTTGCTGCTCTTGTAGAGGACCAGGGTTTGGTTTCCAGAATGCACATGGTGGCTTGGCTCACAATTACCTAATTCCAGTTCCAGGAAATCTAATGCCTTCTTCTGGTCTCTACCGGATATTGCATGGGTGGTACATGTTTGTGTATATATACATGGCACCCATGACTCATAGCAAACCTCATAACACTCATGTACACATGAATTAAAAATAAAGTCTTTTTAAAAGTTACTTATATATTCTATGTGTGATATTTTGCTAACTTATATAGAACATGAACATACAACTACCCAATACAGCCTGTAGTCTTGTAGCCTATCTGTCCCCTCCATTTACAGGCAGCCATCTGTATTGATATGGTCTACATTGTTGACCCAAACCACCTCACAGCAAAATTATATTTGAAAAACTGCATTTGAACTGAACATGTGCAGTCTTTGTCATTGTGTGATAAACAAAACAGCAACAACCATGTACACAGAGTTGACACTGTACGAGGTAATCATAAATAACCTGGGGGGGTTATTTGAAGTACAGGTTAAGATTTGCACAGGAAAGTGGTAACTCCCACCATATTTTACAGAAGGGATTTGGATGTCTAGAAATTTGGTTGGTTGTAGCGTGTACTTCCTACTAGCCCACCTTAAGCTCTGAGTGGACCATGCTACCAGTCCTGCCCCAGGTTCCCTTGAATCTGCAGATGAAACATACACACAATTGTGCCTGTGACAATTGTAGCCTTTTCTCTGCCTTTTCATACTCTTTTTGTCTAATTTTGGATTTGCTATTTTGCCAGCTTTGTGAAACAAGTTAGGGCTCAGTTCTCCTTACTTATTCCCTGGGAGAACTGTGTGATGTTGGGATCCTTTGGTCCTTTGGAGTTTGATTTAAATCGTTTATAAAAGCATTGGCGCTTGTAATTTTCTGTGTGAAGAGTTTTAACCACAGCTTATGGTTATAAAGATACAAAGATTTTCTCGGCATTACGAAGTCATACTCTTTATAAATGTATCCATCACACATTAGTCATCATATTATTGTCATGAAATGTACAGCTTCATCTTAATTCATCTATTCCAGCCCTTTTTATTTCAATTGATTTCTTATTGCTCTCTTCGGCTCCTCTCCTGATTAGTTTTACAAAGAGCTACCTCATACGTTCATCGATTTCATTGTTATAGCTTGACATTTATTTCAACGATCTATTATTTCATGTAAGTATTGCTTTCTTTGGGCTTATTTTCCATTTCTTTGCTGACTTAAGATGAATGCTTCATTTGTTTTAAGCACCTGGCCCTTTCTGAATGCTTTAGATTAAATTTTAAATCATAAGTTCCCTTTTCTGTGGAGGTTTACCTACGTGCCTGCCTCTACTATGCAGTAATTTCCTAATGATCTACTTTTAAACTGTTAGCATTCGTCTTAATGTGTCTGTTCCAATTGCTCTGTCCTTTACTTCTGACTTGCATTGTGATATGTATAATGACAAGTGTCAGGAACATGCTAATGTCTATCCTAGAAGCCACAGCCATTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGATGATGTTGTTGTTTGTTGTTGTTGTTGTGTATGCTCAGATGAAGAGACTATGTCCTGTCATGGACGTGATGCTCTGTGCCCCTGCTACTTGCTCAAGCTTCTTGACTATTTTAGTGAAATGTTCT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Seq C2 exon
CCTGGCTGACCTTGACTCATTCATAAAGAGCACTGAGTGTGGTTTGCTCAAGAGGGTGGAAAAAGGAGATTTCCAGGGATTGGTTGAGATCATGGGACACCTTGTCACCCTTAAAGAACGGCAGAGCAGCACCGATGACATGTTTGAGCCCCTGAAGCAAACGATTGAACTGCTGAAGTCCTACGAACAAGAGCTGCCTGAAACTGTGTTTAAGCAACTGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000004171:ENSRNOT00000005583:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.007 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]