RnoINT0062960 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000009139 | Fubp3
Description
far upstream element binding protein 3 [Source:RGD Symbol;Acc:1307004]
Coordinates
chr3:10245480-10254098:-
Coord C1 exon
chr3:10253993-10254098
Coord A exon
chr3:10245514-10253992
Coord C2 exon
chr3:10245480-10245513
Length
8479 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGT
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
TCTCTTTCTCTTTGCCACAGTAG
3' ss Score
8
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGCTGCTAAAATCGATTCAATTCCTCACTTGAATAATTCCACACCCCTGGTGGACCCCTCCGTGTACGGATACGGAGTACAGAAACGGCCCTTGGACGATGGAG
Seq A exon
GTAAGTTGCTGTAAACGACTCTCCTTTTTGATGGCAGTGAACCTGCCGGTTATTTTGAATCTGTGTCAGCCATTTCTGAGCAGTTCTCCAACATCTCATTCTTAAAGGAATGGTGAAGGGGGATGCAGTTAGGGTGATTTCTCTTGGCAATTGGCTGGCATTTGAGTTCCTATTTGCCTTGATAATAGAAGAATTTTTTCAGCTGAGCTCCACGATAAAGACTTGGCCTCAGTGTCCACTTGGCAGTAATTTGACCCATTTGAGAATTGTGTTTGATTTAGTTCTCAGTCCCTCTGGCACTTGCATAGGAATTGAAGTTACTACTTCTGTGAAATACCGAGGAAGCTGTGGTTGACTTGACCTATAAGAAAGGGAGGAGTGGTGGTCTCTCCAGTCTGCTAGTCTTAACTATCCCCATTTGTGTCTGGCTTGGGTTTATTTTTTTAATTTTCTAAAAATCAGCATGTGCTATTTGTATGCACTGCTGGACTCCATGATGGCATTTTTAGGTTTGCATGTTACATACCTTGGCCATATTCCCTTCAATTTCCTTTCCCATCTCTGATCCATCATCTTCCCTAATGGTCCCCATCTACTTTTATGTCTGACAGGCGCTTTCTAGAAGCATCTGTTTTAATTTAGTCATTAGTTTGTTGGTTTATATTTCCAGCTCCATCTCTAAAGGAATTTGGGGATGCTGAAAGTACCTGTCCCCAGAGCTCCAGCCCTGTGTCAGCCAGACACAGGTGCTTATGCAGAGTTGATACTTGCTTTGTCCTTTCTGCTGAGGAAAACACCCTGAGCATTGGAGAAGTTCAGTAACATACTGATTTGCATACAGCGGGTTAGACAATGTCTTCTCTGCTTGCTTTTTTATTGATCTTTGTACATAGCCAGTTATGTGTAGATGCTTCTGTGGTAGTGATGTATTGTTAAGTGGAATCACACTTAAGCCCACCAAGGTTTAGAACATTCTGTTGTGTAATCTCCTTTTCAAAAGAGTGCATGATTTTGGTTTGGTTTTGTTTTTAAAATACACACACACACACACACACACACACACACACGGGTGTTTTCTCTTCATGTACATATGCACACCAGAAGAGGGCACTGGATATTATAGATGACTATAGTTTTAGATCGTTATGAGCCACCATGTACATGCTAGGAGTTGCACCCCAGAGCTCTACAAAAGCAGCCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTTCCCAGCCCAAGTGCATGTTTTTTGTTTTGAGACAAGGTTTTTCTATATAACCCTGGCTAGCCTGGAACTCACTACGTAGAGTAGTCTGGCCTCAAACTTAGAGATTCACCTGCCTCAGGCTCCCCAGTGCTGGGATTAAAGGCCTGAGCCATCACACCTGGCTTGAGATTTTATTGATGCTGATTTTATGTATTTATTTTAAAGAATAATTGGATTTCTGAATATAAGCGATGACAGTCTTTGGAGAGTAAAATTTCTCATCTGTTTACAAAACAGTTCATAAGCCGTGGAGATGGTTCAGCACCTGTTTGACCTGAGGTCAATCCATAGAGAACTCCACAATGCATTTGTGTACGCATGTACAGATACATACAAAATAAATTTTAAAAAAACAACAAAAAACTTTGTGATCTCACACAAAAGTCCACCTCAAGGTCATCCAAACTTGAGTAGCCATTAAATTGCTGCTGCTAAGTGCACCTTATGGTCTCCTGTTTTGGTGAGTGATTTTTTTTTAGACCTGGGATGGGTAAGTGTGTTAAGGGCAGTTCTGCCCAAGTGAAGAGGACTCAGAAACCTCTTTCCCGTCCCAGGGCTTTGCACTTTGTTCCTGTGGGATGTCGATATAAAATAAGATGGAATTGTCTGGCTCTAAGCACAGAGCTGCTTAATGGATGGCGTCCCTCTAGTCCAGTGTTCCCAGAAACCATAATCATGACAGCTTACCAGTTCTGTCTAGCAGTTCAGCCTCTGAAATTAAGGTGTGGAAAGAGGGCAATGGTGACTTTTGCATAGGGGATACCTAAATAATCGCTAGTGAAATCTTCTGGCACTTTTAAGATGTTTTTCTCTTGTATGAGAGAAATGAGTAAACATTTTAAATTTATCAGTAAAAAGCACTAGGTAGCAGGCAGATATGGGTGACTCAGAATCACAAAGGAAGACCAGAATCTCAATTAAAATCTTAAGTCCTTGTTAAGAGGCATGCATTTCACTTCTTTTGTTTTATTTGTTTGGCTTGGTTTTTGAGATGGGGTCTCACTGTGTACACCTGGCTGTCTTGGAACTCATTTTATATAACAGATAGACCTAGAATCCCACAGAAATCCTCCTGCCTTTGTTTCCTGAGTGCTAGGACTAAAGGCAAGTGTTACCACCATGCCTGGTTTACTTTTCTTCTGAGAGAGGATAGCATATGCTGGCCTCCAAATTGCTGTTACCACCAGGCCTGGTTTTCTTTTCTTCTGAGAGGGGATAGCATATGCTGGCCTCCAAATTGCTGTATAACTAAGGATAAACTCATTCCTGATTTTTTTGTCTCTACTTCCTAAGTACCGGGGTTACAGCCATATACTATCATGTCTGCCTTGGTACATCTTTTTGTGATAACACACTTTCTGTGTCTGCCTGGTGAACAGGACGGACCACATGTGTACTTAGTTCCCTTTCCCTTCCTCTTCACAGCGTGCTTTCTTAGAATGTACCAGGGAGCGCCCTACTACATCCTTCTGTCTACCTCTGCACACTTGTCTCATAACAACCAGCTATGCCCTCGGTGGTCTGCACTGTGCATCACAGCTTGTTCAAATAAACCTTTGTTCTATAAATTACTTTTCTCCTCCATTGATCTCTAGGTATGGAACTTGGGTGTTCTGTTGAGCTAAGCAAGTACACTGGAAATTGGACCCATCCTTGGCCTCAGCCCCATCTCATCTCCTGACCACTGGGAGTAAAGTCTCCATGCTAGATCTGGGGAGCTGTGTCCCAAGTAAAAGAGGTGGAGGAGGGAGGGAAAGAGAGAACACTAAGCATATTGTAGGGCAGGACAGTCAGGAGAAATGTTTTATACTGAAAACAAGTTAGTACACTCTGGGGAGTTGCACTTGTGCGCACTCTCTAAGGCGGCTTTTTTTTTTTTTCCAGTGTACATTGGTGTTTTGTATTTATGTCTGTGTAAGGATATCAGATCCCCTGGAAGTAGAGTTACGGATAGCTATGAGCTGCCATGTGGGTGCTGGGAATTAAACTTGGGTCCTCTGGAAGAGCAGCCAGTGCAGCTTCTGAGATGGTTCTTCAGCCTGCTTGGTCCTACAGGAGGCTCAGCTCATCAGACCTGCCTCAGTCCCTCCACAGTCAGTCTTTTTGAGGCAGAGGTGGGAATCAGGCACATGTAGCTTCAGCAGTCACACACATCACACTTCATTGTAGTTGTGTAGGTGTCTGGTTGTGCATGAAGGTCAGAAGATTCTTCTTAACATTTATTTGTGGGTTTCAAAGATCAAATTCAAGTCATTGGGCTTTATAGCAAGTACTTCTTTTACCTACTGAGCCATCTCACTGAACCGTGGTCCTAAACTCTCAAACCTTTCACTTCTGAATGCTGTTACCCACGTGCTCTCCATCGTTGGGAATACATCTTTGACATTCTGTCAATTCTGAAATCCCTACTCTTAACTCCAGTGCCTTTCCTGTCAGGCCTTTGTACATCCTGGAGCTGTCTAGTTTATTAGGGTTCTCGCTTAAGCCCCCAGAAAGGTCCAGATCCTCCTGACCTGGCTGTCAACCTCTGTCTCTGCTCTGCCTAACTAGTCCTCCAGCTCAGCTGGTGCTCTCCTGTCTGTGTTAGGTCGAGAAGCTTCCTTCTAGAAACAGACCTCACCCCTTCTTAGCATTGGGAGATGGATGGGTTGTGGTTAACGATGCCTCTGTGAGATTGTCTCTGAGGGTCATGTCAGGACGTTTCTAAGGGCTGAGACTGTAGCTCAGCAGTAGAGCTAGCCTGAGGCCCTGGCTCAATCCCTAGCACTGCCCCAAAAACAGAAAAGAAGTACTTTTACTTTTAAAAATATCACTCATGAGTAAGTTACATCCTGAGTCCGTTACAACTAGTTAGTATACACATTGAAACACACAGTGTGAGCCTTCACTGTGCAGCACGTTGCTGCTTAAGAAAGCTGGGCCCCTATGTTTATCATGGGACCAGAGACTTCAGTGGGAAGAAGGTGCTGTGGTGGTGGTCCCAGGCCCCTGCTGCTCACTCGGTTTCTCTGTTGTTTCTTGGATCAGGCTTTAAGGGTGCACTGGGAAAGGGGTGCAGGTTTTTATTCACCCTCGACCCTGCAGTTGAGTTAGTTTCCCCAGGACTCTTAGGCATCCAAATGGTCCAATGTGATGGATGAGGAGTAACAATTGCTATCACAGGATGGGGGTGCAGCTCAGTGGTCATACACTGGCCTAGTGTGCAGGAGAGTCTAGGTTCCATCCTCAGTACCTTCTAAATAATGATCTGAAGGTGCCAGGATCAATAGTAGAGCCCATGTGGATGAGTATGCAGTGTCCTGTGCTGTGCCCTGGAAGACTGCTAATGACGGCATCTCCCTGGTAATGGGAACGCAGGGGTGGCAGGAGCAGTGTCTCATGTTGCTGCTCCTGCTGCTACTGGTGGTGGTCTTTTCTGCTCATGAGCAAGCAGGAGTGACACTGAAACAAACTTGAATTTGCACCTTTTGATGATAGCTTCAAACTCCTGATTCTCTCTTTACCTCCAAAGTGATGGGCTAGCTCACATAATCCTAACTCATTTTCGCTTGTGTTTTTGTTTGAAGATTGCAGACCAGTATATTCCAGTCCAGTCTGAGCAAAACTCCAGGGCATGTAGATTGTAACTCTCACAGCTGCTAGGAGGAAGATTTGGAAGTGGAAGAAAGCACTGTGCCTTTTTAGTTAGGATTCAGAAAACACTCACATGTTCATGGCAGTTGGCAAGCAGTGTAT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Seq C2 exon
TAGGTAACCAGTTAGGGGCCTTGGTACATCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000009139:ENSRNOT00000021871:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]